【生信分析】生物分子网络构建基础——化学反应动力学

本文介绍了生物化学反应如何使用质量作用定律进行数学描述,探讨了酶催化反应的Michaelis-Menten法则,以及不同类型的化学反应模型,包括Supply、Decay、Transform、Reversible Transform和Compound formation。此外,文章还阐述了质量作用定律在分子生物学理论中的应用,并定义了平衡常数的概念。

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生物分子网络构建基础——化学反应动力学

Chemical Reaction Kinetics

生化反应指发生在生物体的细胞内的化学反应,它们是所有生物进行生理活动的基础,所以正确建立生化反应的数学描述是从理论上研究生物系统的核心。作为数学描述基础的质量作用定律(the law of mass action)是描述化学反应的基本定律,这个定律刻画了大分子或离子的合成及分解反应的速率。

质量作用定律是一个普适的基本定律,同时考虑生化反应的一个主要特点是:催化酶起决定性作用。在质量作用定律的基础上,利用酶的催化性质,经过近似计算可以总结出酶参与生化反应反应速率的Michaelis-Menten法则。另外还有一些定性的方法,如Species-Reaction图方法等。

质量作用定律

模型概览

首先回顾一下化学反应过程:
基本反应模式
其中, k

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