头疼的org.Hs.eg.db还是没有下载好

曾也也学编程

已于 2023-03-16 10:09:44 修改

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文章标签： r语言 bug

于 2023-03-16 01:46:11 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_46185653/article/details/129575421

版权

用户在尝试安装Bioconductor的org.Hs.eg.db包时遇到错误，包括句法分析器错误和写入权限问题。尝试了更改R包下载源、以管理员模式运行R、删除重复文件以及设置不同镜像源，但仍然遇到非零退出状态的问题，导致安装失败。建议检查R环境、依赖包和网络连接。

摘要由CSDN通过智能技术生成

首先是运行代码

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("AnnotationDbi")

这条代码适用于Bioconductor version: Release (3.16)以及R (version “4.2”)
注意：要根据自己的R的版本进行选择。

但由于我的R比较旧，是4.0版本的，适用于Bioconductor version: Release (3.12)
所以代码是

BiocManager::install(version = '3.12')
library("BiocManager")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

但是之后安装又遇到bug：

错误: 句法分析器1行里不能有多字节字符–停止执行
写入异常，显示写入无权限
退出时状态非0

本来想着的是改变下载R包的地方，但似乎没有效果，于是又在百度上疯狂搜索。搜到两种主要方法：

先下载依赖包DBI和AnnotationDbi，再下载org.Hs.eg.db。参考【下载org.Hs.eg.db遇到的坑（已解决）】

BiocManager::install('DBI',dependencies=TRUE) #dependencies为可选参数  #成功
BiocManager::install("AnnotationDbi",dependencies=TRUE) #成功
BiocManager::install('org.Hs.eg.db',dependencies=TRUE，INSTALL_opts = c('--no-lock'))

以管理员方式打开R，再进行下载包（解决不能写入问题）
找找有没有之前下载但没有成功使用的同名软件，建议用everything，方便快捷、全面找到目的文件/软件。参考【安装程序包‘xxxx’时退出狀態的值不是0】
更换合适的repos

在这里插入图片描述
结果还是……
有点要崩溃
再试一下删除重复的org.Hs.eg.db_3.12.0.tar.gz文档（使用everything）
之后重启，再输入代码下载

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

还是会报错…… 在这里插入图片描述

所以目前状况就是……
org.Hs.eg.db包下载完整，但是每次到最后始终是反映为非0状态，导致安装失败……
重启后发现更糟糕，BiocManager链接都上不了……，尝试以下方法（from 建明老师）

> options(download.file.method="libcurl")
> options(url.method="libcurl")
> options()$repos
    CRAN
"@CRAN@"
> options()$Bio_mirror
NULL
> options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
> options("repos"=c(CRAN="/CRAN/"))
> options()$repos
    CRAN
"/CRAN/"
> options()$BioC_mirror
[1] "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"
> if (!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))
+ install.packages("BioManager")
> BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db"),ask=F,update=F)
#报错信息
Warning messages:
1: In file(con, "r") :
  URL 'https://bioconductor.org/config.yaml': status was 'Couldn't connect to server'
2: In file(con, "r") :
  URL 'http://bioconductor.org/config.yaml': status was 'Couldn't connect to server'

找到非零状态含义

在这里插入图片描述
非零退出状态表示：在这种情况下无法安装软件包。尝试不要一次性安装目的包，而是先安装依赖包的方法，依次安装，也许可以达成目的。
使用自动化安装依赖包，加入参数 dependencies=TRUE，即自动安装依赖包

BiocManager::install('org.Hs.eg.db',dependencies=TRUE)

更具体的非零退出状态（https://www.jianshu.com/p/213361f11ae0）

1.包加载安装过程中编译不能通过，因此执行安装加载通过不了。
2.library中路径有中文字符出现
3.library，没有指定安装成功。
4.缺少包的依赖。
5.依赖包冲突：依赖包版本过低或过高，需要remove或delete
6.R的依赖包的镜像不在国内，需要翻墙获取依赖包
7.使用R语言的人对Rstudio和RGUi没有正确安装，导致无法加载到路径中去
8.安装部分R语言包需要以管理员身份运行软件，使得相关依赖包能够写入到library中

解决方法：
一、手动下载依赖包
二、加入参数 dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c(‘–no-lock’) 交代清楚依赖关系，并返回无法锁定目录