TIP4P water model

最新推荐文章于 2024-07-20 10:47:56 发布

小舟游侠

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TIP4P water model

四点 TIP4P 刚性水模型扩展了传统的三点 TIP3P 模型，增加了一个通常无质量的点 M，与氧原子相关的电荷被放置在这个点 M 上。这个位点 M 位于 HOH 键角平分线与氧原子的固定距离处。还应使用谐波(harmonic)键式和谐波角式或 charmm 角式。如果是刚性键，也可以使用键型为零和角度为零的键型。

在 LAMMPS 中实施 TIP4P 水有两种方法：

使用专门编写的配对样式，即使用不带 M 点的 TIP3P 几何图形。然后从其他原子或每个水分子隐式推导出 M 点位置，并在力计算过程中加以使用。然后将 M 上的力投射到氧原子和两个氢原子上。这在计算上非常高效，但空间中的电荷分布只有在 tip4p 标记的样式中才是正确的。因此，所有其他使用电荷的计算都会错误地 "看到 "氧原子上的负电荷

这可以用下面的库仑配对式来实现：
- ```
pair_style tip4p/cut
pair_style lj/cut/tip4p/cut          
```
或这些指令进行长程库仑处理：
- ```
pair_style tip4p/long
pair_style lj/cut/tip4p/long
pair_style lj/long/tip4p/long
pair_style tip4p/long/sof
pair_style lj/cut/tip4p/long/soft
kspace_style pppm/tip4p
kspace_style pppm/disp/tip4p
```
除非使用了柔性 TIP4P 模型的参数设置，否则应使用 fix shake 或 fix rattle 命令固定键长和键角。下面列出的参数集均为刚性 TIP4P 模型变体，因此不使用键和角作用力常数，可以设置为任何合法值；只使用平衡长度和角度。
使用明确的 4 点 TIP4P 几何图形，其中氧原子不带电荷，M 点没有伦纳德-琼斯相互作用。由于固定摇晃(shake)或固定响声(rattle)可能不适用于这种几何形状，因此需要使用固定刚性或固定刚性/小(fix rigid or fix rigid/small)或其恒定变体来保持几何形状的刚性。这避免了分析和非 tip4p 样式方面的一些问题，但计算力的代价更高（同一体积内的原子数更多，因此邻接列表中的邻接原子数也更多），而且需要更短的时间步来稳定地整合刚体运动。由于不需要键或角，因此不需要对它们进行定义，原子样式的电荷对于大块 TIP4P 水系统来说就足够了。为了避免 LAMMPS 由于无质量 M 位点而产生误差，需要分配一个微小的非零质量。

下表列出了 TIP4P 模型一些常用变体的力场参数（以实际单位表示）。其中包括带截止点的刚性 TIP4P 模型（约根森）、TIP4/冰模型（阿帕斯卡尔 1）、TIP4P/2005 模型（阿帕斯卡尔 2）以及为与长程库仑求解器（如 LAMMPS 中的 Ewald 或 PPPM）配合使用而调整的 TIP4P 参数版本。请注意，对于隐式 TIP4P 模型，OM 距离是在 pair_style 命令中指定的，而不是作为线对系数的一部分。

Parameter	TIP4P (original)	TIP4P/Ice	TIP4P/2005	TIP4P (Ewald)
O mass (amu)	15.9994	15.9994	15.9994	15.9994
H mass (amu)	1.008	1.008	1.008	1.008
O or M charge (𝑒)	-1.040	-1.1794	-1.1128	-1.04844
H charge (𝑒)	0.520	0.5897	0.5564	0.52422
LJ 𝜖 of OO (kcal/mole)	0.1550	0.21084	0.1852	0.16275
LJ 𝜎 of OO (ÅÅ)	3.1536	3.1668	3.1589	3.16435
LJ 𝜖 of HH, MM, OH, OM, HM (kcal/mole)	0.0	0.0	0.0	0.0
LJ 𝜎 of HH, MM, OH, OM, HM (ÅÅ)	1.0	1.0	1.0	1.0
𝑟0 of OH bond (ÅÅ)	0.9572	0.9572	0.9572	0.9572
𝜃0 of HOH angle	104.52∘	104.52∘	104.52∘	104.52∘
OM distance (ÅÅ)	0.15	0.1577	0.1546	0.1250

