Rosalind-DNA转换为RNA

最新推荐文章于 2024-06-06 11:17:39 发布
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分类专栏： Rosalind-每天刷一题 文章标签： Rosalind R shell
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本文链接：https://blog.csdn.net/AnLau/article/details/73040249
版权
本文介绍了如何利用R和Shell编程语言解决Rosalind平台上的DNA到RNA转换问题。在R中提供了两种不同的解决方案，而在Shell中则提供了一种方案，通过这些方法，读者可以学习到生物信息学中的基本转换操作。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Rosalind——生物信息刷题库，用编程解决问题

问题链接

这里写图片描述

R

rna <- "GATGGAACTTGACTACGTAAATT"

方案1

chartr("T","U",rna)
方案2
gsub(
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Codons:用于将DNA密码子序列转换为RNA，tRNA反密码子序列和氨基酸链的小型Java应用程序
04-28
＃密码子Small Java应用程序，用于将DNA密码子序列转换为RNA，tRNA反密码子序列和氨基酸链。 ＃此软件已失效，将不再更新 去做 修复蛋白质链转化
DNA序列转换为RNA序列
niutingbaby的博客
07-24 8152
1、Python文件DNA转RNA #!/usr/bin/python 2 #-*- coding:utf-8 -*- 3 "将DNA序列转换为RNA序列，即将T转换为U即可，利用字符串的replace方法" 5 f=open('./test.txt', 'r') 6 line=f.read() 7 dna2rnaline=line.replace('T', 'U') 8 f.clo...
Rosalind第二题：将DNA转录为RNA
他山之石 可以攻玉
12-30 1216
问题 的RNA串是字符串从形成的字母含有“A”，“C”，“G”，和“U”。 给定对应于编码链的DNA字符串，其转录的RNA字符串是通过用中的U替换所有出现的T来形成的。 下式给出：甲DNA串具有长度至多1000个核苷酸。 返回值：转录的RNA字符串。 样本数据集 GATGGAACTTGACTACGTAAATT 样本输出 GAUGGAACUUGACUACGUAAAUU python解决方案 DNAstr = 'GATGGAACTTGACTACGTAAATT' RNAs...
R语言：TCGA数据分析一
求知：数据科学家之路
08-13 9440
引言我最近在做TCGA数据分析，在处理中遇到的问题及其收获。主要包括： case ID 大小写处理 数据的匹配 涉及到的函数有：小写 tolower 大写 toupper 单一的局部匹配 grep 多个全局匹配 match 保留固定长度的字符 substr 大小写处理在RANseqGene中case ID 为大写的，而Clincial中为小写的。需要对case ID 做转换。方案一：大写变小写to
TCGA数据下载：R包RTCGAToolbox介绍
求知：数据科学家之路
10-24 8138
前面介绍了3种获取TCGA数据的方法：使用TCGA2STAT、TCGAbiolinks、RTCGA。这里再介绍一个包：RTCGAToolbox包，这个包是我最为推荐的，原因是我使用时它下载数据最快、最为稳定可靠。 RTCGAToolbox下载方法 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioconduc
Bio每日一题Rosalind-02-Transcribing DNA into RNA
最新发布
weixin_53737233的博客
06-06 730
🎉 进入生物信息学的世界，与Rosalind一起探索吧！🧬 Rosalind是一个在线平台，专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战，帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士，Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会
Rosalind Java| Transcribing DNA into RNA
学术程稻属
02-11 308
今天来分享Rosalind第二道题：转录 Transcribing DNA into RNA Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing ‘A’, ‘C’, ‘G’, and ‘U’. Given a DNA string t corresponding to a coding strand, its transcribed RNA string u is formed by replacing all occu
利用python将一段DNA转录成RNA
weixin_30421525的博客
01-11 1084
