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RSS订阅原创 宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
MetaWRAP是一个集成的宏基因组分析工具包，侧重于宏基因组Binning，本文将介绍MetaWRAP的具体使用方法。
2024-06-05 10:40:30
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原创 宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
宏基因组分箱（Metagenomics Binning）是一个将宏基因组测序获得的DNA序列分类为离散组或“bins”的过程，在这里我们先从MetaBAT讲起，通过MetaBAT2实战来了解分箱流程。
2024-06-05 10:38:30
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原创 Slurm集群使用基础
我们在做生物信息分析时，对于大规模的上游数据的处理，一般需要在大型服务器或集群上进行。我最早接触并使用的是一个基于SLURM调度系统的集群，在此记录一下基础使用方法。
2024-05-29 22:07:55
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原创 宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新
宏基因组（Metagenome）是指对一个生态系统中的所有微生物进行DNA分析的过程，可以帮助研究人员了解微生物的多样性、功能和互作关系。这里介绍常用的上游分析流程。
2024-05-29 21:59:39
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原创 使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），是一种用来比较基因组的指标。FastANI和Skani是常用于计算ANI的快速准确的软件，在此介绍一下这两个工具。
2024-05-22 21:18:21
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原创 GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个基因组分类学数据库，旨在提供高质量的细菌和古细菌等分类信息。GTDB-Tk 是一个软件工具包，用于根据GTDB对细菌和古细菌基因组进行客观分类。
2024-05-22 21:17:05
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原创 使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
BiG-SCAPE是一种计算生物合成基因簇（BGCs）之间距离的工具，用于自动重建基因簇家族，即编码高度相似或相同分子的基因簇组。
2024-05-16 00:04:43
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原创 使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
antiSMASH是一个用于识别和分析微生物中生物合成基因簇（BGCs）的工具。本文介绍了antiSMASH的使用方法和分析流程。
2024-05-08 10:43:12
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原创 微生物群落构建（community assembly）
了解控制群落多样性、功能、演替和生物地理学的机制是生态学，尤其是微生物生态学中的一个核心，这里介绍了几种群落构建方法。
2024-05-08 01:04:45
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原创 微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC） 是一类非常重要的基因集合类型，随着高通量测序技术和生物大数据处理工具的快速发展，直接从宏基因组（metagenome）中探索BGC的策略已经越来越成熟。
2024-05-07 15:56:18
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原创 浙江大学蒋超课题组合作ES&T：开发使用可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘
我们实验室开发了一种新型的用于个体生物和化学暴露组纵向测绘的可穿戴被动采样器：AirPie。
2024-04-03 21:54:53
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原创 ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
最近，我开发的R包ReporterScore（GRSA方法）发表在杂志Briefings in Bioinformatics上，这是一种灵活的，可用于复杂多组学数据的功能富集新方法。
2024-03-31 00:34:03
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原创 Mermaid 入门
Mermaid是一个基于 JavaScript 的图表绘制工具，可渲染 Markdown启发的文本定义以动态创建和修改图表，允许使用文本和代码创建图表和可视化。
2024-03-04 21:27:40
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原创 CSL格式原理和应用
在学术写作中，"文内引用"（citation）和"参考文献列表"（bibliography）是两个重要的概念，学会管理它们十分重要。我们一般可以通过设置CSL文件来快速获得想要的引文风格。
2024-03-04 21:09:03
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原创 R快速翻译和绘图中文支持
在数据分析中，有时候面对大量的英文单词描述可能无法快速获得全部信息，需要去进一步查询或翻译。在R里可以调用一些翻译api完成这一步，但api一般会限制调用速度，`pcutils`提供了一种快速翻译的思路。另外，如何在绘图中展示翻译结果需要考虑中文字体的支持。
2024-01-17 00:30:44
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原创 龙年启科研新篇
