生信入门-R/Rstudio使用BiocManager无法安装clusterProfiler&org.Hs.eg.db&preprocessCore&hgu133plus2.db包的解决思路提供

1.常见报错信息：

Error 1 ERROR: compilation failed for package 'preprocessCore'
*removing 'C:/Users/surface/AppData/Local/R/win-library/4.3/preprocessCore'

错误:package or namespace load failed for ‘clusterprofiler'in loadNamespace(j <- i[[1L]]，c(lib.1oc,    
,libPaths())，versionCheck =vI[[j]]):不存在叫‘GOSemsim'这个名字的程辑包此外:Warning message:
程辑包'clusterprofiler'是用R版本4.4.0来建造的

……（其他报错未记录，总之报错五花八门，或下载时就卡住不继续进行）

2.解决思路step by step：

2.1确认Rstudio的镜像选择正确，如China (Beijing 1) [https] - TUNA Team, Tsinghua University

2.2考虑在Bioconductor官网本地下载后导入

方法一：搜索引擎搜索"preprocessCore install"选择Bioconductor官网

Bioconductor - Installhttps://bioconductor.org/install/方法二：进入官网（链接如上） > packages > 下拉找到Packages found under software检索需要下载的包名(eg:preprocessCore) > 进入后下拉在Package Achieves中选择适合自己电脑系统的版本，比如win选择Windows Binary版本/.zip结尾，（tar.gz原理上可行，但我在后续操作中遇到了问题）> 键入代码：install.packages("your file path", repos = NULL, type = "source") 

2.3如遇到compilation failed/Rtools相关报错时，优先考虑Rtools安装问题

Rtools做为Win系统的重要工具在安装R/Rstudio时不会自动安装，在清华镜像站中进行安装：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ （按网站提示即可安装，也可以继续网络检索相关教程）

2.4如遇到相关xx包未安装/前置xx包未安装，尝试安装一下（可能会发现有套娃现象，不太推荐）

2.5检查BiocManager和R版本是否匹配！（非常重要）

使用代码检查包版本：package_version(package name)

使用代码检查R版本：R.version.string

是否匹配参加Bioconductor官网（R4.4.0匹配Bioconductor3.19版本）

2.6如果尝试这些操作均无果，那么考虑终极简单粗暴且好用的解决办法……

重装

将你系统里的老R/老Rstudio/老R包全部删除卸载重启（干净卸载依旧可以检索教程，很全），按照最开始的办法重新下载（同上）最新版本的R/Rstudio。此法非常有效可靠，与反复折腾报错的时间相比甚少，甚至重装以后各种奇怪报错都不出现了，值得拥有