真.从0开始的bulk RNA-seq分析 2.搭建一个分析平台

最新推荐文章于 2025-04-25 22:35:23 发布

离索⁵

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文章标签：服务器运维

本文链接：https://blog.csdn.net/2403_87439723/article/details/142796895

版权

#为什么要搭建Linux服务器？

#答：因为绝大多数分析软件以及流程都在Linux上

#为什么要用虚拟机？

#答：没租过服务器、而且主要是练习，数据量不是很大，比如按1最终筛选得到的数据不超过15G

#为什么要用ubuntu

#答：学习生信技能树的视频在做，他用的ubuntu

#说是从0开始，但是我建议在进行流程之前你得先点亮以下技能树：

1.linux集群操作基础：常用的指令（或者你会临时搜）、文件夹路径的概念（绝对路径、相对路径）

2.python编程基础（起码得会问gpt/deepseek...生成能解决实际问题的代码以及相关调试）

3.BulkRNA-seq流程相关概念

1.虚拟机

首先我们需要下载一个虚拟机软件，用于在你的电脑里生成一个小电脑。

参考文章：安装虚拟机（VMware）保姆级教程（附安装包）_vmware虚拟机-CSDN博客

VMware链接：阿里云盘

Ubuntu链接：百度网盘跳转提取码：qiuw

ps：以上链接均来自于参考文章的作者，我只是做个学习+归整，侵删

有几点需要注意：

1.无论是本地路径还是用户名都建议使用英文，因为中文路径问题总是能在奇怪的地方出现导致你要花很长时间去解决。

2.Vmware所在的盘应该尽可能的空，留个几百G总是没错的；到后面遇到内存不足的情况也可以扩容内存，所以问题不大

在跟完大佬装完虚拟机并开机完成相应设置后，我们关机并设置一下相应的内存以及处理器数；右键你的机器点击虚拟机设置：

1.点击硬盘，点击扩展硬盘容量，选择合适的内存，在编辑文章时本人使用的内存为80G

2.点击处理器，当选择16时提示失败（20年的笔记本），因此我们选择8（一般来说是你笔记本处理器的一半）。

3.本步骤也用于后期磁盘扩容后的硬盘分区：在1步加完磁盘后，新加的磁盘并没有投入使用，我们需要告诉ubuntu这新来的60G内存是你的，拿去随便用。

参考文章：虚拟机中的Ubuntu扩容及重新分区方法_ubuntu 拓展磁盘后重新分区-CSDN博客

下载并运行gparted

在ubuntu桌面右键，点击Opening in Terminal，打开终端

sudo apt-get install gparted
sudo gparted
#需要输入密码

随后出现一个页面记录着刚分下去未分区的内存60G，我们正常使用的盘为sda3，右键点击Resize，显示：

参考文章：GParted给ubuntu系统磁盘resize大小时候出现cannot resize read-only file system解决办法_gparted无法调整分区大小-CSDN博客总结一下就是给自己权限来调节硬盘，随后将sda3拉满，给unallocated留5mb

2.Xshell与Xftp

桌面版的ubuntu固然很好，而且也能随时进入终端输入指令，但是考虑到与自己的笔记本之间的文件传输，以及未来熟悉集群操作，Xshell和Xftp是很有必要的。

个人免费使用：家庭/学校免费 - NetSarang Website (xshell.com)

下载，然后安装就行，路径随意

随后就是将这两个软件链接到你的虚拟机上：

1.在ubuntu内下载ifcontig并获取你的IP

参考方法（可以不使用后续复杂的链接方式）：XShell 7连接VMware 16虚拟机上的Ubuntu 20.04_vmware ubuntuserver xshell-CSDN博客

2.Xshell/Xftp链接你的Vmware

因为是虚拟机，所以可以点永久保存，账号密码来源于你VMware虚拟机设置的账号

参考方法：使用XShell连接虚拟机VMware中的Ubuntu_xshell链接vmware ubuntu-CSDN博客

3.使用Xshell和Xftp进行操作

在此处，我们开始进行空间管理，将合适的文件放在合适的位置上

在Xshell上使用mkdir指令创建文件夹（之后指令默认在Xshell中执行，其实等价于ubuntu内的终端输入）

pwd #查看当前路径
cd ~ #回到home目录
mkdir Seq
mkdir biosoft

cd Seq
mkdir bulk
cd bulk
mkdir 1_10_9
cd 1_10_9
mkdir data
mkdir 1_Upsterm

#如果创建错了文件夹
rm -r path
#用这个一定要小心，因为rm -rf path就是格式化指令，经常有人被骗了敲出rm -rf ~导致所有文件全部删除！