对了，我在R里写了个简单的函数用来“画”春联，再次给大家送上祝福。放在R包pcutils里了，可以输入长度为3的字符向量，第一个是横批，第二三个是上下联。愿大家在新的一年，实验蓬勃发展，代码优雅流畅，数据如音符，奏响科研交响曲。还和群青同学一起做了个蛋糕，happy new year！也可以不输入上下联，把bg_shape换成23也很好看。祝大家新年里科研路上有更多的收获，事业腾飞，身体健康！祝一同攀登科研之峰的大家，新年快乐🎉🐉🎉！2023年已逝，2024年龙年将至。还可以通过调节文字属性，画一个倒福。
2023-12-31 21:05:02
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原创 地球微生物组计划介绍（EMP）
The Earth Microbiome Project (EMP) 是一个旨在描述和解释地球上微生物多样性的国际性科学计划。这个项目的目标是通过对地球各种环境中的微生物群落进行大规模的DNA测序和元数据采集，构建一个全球微生物群落的参考数据库，以更好地理解和研究微生物的生态学、功能和进化。
2023-12-08 14:03:36
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原创 降维/排序分析（ordination analysis）
Ordination analysis（排序分析）是生态学和统计学领域中用于分析和解释多变量数据的方法之一。这个方法通常被用于探索和可视化生态学或生物学数据中的pattern，尤其是在物种组成和环境因素之间的关系方面。
2023-11-18 15:51:35
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原创 基因集富集分析(GSEA)简介
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 是一种用于分析基因表达数据的计算生物学方法，旨在揭示与特定生物学过程、通路或功能相关的基因表达模式。
2023-09-21 18:56:57
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原创 KEGG 数据库及API (2)
KEGG是一个广泛使用的生物信息学数据库，用于研究基因组、代谢组、信号通路和生物化学反应等方面的信息，这里就要介绍非常重要的操作：通过api查询和下载KEGG数据库内容。
2023-08-17 14:41:26
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原创 KEGG 数据库及API (1)
KEGG是一个广泛使用的生物信息学数据库，用于研究基因组、代谢组、信号通路和生物化学反应等方面的信息，这里介绍一下数据库的主要模块。
2023-08-17 14:39:09
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1
原创 使用ReporterScore包进行富集分析
Reporter Score是一种改进微生物富集分析的新方法。这里我们分享一下它的原理和一个实现的R包。
2023-08-10 19:46:30
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原创 R进阶使用技巧
分享一下R进阶使用的小技巧，相当于是之前写的R语言学习的实践和总结了。关注公众号 ‘biollbug’,获取最新推送。下载slide和相关的各种test文件。查看slide，或者点击。
2023-07-07 21:30:43
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原创 R绘制柱形图及其变换（bar chart）
我将常用的各种函数整成了一个包：pcutils，包含各种绘图方法，这里介绍一下柱形图绘制及其各种变换，如饼图，环形图，河流图等。
2023-06-21 22:49:42
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原创 物种多样性研究的理论和方法
这是我在一门研究生课程上的课程任务，查阅了一些文献总结整理了物种多样性研究理论与方法，比较基础，没有对一些理论和模型深入讲解，仅做分享
2023-06-21 17:14:51
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原创 Metagenomic workflow 宏基因组分析流程
宏基因组（Metagenome）是指对一个生态系统中的所有微生物进行DNA分析的过程，可以帮助研究人员了解微生物的多样性、功能和互作关系。这里介绍常用分析流程。
2023-06-21 17:14:24
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原创 gut 2023 肠道大会个人总结
有幸参加了2023肠道大会"CHINAGUT2023系列活动"，这是我博士期间参加的第一个学术会议，怀着开阔眼界，见识科学前沿，学习新方法新技术的心态，听完了三天的报告，认识了一些大佬，收获颇丰。
2023-05-26 22:12:11
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原创 Antibiotics resistance gene 抗生素抗性基因（ARG）
抗生素抗性基因（ARGs）是指存在于细菌或其他微生物基因组中的基因，使它们具有对抗生素的抵抗能力。ARG被视为是一种新出现的生物污染物，是宏基因组研究的重要方面，这里介绍常用的rgi软件进行分析。
2023-05-24 23:47:30
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原创 Reporter Score 微生物功能富集分析
Reporter score是一种改良的微生物富集分析的新方法，这里分享其原理和一个实现的R包。
2023-05-15 15:03:19
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原创 R语言学习
linuxpython和R语言应该是生信学习中最重要的几个部分。R是一种专门用于统计分析和数据可视化的语言，其生态系统也非常丰富，拥有大量的统计分析库和可视化工具，例如：ggplot2、dplyr、tidyr、shiny等。
2023-05-07 11:32:49
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空空如也
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