你们在科研学习中一般使用哪些软件工具来看论文记笔记？

最新推荐文章于 2024-07-05 22:49:45 发布

MaximusCoder

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Zotero + Obsidian （都免费）

以前用过notion，mendeley，marginnote，logseq，OneNote等。Marginnote算是看论文的终极神器了，但是用了几年后发现管理论文实在是太麻烦了，无法实现zotero跳转。所以我开始折腾obsidian。

注：Obsidian有款Markmind插件可以基本替代marginnote，windows上还有BookXNote这个软件，但他们都是独立PDF阅读器，无法和Zotero互动。

喜欢Cyberpunk 2077的同学可以试试ob里Cybertron这款主题。

预览

1. Zotero Obsidian 联动

目前我在mac上用alfred的工作流（收费）实现了在zotero划高亮自动添加到obsidian的笔记当中，ob的笔记标题是当前zotero论文的citekey。ob的高亮内容能够回跳到zotero原文。点击图中粉色pdf标识即可。

我点击了上图的粉色pdf链接，跳到了zotero的pdf高亮（刚跳过去的时候会用其他颜色提示是哪条）

2. Latex 快捷输入

最近在ob中用latex写作业（TA直呼要给我bonus）。一定要下载obsidian-latex-suite 这个插件，跟网上那些用vim macro打一样快。

3. 构建主页

这是我最近在整理的一门课，利用dataview把相关笔记整理到一起，并且创建按钮利用模版建立新文档

4. 实验记录

每一只动物实验对象我都建立一份单独的笔记，我把动物手术实验的细节写在YAML里，然后就能用dataview构建数据库一样的表格

实验记录示范，秀一下可爱的神经元（海马CA1锥体细胞的荧光表达，可单细胞电压成像+光遗传控制）

教程

1. Zotero-Obsidian-Integration 插件

因为用Alfred工作流需要收费，所以先给大家更新一下免费的zotero和obsidian联动。

这是目前个人最喜欢的联动插件，可以实现自动抓取zotero pdf上做的所有笔记（包括图片和公式，但公式识别不太准确），模板可自定义。

我参考的是一个油管的视频（B站搬运视频：Zotero Obsidian Integration_哔哩哔哩_bilibili），他的模板很简洁。简要步骤如下：

首先需要在zotero下载zotero-better-bibtex插件（https://retorque.re/zotero-better-bibtex/）
在ob社区插件中心下载Zotero-Obsidian-Integration插件
编辑笔记同步模板，并在插件设置中填写模板路径。
开启快捷键，在弹出的zotero搜索栏中输入文献信息（标题，作者都可以），然后一件导入笔记本

我的模版：

---
year: {{date | format("YYYY")}}
tags: {% for t in tags %}{{t.tag}}{% if not loop.last %}, {% endif %}{% endfor %}
authors: {{authors}}{{directors}}
--- 

---
# {{title}}
{% for annotation in annotations -%}
  {% if annotation.comment %}
- {{annotation.comment}} [link](zotero://open-pdf/library/items/{{annotation.attachment.itemKey}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
  {% endif %}
  {%- if annotation.annotatedText -%}
- [{{annotation.annotatedText}} ](zotero://open-pdf/library/items/{{annotation.attachment.itemKey}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
  {%- endif %}
  {%- if annotation.imageRelativePath -%}
  ![[{{annotation.imageRelativePath}}|400]]
  {%- endif %}
{% endfor -%}

导入后是这样的，每一句高亮都能精准跳转。不过需要花点时间整理下。

2. Alfred工作流模仿Marginnote操作

此方法需要收费，用mac的并且购买alfred工作流，喜欢折腾的童鞋可以一试。

构建以下工作流，首先在zotero高亮注释，然后选择高亮，按下快捷键option+1。此流程能够更改zotero快速复制的内容，并且把更改后的内容自动粘贴到指定的obsidian文件夹中最近更新的markdown文件。

