R中的箱线图

ggboxplot 是 ggpubr 包中的一个函数，主要用于绘制箱线图（boxplot），它能够直观地展示不同组之间的数据分布和比较。下面是对 ggboxplot 函数的一些详细解释：

主要功能

绘制箱线图：箱线图通过显示数据的中位数、四分位数（Q1 和 Q3）及可能的异常值，提供了对数据分布的清晰概述。
比较组间差异：可以通过设置不同的分组变量来比较多个组的数据差异，常用于统计分析中的方差分析（ANOVA）。

函数描述

创建一个带有点的箱线图。箱线图通过其四分位数展示一组数值数据。

用法

ggboxplot(
  data,
  x,
  y,
  combine = FALSE,
  merge = FALSE,
  color = "black",
  fill = "white",
  palette = NULL,
  title = NULL,
  xlab = NULL,
  ylab = NULL,
  bxp.errorbar = FALSE,
  bxp.errorbar.width = 0.4,
  facet.by = NULL,
  panel.labs = NULL,
  short.panel.labs = TRUE,
  linetype = "solid",
  size = NULL,
  width = 0.7,
  notch = FALSE,
  outlier.shape = 19,
  select = NULL,
  remove = NULL,
  order = NULL,
  add = "none",
  add.params = list(),
  error.plot = "pointrange",
  label = NULL,
  font.label = list(size = 11, color = "black"),
  label.select = NULL,
  repel = FALSE,
  label.rectangle = FALSE,
  ggtheme = theme_pubr(),
  ...
)

参数解释

• data：数据框
• x：包含 x 变量名称的字符字符串。
• y：一个或多个要绘制的变量的字符向量。
• combine：逻辑值。默认是 FALSE。当 y 是包含多个变量的向量时，如果为 TRUE，则创建一个多面板图。
• merge：逻辑值或字符值。默认是 FALSE。当 y 是包含多个变量的向量时，如果为 TRUE，则将多个 y 变量合并在同一绘图区域。
• color：轮廓颜色。
• fill：填充颜色。
• palette：用于按组着色或填充的颜色调色板。
• title：图表主标题。
• xlab：指定 x 轴标签的字符向量。使用 xlab = FALSE 隐藏 x 轴标签。
• ylab：指定 y 轴标签的字符向量。使用 ylab = FALSE 隐藏 y 轴标签。
• bxp.errorbar：逻辑值。如果为 TRUE，则显示箱线图的误差条。
• bxp.errorbar.width：指定箱线图误差条宽度的数值。默认是 0.4。
• facet.by：字符向量，长度为 1 或 2，指定用于将图分成多个面板的分组变量。
• panel.labs：修改面板标签的字符向量列表。
• short.panel.labs：逻辑值。默认是 TRUE。如果为 TRUE，则创建短标签，省略变量名称。
• linetype：线条类型。
• size：数值（例如：size = 1）。更改点和轮廓的大小。
• width：在 0 到 1 之间的数值，指定箱体宽度。
• notch：如果为 FALSE（默认），则绘制标准箱线图。如果为 TRUE，则绘制带缺口的箱线图。
• outlier.shape：异常值的点形状。默认是 19。要隐藏异常值，可以指定 outlier.shape = NA。
• select：字符向量，指定要显示的项。
• remove：字符向量，指定要从图中删除的项。
• order：字符向量，指定项的顺序。
• add：字符向量，用于添加其他绘图元素（例如：点图或误差条）。
• add.params：为 add 参数指定的参数（颜色、形状、大小、填充、线型）。
• error.plot：用于可视化误差的绘图类型。
• label：包含点标签的列的名称。可以是长度为 nrow(data) 的字符向量。
• font.label：一个列表，可以包含标签的组合元素（大小、样式和颜色）。
• label.select：用于选择要显示的标签。
• repel：逻辑值，是否使用 ggrepel 避免文本标签重叠。
• label.rectangle：逻辑值。如果为 TRUE，则在文本下方添加矩形，便于阅读。
• ggtheme：ggplot2 主题名称。默认值为 theme_pubr()。

细节

可以使用 ggpar() 函数轻松自定义绘图。有关如何更改标题和轴标签、轴范围、颜色调色板等的更多信息，请参见文档。

示例

# 加载数据
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth

# 基本绘图
ggboxplot(df, x = "dose", y = "len", width = 0.8)

# 改变方向：水平
ggboxplot(df, "dose", "len", orientation = "horizontal")

# 带缺口的箱线图
ggboxplot(df, x = "dose", y = "len", notch = TRUE)

# 添加点
ggboxplot(df, x = "dose", y = "len", add = "dotplot")

# 添加抖动点并按组改变形状
ggboxplot(df, x = "dose", y = "len", add = "jitter", shape = "dose")

# 选择和排序项
ggboxplot(df, "dose", "len", select = c("0.5", "2"))

# 改变默认项的顺序
ggboxplot(df, "dose", "len", order = c("2", "1", "0.5"))

# 改变颜色
ggboxplot(df, "dose", "len", color = "black", fill = "gray")

# 按组改变轮廓颜色并添加抖动点
ggboxplot(df, "dose", "len", color = "dose", palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), add = "jitter", shape = "dose")

# 按组改变填充颜色
ggboxplot(df, "dose", "len", fill = "dose", palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))

# 多组箱线图
ggboxplot(df, "dose", "len", color = "supp", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"))

以上内容提供了 ggboxplot 函数的完整翻译和使用说明，帮助用户理解其功能和用法。