lammps建模_从Materials Studio到LAMMPS再到VMD模拟流程的基本操作

HOMING'S WARNING

1.分子动力学大神可直接退出。

2.本文主要讲分子动力学模拟过程中Materials Studio(以下简称MS)、LAMMPS和VMD三个软件之间配合使用的基本操作，不讲计算原理、建模以及计算过程。 3.本文属于半吊子水平，但我相信对有同样坎坷经历以及变态需求的初学者来说它是一笔宝贵的财富。4.为什么用这三个软件？本人的模型复杂，用MS可完成建模和一部分的研究内容，研究不了的内容就上可爱又迷人的LAMMPS；对LAMMPS来说，模型复杂时选择外部建模比较合理，但给LAMMPS外部建模并不是非MS不可，等我知道这件事的时候，我已经在在MS上面付出了太多太多，深陷其中，不可自拔；MS是商业软件有操作界面，而LAMMPS是开源软件没有操作界面，LAMMPS实际上是在按照你给的命令执行一个计算过程，输出的是数据，非可视化，因而上VMD就是用来直观显示LAMMPS的计算结果的，即显示模型发生了怎样的变化；此外，LAMMPS和VMD都可以建立简单的模型。5.本文是本人在学习和探索过程中总结的宝贵经验，都是有实践基础证明其可行可靠的，也十分欢迎各位前来交流。

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