第二步的python代码：

import sys
import re 
s = sys.argv[1]
s=re.sub(r'\(\[.+\)\) ','',s)
s=s.replace('“','')
s=s.replace('”','')
s=s.replace(' ([pdf]',']')
s=s[:-1]
s='['+s
sys.stdout.write(s)

第三步的python代码：

import sys
import os 
import glob
s = sys.argv[1]
if s:
    folder='改为你obsidian中存放论文笔记的绝对路径'
    list_of_files = glob.glob(folder+'/*.md') 
    filename = max(list_of_files, key=os.path.getctime)
    file_content = [ line for line in open(filename) ]
    writer = open(filename,'w')
    for line in file_content:
        # Re-write the file at each iteration
        writer.write(line)
    writer.write("- " + s + "\n")
    writer.close()

找ob folder的绝对路径：右键 --> 在finder中显示 --> 拷贝路径

注意：目前无法拷贝zotero中选择区域中的图片。我的方法是设置alfred工作流实现局部截屏然后自动复制到ob文档里，所以无法实现跳转。期待zotero更新拷贝图片。

windows用户理论上可以使用quicker实现同样效果。

3. Obsidian Latex Suite

不建议在Ob用latex写论文，但平常做笔记写作业搭配这个插件非常效率。

GitHub在这里 https://github.com/artisticat1/obsidian-latex-suite

你也可以在社区插件里直接安装。

可以在插件设置里自定义snippets

有优先级选择：
- m：需要按一下tab键完成转换，比如上面的“\alpha”需要打“\al”然后按一下tab键
- mA：自动填充，无需tab转换
另外打分号的时候建议在分母前加一个空格，不然会把前面所有的东西都包括到分母里。
因为ob用的是阉割版mathjax，所以复杂公式可能会有问题，而且目前不支持自动公式编号和引用。

4. Obsidian Dataview + Template （实现预览3和4）

Dataview插件可以提取笔记中的YAML信息制作表格形式的数据库。
Template用来自动命名，定义YAML格式，移动笔记到指定文件夹。

课程主页模版示例：

指定YAML格式并且把文件放在Courses这个文件夹里

---
year: 2022
semester: 1
professor:
weblink: 
tags: course
---

<% await tp.file.move("/Courses/" + tp.file.title)%>

2. 建立主页（MOC）

利用dataview抓取所有的课程笔记制作表格，显示教授和课程网页地址，只显示本学期内容

```dataview
table professor, weblink
from "Courses"
where year=2022 AND semester=1
sort year,semester 
```

5. Obsidian Buttons

如果喜欢以上面主页形式来整理笔记，那我建议你使用Buttons这个插件来快速创建新笔记。

按钮示例：

利用“Experiment Template”这个模版新建文件：

```button
name New Experiment
type note( , split) template
action Experiment Template
```

模版如下：

---
surgery_date: 
sex: 
D.O.B:
injection:
surgery note:
expression:
position table: 
project: 
status: §1tags: experiment
---

<% await tp.file.move("/Adam Lab/Experiments/" + tp.file.title)%>

这样我们实现了一键生成模版化的新笔记，并且自动添加到了数据库中。

Obsidian插件推荐：

Markmind：在OB中实现类似Marginnote的PDF阅读器，试用30天后收费。中文手册obsidian-markmind/用户手册.md at main · MarkMindCkm/obsidian-markmind
Nuke Orphans：删除没有被使用的图片
Various Complements：自动补全。B站教程：Johnny学OB 第50集这个Obsidian的自动补全插件，一定不要错过了。本系列第50集，强烈推荐——Various Complements_哔哩哔哩_bilibili

Zotero插件推荐：

Zotero Better Notes：更自由的zotero内置PDF笔记 https://github.com/windingwind/zotero-better-notes#readme
Zotero Tag：标记未读，给论文打星 GitHub - windingwind/zotero-tag: One add-on to rule Tags all. Manage all your Tags in one Zotero add-on