amber中使用TIP4P水模型参数文件的生成

最新推荐文章于 2024-04-25 10:15:52 发布
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TIP4P水模型在特定情况下会使用于分子动力学模拟之中，同时，本文只以TIP4P为例介绍非TIP3P水模型如何通过ambertools的leap模块构建参数文件。主要参照Amber2016 Reference Manual中3.5章节Solvents所介绍，给出一个tleap.in脚本样式，如下图：


必须注意：使用leap产生的参数最好不要更换机器，实践证明，使用A机器生成参数而使用B机器进行后续运算会导致最终按照TIP3P水模型运行，轨迹以及rst文件保存的pdb中的水不包含EPW参数，如果必须更换机器请务必检查！测试amber14以上版本运行错误

李思琪
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