需要注意的是，在使用 TIP4P 成对样式时，库仑相互作用的邻居列表截止点实际上被扩展了 2*（OM 距离）的距离，以考虑水分子中 O 原子上虚构电荷的偏移距离。因此，从效率的角度来说，通常最好使用 LJ 截止值 >= 库仑截止值 + 2*（OM 距离），以缩小邻居列表的大小。这将导致长程计算的成本略有增加，因此您可以根据自己的模型进行权衡测试。OM 距离以及 LJ 和库仑截止值在 pair_style lj/cut/tip4p/long 命令中设置。

以下是使用隐式方法和 TIP3P 分子文件的 LAMMPS 输入文件代码。由于 TIP4P 的电荷与 TIP3P 不同，因此需要重新设置（或更改分子文件）：

units real
atom_style full
region box block -5 5 -5 5 -5 5
create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 &
            extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 extra/special/per/atom 2

mass 1 15.9994
mass 2 1.008

pair_style lj/cut/tip4p/cut 1 2 1 1 0.15 8.0
pair_coeff 1 1 0.1550 3.1536
pair_coeff 2 2 0.0    1.0

bond_style zero
bond_coeff 1 0.9574

angle_style zero
angle_coeff 1 104.52

molecule water tip3p.mol  # this uses the TIP3P geometry
create_atoms 0 random 33 34564 NULL mol water 25367 overlap 1.33
# must change charges for TIP4P
set type 1 charge -1.040
set type 2 charge  0.520

fix rigid all shake 0.001 10 10000 b 1 a 1
minimize 0.0 0.0 1000 10000

reset_timestep 0
timestep 1.0
velocity all create 300.0 5463576
fix integrate all nvt temp 300 300 100.0

thermo_style custom step temp press etotal pe

thermo 1000
run 20000
write_data tip4p-implicit.data nocoeff

下面是使用显式方法生成的 LAMMPS 输入文件和 TIP4P 分子文件的代码。由于使用了 fix rigid/small（固定刚体/小刚体），因此无需定义任何键，也无需为其预留额外存储空间，但我们需要切换到 atom style full（全原子样式）或使用 fix property/atom mol（固定属性/原子分子），以便 fix rigid/small（固定刚体/小刚体）可以通过分子 ID 识别刚体。此外，还添加了一个 neigh_modify exclude 命令，用于排除分子内非键相互作用的计算，因为这些相互作用无论如何都会被刚性固定去除：

units real
atom_style charge
atom_modify map array
region box block -5 5 -5 5 -5 5
create_box 3 box

mass 1 15.9994
mass 2 1.008
mass 3 1.0e-100

pair_style lj/cut/coul/cut 8.0
pair_coeff 1 1 0.1550 3.1536
pair_coeff 2 2 0.0    1.0
pair_coeff 3 3 0.0    1.0

fix mol all property/atom mol ghost yes
molecule water tip4p.mol
create_atoms 0 random 33 34564 NULL mol water 25367 overlap 1.33
neigh_modify exclude molecule/intra all

timestep 0.5
fix integrate all rigid/small molecule langevin 300.0 300.0 100.0 2345634

thermo_style custom step temp press etotal density pe ke
thermo 2000
run 40000
write_data tip4p-explicit.data nocoeff

# Water molecule. Explicit TIP4P geometry for use with fix rigid

4 atoms

Coords

1    0.00000  -0.06556   0.00000
2    0.75695   0.52032   0.00000
3   -0.75695   0.52032   0.00000
4    0.00000   0.08444   0.00000

Types

1        1   # O
2        2   # H
3        2   # H
4        3   # M

Charges

1        0.000
2        0.520
3        0.520
4       -1.040