有参转录组上游分析方案（脚本）

简介

项目地址

gitee

所有的代码都会同步到此仓库，有需要的小伙伴可以前往查看

基于参考基因组的转录组分析，需要把质控后的数据比对到参考基因组上进行下游分析

一般来说有参转录组的转录本回比率不低于60%，这种情况表明参考基因组组装质量比较差，需要进行无参转录本的分析已得到更多的数据供后续分析。

比对效率指Mapped Reads占Clean Reads的百分比，是转录组数据利用率的最直接体现，如果参考基因组组装的较为完善，而且所测物种与参考基因组一致，且相关实验不存在污染，那么实验所产生的测序reads成功比对到基因组的比例会高于70% (Total Mapped)

分析流程

上游分析

主要对illumina测序（或其他测序方法）数据进行处理，得到TPM文件。

基本分析流程

• RNA-seq原始测序数据（raw data）的质量评估
• 过滤低质量序列
• 比对到参考基因组
• 基因表达定量分析

数据质控

illumina测序文件中，存在保护碱基（terminal sequence）、接头序列（adapter）、索引序列（index）、引物结合位点（Primer Binding Site），其中 adapter是和flowcell上的接头互补配对结合的；index是一段特异序列，加入index是为了提高illumina测序仪的使用率，因为同一个泳道可能会测序多个样品，样品间的区分就是通过index区分