一文帮你搞定R安装clusterProfiler包过程中出现的问题

使用R安装包时一般使用install.packages()函数安装程序包

install.packages（‘clusterProfiler’）时出现下述代码错误提示

Warning in install.packages :
package ‘clusterProfiler’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at R Installation and Administration

解决方法：打开http://bioconductor官网，找到图中红色圈住的部分就是解决代码，直接复制到RStudio即可安装成功。

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

​

注意！！！

这里要特别提醒一下小伙伴们，有的文章中会在安装包后加个对应版本（如：version = “3.8”），在这里建议大家把version删去，因为大家可能像我一下根本不知道到底是哪个版本，删掉后也可以下载，那就果断删掉吧！

你以为这就解决问题了嘛，其实并没有，继续出现报错！！！

错误: package or namespace load failed for 'AnnotationDbi' in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):不存在叫'GenomeInfoDbData'这个名字的程辑包
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'DO.db'
* removing 'G:/R/R-4.2.1/library/DO.db'
* installing *source* package 'GO.db' ...
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
错误: package or namespace load failed for 'AnnotationDbi' in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):不存在叫'GenomeInfoDbData'这个名字的程辑包
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'GO.db'
* removing 'G:/R/R-4.2.1/library/GO.db'

下载的程序包在   ‘C:\Users\hxx\AppData\Local\Temp\Rtmp6LaYrY\downloaded_packages’里
Old packages: 'brew', 'classInt', 'cli', 'cluster', 'crayon', 'foreign', 'ggtree', 'igraph', 'jsonlite', 'labelled', 'MASS', 'Matrix', 'mnormt', 'nlme', 'nnet', 'psych', 'ragg', 'readr', 'rlang', 'tidytree', 'tinytex', 'vctrs', 'vroom'
Update all/some/none? [a/s/n]: 

错误提示中包含两点

1、Update all/some/none? [a/s/n]: 

下载的程序包在最后提示是否更新：Update all/some/none? [a/s/n]:

（1）一般是能不更新就不更新，除非一直报错，优先输入n，出现问题再输入a，不要选s。

（2）安装命令加参数：update=F,ask=F，特别是批量安装R包时，因为更新也更新不出来什么东西。只要安装时不出现一大堆R包有问题，R语言版本就不管，比如用的是3.9，现在是4.2，一年或是两年后出现5再考虑。”学R语言要高冷，能no就no，no不行要yes。

2、出现上述错误之后尝试运行“clusterProfiler”包，发现找到缺少“GenomeInfoDbData”这个程辑包，使用下面代码继续安装“GenomeInfoDbData”这个程辑包

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GenomeInfoDbData")

！！！加载clusterProfiler包时出现错误缺少‘DO.db’这个程辑包

library(GenomeInfoDbData)或library(clusterProfiler)包时可能还会提示缺少不存在叫‘DO.db’这个名字的程辑包

library(clusterProfiler)
Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):不存在叫‘DO.db’这个名字的程辑包

那使用下述代码，继续安装"DO.db"这个程辑包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
   install.packages("BiocManager")
 BiocManager::install("DO.db")

！！！加载clusterProfiler包提示错误，不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包

那就使用下述代码继续安装‘GO.db’这个程辑包

 library(clusterProfiler)
Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GO.db")

Tips：如果你们在library(clusterProfiler)包之后还是出现不存在某个名字的程辑包，那就继续按照上述方法增加安装包。

小伙伴们，安装clusterProfiler包时依赖的包很多，不仅安装过程复杂、耗时长，而且经常出现各种各样的错误。希望大家根据我分享的内容能够安装的更顺利一些啦！

好啦，clusterProfiler包终于安装完成啦！今天的内容就讲这么些啦，如果能帮到你那就给个关注吧！