R语言：TCGA数据分析一

引言

我最近在做TCGA数据分析，在处理中遇到的问题及其收获。主要包括：

• case ID 大小写处理

• 数据的匹配

涉及到的函数有：

小写

• tolower

大写

• toupper

单一的局部匹配

• grep

多个全局匹配

• match

保留固定长度的字符

• substr

大小写处理

在RANseqGene中case ID 为大写的，而Clincial中为小写的。需要对case ID 做转换。

方案一：大写变小写

tolower(colnames(LUAD_RNAseqGene))

方案二：小写变大写

toupper(rownames(LUAD_Clinical))

匹配

grep

在找tumor