生信基础（生物信息学的基本概念）

生信的发展到多组学的过程

1. 基因组学和结构生物信息学（1990-2000）：

   • 1990年代，基因组学概念出现，研究基因组的作图、测序和分析。
   • 1995年，第一个细菌基因组被完全测序，人类基因组计划也在1990年启动。
   • 1993年，EMBL Nucleotide Sequence Data Library成为世界上第一个核苷酸序列数据库。

2. 高通量生物信息学（2000-2010）：

   • 二代测序技术的出现使得DNA测序平民化，这始于454焦磷酸测序技术。
   • 高性能计算的重要性促使一些公司如亚马逊和微软提供生物信息学服务。

3. 多组学和系统生物学（2010-至今）：

   • 多组学技术结合两种或两种以上组学研究方法，如基因组、转录组、蛋白组或代谢组，对生物样本进行系统研究。
   • 系统生物学的发展，对整个生物体及其环境进行计算建模，同时考虑所有分子类别

1、基因组学概念

基因组学（Genomics）是一门研究基因组的科学，它涉及对整个基因组的结构、功能、进化和相互作用的全面分析。

图来源：https://baike.so.com/doc/5735604-5948349.html

• 研究基因组的物理结构，包括基因组的大小、基因的排列顺序、染色体的结构等。
• 通过测序技术确定基因组中核苷酸的精确序列，这是基因组学研究的基础。
• 研究基因组中基因的功能，包括哪些基因被表达、它们在不同条件下的表达模式，以及它们在生物体发育和生理过程中的作用。
• 研究基因组随时间的演变，包括物种之间的基因组比较，以及基因和基因组的进化机制。

2、转录组学概念

转录组学（Transcriptomics）是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。它主要从RNA水平研究基因的表达情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞功能状态的重要工具。转录组学的研究内容包括对所有的转录产物进行分类，确定基因的转录结构，通过对转录谱的分析，推断相应某一基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制，辨别细胞的表型归属等

3、蛋白组学概念

蛋白组学（Proteomics）是一门研究生物体全部蛋白质的组成、结构、功能、相互作用以及它们在不同条件下的变化的科学。它是基因组学的重要补充，因为基因组学提供了遗传信息的蓝图，而蛋白组学则研究这些遗传信息如何被翻译成实际的蛋白质，并在细胞中发挥作用。

• 测量不同蛋白质的表达水平，以了解它们在不同生理或病理状态下的变化。
• 确定细胞、组织或生物体中存在的所有蛋白质种类。
• 研究蛋白质的生物学功能，包括它们的酶活性、结合特性和信号传导作用。
• 确定蛋白质的三维结构，这对于理解其功能至关重要。
• 研究蛋白质在不同条件下（如疾病、发育阶段、环境变化等）的表达和功能变化。
• 研究蛋白质之间的相互作用，这些相互作用构成了复杂的信号网络和代谢途径。
• 通过比较健康和疾病状态下的蛋白质组，发现生物标志物和药物靶点。

4、代谢组学概念

代谢组学（Metabolomics）是一门研究生物体内代谢物的科学，它关注于细胞、生物流体、组织或生物体中的小分子或代谢物的大规模研究。这些代谢物是细胞代谢过程中产生的低分子化合物，代谢组学的目的是通过定性和定量分析这些代谢物，来揭示生物体的生理状态、代谢通路和疾病机制等方面的信息。

• 利用色谱、质谱等分析技术，分离和鉴定生物体中的代谢产物。
• 研究生物体中代谢产物的合成、分解、转化等过程
• 寻找代谢物与生理病理变化的相对关系，揭示代谢物与疾病之间的关联
• 通过深入研究代谢通路的调控机制，为疾病的早期诊断和个体化治疗提供重要依据
• 代谢组学有助于发现和鉴定疾病的生物标志物，这些标志物可以用于疾病早期诊断和治疗响应的监测

代谢组学在医学、农业、环境保护等多个领域中都有应用，包括疾病研究、药物开发、营养学、环境毒理学等。