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原创 Bio-Info每日一题:Rosalind-07-Mendel‘s First Law(孟德尔第一定律 python实现)

🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。📝这个题目是要你计算在一群具有不同基因型的个体中,两两随机交配后,后代中表现显性性状的概率。

2024-06-16 15:00:32 535

原创 Bio-Info每日一题:Rosalind-06-Counting Point Mutations

Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。(英语:Hamming distance)是两个字符串对应位置的不同字符的个数。换句话说,它就是将一个字符串变换成另外一个字符串所需要替换的字符个数。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!

2024-06-10 20:56:31 251

原创 Bio-Info每日一题:Rosalind-05-Computing GC Content

🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。📝。

2024-06-09 18:55:01 322

原创 Bio-Info 每日一题:Rosalind-04-Rabbits and Recurrence Relations

🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。📝。

2024-06-08 23:03:00 970

原创 RNA-seq标准化

因此下游分析由counts计算RPKM、 FPKM这两者的公式完全一致。

2024-06-07 12:30:32 869

原创 Bio每日一题:Rosalind-03-Complementing a Strand of DNA

在解决生物信息学问题时,使用基础Python代码可以帮助你理解序列操作的基本原理,而借助BioPython等专业库可以大大简化代码,提升效率。根据具体情况选择合适的方法,让你的DNA序列分析更高效、更专业!加入Rosalind,开始你的生物信息学探索之旅吧!纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行。

2024-06-07 12:13:27 390

原创 Bio每日一题Rosalind-02-Transcribing DNA into RNA

🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会

2024-06-06 11:17:39 728

原创 生信-VCF小知识

记录个体或群体突变的文件格式,是变异结果存储的标准格式,一般多用于单核苷酸变异或小片段的插入缺失的结果记录。此外也可存储其他变异形式,如CNV、SV等。SNV 是基因组上单个位置的替换。|比如,在参考基因组上记录为 A ,通过检测,某个体由于个体差异或突变,在相同位置变异为C。Indel是指插入或缺失,例如在参考基因组上,某位置为ATCCA,在个体基因组上为ACA(中间位置的TC缺失),则记为A–CA,该位置为deletion。

2024-06-06 11:15:14 968

原创 Bio每日一题Rosalind-01-Counting DNA Nucleotides

🎉 进入生物信息学的世界,与Rosalind一起探索吧!🧬Rosalind是一个在线平台,专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战,帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士,Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。你是否想像专业人士一样分析DNA序列?这里有一个简单的任务来帮助你入门。我们的第一个挑战:“计数DNA核苷酸” 📊📝给定一个DNA字符串,统计每种核苷酸(A、C、G、T)的出现次数。

2024-06-05 20:31:13 384

原创 Jupyter集群计算节点-本地映射

在公司中运行Jupyter并在本地打开。

2024-04-30 09:45:02 218 1

原创 LLM+PubMed小助手

最近参加一个集训,和团队的小伙伴选择了一个关于搭建生物问答助手的AI题目,由于本人并非人工智能专业,不会训练模型,只知道一些简单的python知识,为了完成任务在网上好一阵找。终于发现了一个宝藏仓库,GPT学术优化!

2024-03-30 18:51:11 300 1

原创 Selenium实现UCAS半自动化教评

Selenium实现中国科学院大学/国科大/UCAS半自动化教评 水平有限,欢迎大佬多多指教。

2024-02-06 16:13:38 360 1

原创 R语言绘制upsetR图

当数据分组很多时,使用韦恩图不能很好展示数据间的情况,这个时候可以使用upsetR。

2023-11-23 19:11:49 192

原创 生信基础-wsl+conda+mamba

接触生信也有一段时间了,从一窍不通到现在(二窍不通),中间踩了不少坑。想了想还是写一本简单的入门教程,既能记录自己的学习历程,也能帮助到大家。 之后尽量每天写一小段!!!!!

2023-11-23 18:32:59 1698

原创 matplotlib绘图‘str‘ object is not callable

最近在学python画图,本来基础掌握就不咋地,又这么长时间不敲代码,啥都记不得了。然而,就在我从头学起的的第二小节就遇上了麻烦。只见我满心欢喜的敲下回车键出来的并不是图,而是一个error。无意间点了一下重启,服了,图出来了。苦苦找寻,不知道自己哪里出错了。脑子一懵,什么,报错了?

2023-10-20 23:13:10 134 1

原创 python爬取酷狗网络红歌榜

从网站网站中获取排名、歌手、歌曲名、时长四个信息。在此通过CSS选择器来获取信息。网站:https://www.kugou.com/yy/rank/home/1-23784.html?from=rank。

2023-10-06 19:39:20 114 1

原创 python爬取博客园文章列表(爬虫新手练习)

python爬虫新手练习,获取博客园文章目录及网址

2023-10-05 16:03:58 292

原创 python爬取豆瓣top250电影(爬虫新手练习)

前段时间学习了一点爬虫知识,练习爬取豆瓣top250电影信息

2023-08-27 14:18:48 1956

原创 GSEA条形码看基因富集?!

R语言GSEA富集分析

2023-08-05 10:00:00 234 1

原创 用argparse随心所欲写python帮助信息

Argparse 教程

2023-07-21 16:16:27 185 1

原创 RNA-seq(一)

RNA-seq(RNA sequencing)是一种基于二代测序技术(Next-Generation Sequencing, NGS)研究转录组学的方法,能够快速获取给定时刻的某一基因组中RNA的种类和数量,从而实现定性与定量分析。随着二代测序技术的发展,RNA-seq的应用场景也不断拓展,在生物学和临床医学等领域都有广泛应用。如今,RNA-seq在诊断、预后和治疗各种疾病(包括癌症和传染病)的应用中具有广阔前景。

2023-07-16 16:57:20 525 1

原创 拆分bam统计clean reads长度

拆分bam统计clean reads长度

2023-02-23 23:52:10 954

原创 一个命令,让win11把微软商店装回来

微软商店

2023-01-28 19:27:26 2704 6

原创 卸载anaconda后powershell 无法将“D:\anaconda\Scripts\conda.exe”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。

卸载anaconda后powershell 无法将“D:\anaconda\Scripts\conda.exe”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。

2022-12-15 14:46:12 3212 6

原创 Endnote引用参考文献将中文文献出现的”et al“设置为“等“的解决方法

Endnote引用参考文献将中文文献出现的”et al“设置为“等“的解决方法

2022-10-26 09:11:19 2098

原创 Endnote 添加GBT77144文献引用格式

论文文献不知如何插入?进来瞧瞧呀

2022-10-25 09:56:07 2367

原创 提取基因组中的内含子、外显子以及基因间区

提取基因组中的内含子、外显子以及基因间区

2022-10-21 10:21:33 10521 3

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