结题思路就是将DNA序列中的T换成U就可以啦，直接import re，然后用sub就行啦 import re rna_nucleotide = '' with open(r'D:\Rosalind\haha.txt','w+') as f1: with open(r'D:\Rosalind\rosalind_rna.txt','r') as f: for ...
rosalind练习题
qq_38790244的博客
07-25 1365
1、统计各碱基的数量, 计算整条序列长度 seq = '' with open('./1.txt', "r") as f: for line in f: if line[0] != ">": #print(line) line = line.strip().upper() ...
Rosalind-solutions：该存储库包含我对rosalind.info上的问题的解决方案
02-11
标题中的“Rosalind-solutions”表明这是一个存储库，其中包含了作者对于Rosalind平台上问题的解答。这些解答全部采用Python 3编写，这展示了Python在生物信息学领域的广泛应用。Python 3作为一门易读性强、功能丰富...
rosalind-源码.rar
10-10
"rosalind-源码.zip"可能是被错误地标记为rar格式，实际上它是一个zip文件。zip文件是一种常见的压缩格式，用于存储多个文件或文件夹。 在深入讨论Rosalind平台之前，我们需要了解生物信息学是研究生物数据（如DNA...
Rosalind-problem-codes:使用Python解决Rosalind问题的解决方案代码
04-08
在本项目"Rosalind-problem-codes"中，作者使用Python编程语言解决了Rosalind平台上的一系列生物信息学问题。Rosalind是一个在线教育平台，它将编程与生物学问题相结合，帮助用户学习生物信息学的基本概念和算法，...
rosalind-problems:rosalind.info的生物信息学问题用Java解决
03-09
总之，“rosalind-problems:rosalind.info的生物信息学问题用Java解决”是一个宝贵的资源，它将编程实践与理论知识相结合，为那些希望在生物信息学领域深化理解和技能的人提供了宝贵的素材。通过这个项目，你可以...
rosalind-pmfst:rosalind.info中的示例在生物信息学中的UNIST PMFST算法中使用
03-30
标题中的"rosalind-pmfst"是一个与生物信息学相关的练习或问题，它涉及到UNIST（University of Illinois at Urbana-Champaign）的PMFST（可能是“Perfect Matchings in Fully-Specified Trees”或类似的术语）算法。...
python文件处理，将DNA序列转换为RNA序列
weixin_30307267的博客
12-11 1054
1 #!/usr/bin/python 2 #-*- coding:utf-8 -*- 3 "将DNA序列转换为RNA序列，即将T转换为U即可，利用字符串的replace方法" 5 f=open('./test.txt', 'r') 6 line=f.read() 7 dna2rnaline=line.replace('T', 'U') 8 f.close() ...
SAP Web IDE本地环境搭建
少年休闲海
02-22 3557
SAP Web IDE本地环境搭建 1、JDK的安装及配置环境变量 可通过官网自行下载JDK： Java Downloads | Oracle 直接傻瓜式安装至默认路径“C:\Program Files\Java\jdk-17.0.2”，然后配置环境变量“JAVA_HOME”、“CLASSPATH”和“PATH”。 JAVA_HOME：C:\Program Files\Java\jdk-17.0.2 CLASSPATH：.;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME%\lib\
Android开发（1） | Fragment 的应用——新闻应用
Jormungand_V的博客
02-21 6403
文章目录 news_item.xml： <TextView xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" android:id="@+id/news_title" android:layout_width="match_parent" android:layout_height="wrap_content" android:lines="1" android:ellipsize="
Unity Shader - 搬砖日志 - URP PBR (抄作业篇，持续更新~)
Jave.Lin 的学习笔记
02-25 5451
PBR 主要渲染方程 Lo(p,wo)=∫Ω(kdcπ+ksDGF4(wo⋅n)(wi⋅n))Li(p,wi)(wi⋅n)dwi L_o(p,w_o)=\int_{\Omega}(k_d \frac{c}{\pi} + k_s \frac {D G F}{4(w_o \cdot n)(w_i \cdot n)}) L_i(p,w_i)(w_i \cdot n) dw_i Lo​(p,wo​)=∫Ω​(kd​πc​+ks​4(wo​⋅n)(wi​⋅n)DGF​)Li​(p,wi​)(wi​⋅n)dwi​ .
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