附件：Easyseq源码（[2]classify）

#!/usr/bin/perl
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Tie::File;    
use Cwd;
my $location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
my @file = glob("$location_dir\\*.filter");
    foreach my $file(@file){
    open(DATA,"<$file") or die "Can't open $file";
    my @list = <DATA>;
    foreach my $list (@list){
    my @list_elm=split(" ",$list);
    if($list_elm[0]=~/Species_names/i){
      shift @list_elm;
      my @Species_names=@list_elm;
      my $Max_pro =@list_elm;
   for (my $i = 1; $i <= $Max_pro; ++$i){
        my $child_pro = fork();                                #创建进程
        if (!defined($child_pro)){                            
            die "launching child $child_pro\n";
        }
        if ($child_pro == 0 ){
            do_child($i,$$,$Species_names[$i-1]);
            exit 0;
        }
    }
exit 0;
    }
    
    }
    close DATA;
    }

sub do_child{
    my ($i,$id,$Species_names) = @_;
    print "process $i ===>>> $id  $Species_names\n";
    $location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
    my $dirpath="$location_dir\\classified";
    mkdir ($dirpath); 
    
            my @files = glob("$location_dir\\matched\\*.unmatched");
            foreach my $files(@files){
                my $fa=Bio::SeqIO->new(-file=>$files,-format=>'fasta');
                print " successful import $file\n";
                while(my $seq_obj=$fa->next_seq){
                    my $id=$seq_obj->id;
                    my $seq=$seq_obj->seq;
                    my $desc=$seq_obj->desc;
                    if($desc =~ /$Species_names/i){
                    open WH,">>$dirpath\\$Species_names.fa";
                    print WH ">$id $desc\n";
                    print WH "$seq\n";
                    }
                }
            }
    
}