slurm上使用jupyter

学习笔记总结

环境设置与脚本说明

1. 创建 conda 环境：

   conda create -n jupyter python=3.10
   mamba install -y jupyterlab
   

2. SLURM 脚本 (start_jupyter.csh)：

   #!/bin/bash
   #SBATCH --time=1-00:00:00  # 指定最大作业时间为 1 天
   #SBATCH -n 1                # 请求 1 个计算核心
   #SBATCH -N 1                # 请求 1 个计算节点
   #SBATCH -p Debug            # 提交作业到 Debug 分区
   #SBATCH -o logs/01-bsr2.%j.log  # 将标准输出保存到指定的日志文件
   #SBATCH -e logs/01-bsr2.%j.log  # 将错误输出也保存到同一日志文件
   #SBATCH --mail-type=FAIL,END  # 在作业失败或结束时发送邮件通知
   #SBATCH --mail-user=@qq.com  # 指定邮件接收地址
   
   # 获取隧道信息
   XDG_RUNTIME_DIR=""  # 清空 XDG 运行时目录环境变量
   port=$(shuf -i8000-9999 -n1)  # 生成一个随机端口号用于 Jupyter
   node=$(hostname -s)  # 获取当前节点名称
   user=$(whoami)  # 获取当前用户名
   cluster=$(hostname -f | awk -F"." '{print $2}')  # 获取集群名称
   
   # 设置 SSH 连接信息
   clusterurl="202.205.88.254"  # 远程服务器地址
   
   export PATH=$PATH:~/.local/bin  # 将本地 bin 目录添加到 PATH
   
   # 打印 SSH 隧道连接指令
   echo -e "
   MacOS 或 Linux 终端命令创建 SSH 隧道：
   ssh -N -L ${port}:${node}:${port} ${user}@${clusterurl}
   
   以下是 MobaXterm 信息：
   
   Forwarded port: 与远程端口相同
   Remote server: ${node}
   Remote port: ${port}
   SSH server: ${cluster}.${clusterurl}
   SSH login: $user
   SSH port: 22
   
   在本地浏览器上使用以下 URL 访问：
   localhost:${port} (使用密码时添加 https:// 前缀)
   
   或从错误文件中复制 token
   "
   
   # 激活环境并启动 Jupyter Notebook
   source activate jupyter  # 激活创建的 Jupyter 环境
   jupyter-lab --no-browser --port=${port} --ip=${node}  # 在指定端口和 IP 地址上启动 Jupyter Lab，不自动打开浏览器
   

3. 访问 Jupyter：

   • 在本地浏览器中使用 localhost:${port} 访问，必要时加上 https:// 前缀。

参考https://www.cnblogs.com/cookielbsc/p/12411560.html
https://nscc-neuro.github.io/nest-guide/docs/fqy4b2b061msp8gr/