P1140 相似基因

题目背景

大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸，简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。

题目描述

两个基因的相似度的计算方法如下：

对于两个已知基因，例如AGTGATG和GTTAG，将它们的碱基互相对应。当然，中间可以加入一些空碱基-，例如：

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述，碱基之间的相似度如下表所示：

那么相似度就是：(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一，例如又有：

相似度为：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。

输入输出格式

输入格式：

共两行。每行首先是一个整数，表示基因的长度；隔一个空格后是一个基因序列，序列中只含A,C,G,T四个字母。1<=序列的长度<=100。

输出格式：

仅一行，即输入基因的相似度。

输入输出样例

输入样例#1：  复制

7 AGTGATG
5 GTTAG

输出样例#1：  复制

14

这道题目应该来说是不难的，就是这个样例给了一个误区，实际上应该是可以a序列的第一个对应b序列的第3个之类的，然后b序列前面的两个就是对应空白碱基，代码：

#include<bits/stdc++.h>

using namespace std;

int dp[110][110];

int ma[6][6]={{0},
			  { 0, 5, -1, -2, -1, -3},
			  { 0, -1, 5, -3, -2, -4},
			  { 0, -2, -3, 5, -2, -2},
			  { 0, -1, -2, -2, 5, -1},
			  { 0, -3, -4, -2, -1, 0}
			  };

int main(){
	int lena, lenb, a[110], b[110];
	char q1[110], q2[110];
	cin >> lena >> q1 >> lenb >> q2;
	for(int i = 1; i <= lena; i ++){
		for(int j = 1; j <= lenb; j ++)
			dp[i][j] = -9999999;
	}
	for(int i = 0; i < lena; i ++ ){
		if(q1[i] == 'A')
			a[i+1] = 1;
		else if(q1[i] == 'C')
			a[i+1] = 2;
		else if(q1[i] == 'G')
			a[i+1] = 3;
		else
			a[i+1] = 4;
	}
	for(int i = 0; i < lenb; i ++ ){
		if(q2[i] == 'A')
			b[i+1] = 1;
		else if(q2[i] == 'C')
			b[i+1] = 2;
		else if(q2[i] == 'G')
			b[i+1] = 3;
		else
			b[i+1] = 4;
	}
	for(int i = 1; i <= lena; i ++){
		dp[i][0] = dp[i-1][0] + ma[a[i]][5];
	}
	for(int i = 1; i <= lenb; i ++){
		dp[0][i] = dp[0][i-1] + ma[b[i]][5];
	}
	for(int i = 1;i <= lena; i ++){
		for(int j = 1; j <= lenb; j ++){
			dp[i][j] = max(dp[i][j], dp[i][j-1] + ma[b[j]][5]);
			dp[i][j] = max(dp[i][j], dp[i-1][j] + ma[a[i]][5]);
			dp[i][j] = max(dp[i][j], dp[i-1][j-1] + ma[a[i]][b[j]]);
		}
	}
	cout << dp[lena][lenb];
	return 0;
}