Asa12138-CSDN博客

原创 Nature系列综述｜RNA病毒进化机制解析：从分子基础到抗病毒策略设计

本世纪以来，全球人类健康持续面临由RNA病毒引发的疫情威胁。这类病毒以其快速进化、宿主转换和免疫逃逸能力著称。RNA病毒通过突变、重组、重配以及广泛的种群相互作用，在受限的进化景观中产生显著的遗传多样性。尽管大多数突变是有害的，但其中一部分能够驱动病毒适应选择压力和环境变化，可能使其能够感染新宿主并成为流行病和大流行病的威胁。近年来，分子病毒学的发展阐明了突变偏好、基因组组织、上位效应和宿主因素如何塑造病毒多样性，揭示了病毒的脆弱性和进化限制。

2026-06-04 09:50:08 213

原创 Nature Microbiology｜解析细菌复杂性：单细胞转录组学开启微生物研究新纪元

表型异质性（phenotypic heterogeneity）是细菌和真核细胞共有的特征，源于固有的细胞间变异性。在真核生物中，单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing, scRNA-seq）极大地促进了人们对异质性如何影响器官和组织中不同细胞类型和状态的理解。

2026-06-04 09:49:44 237

原创组学网络分析工具MetaNet正式发表于Bioinformatics

网络分析已成为解析复杂生物和环境系统的关键策略，特别是在现代组学技术产生日益庞大和异质数据集的背景下。然而，现有工具往往缺乏处理高维数据所需的可扩展性、灵活性和原生多组学支持。为此，我们开发了MetaNet，这是一个高性能的R语言软件包，旨在统一跨不同组学层次的网络构建、可视化和分析流程。MetaNet能够为超过10,000个特征的数据集实现快速、可扩展的基于相关性的网络构建，提供超过40种布局算法、丰富的注释工具以及与静态和交互式平台兼容的可视化选项。

2026-06-01 10:02:03 535

原创 NC｜肠道微生物网络拓扑结构关联肥胖代谢健康

肥胖是一种异质性疾病，包含一系列具有不同代谢和炎症特征的表型。代谢健康肥胖（MHO）指个体虽患有肥胖但代谢状态相对保持良好，然而其背后的肠道微生物组特征尚不明确。本研究分析了931名代谢健康非肥胖（MHNO）、代谢健康肥胖（MHO）、代谢不健康非肥胖（MUNO）和代谢不健康肥胖（MUO）个体的肠道微生物网络结构，对粪便宏基因组数据进行了横断面分析。研究发现，MHNO和MHO个体拥有更稳健且功能更紧密的微生物网络，而MUO和MUNO表型个体的微生物群落则表现出连接性降低的潜在失调状态。

2026-06-01 10:01:33 224

原创 Nature｜全基因组清除：塑造人类肠道微生物生态单元的关键进化力量

人类肠道微生物组（human gut microbiome）受到宿主和环境因素等多种选择力的塑造，并深刻影响健康与疾病。尽管已有研究在不同分类学水平上揭示了微生物谱系与各种健康状况的关联，但对于统一的适应性机制如何将微生物谱系分化为生态学上不同的种群，目前仍知之甚少。本研究揭示，全基因组选择性清除（genome-wide selective sweeps, GWSS）是微生物组中细菌分化的一种普遍机制。该机制导致了类似于全球流行病传播的种群结构，跨越了地理和种族各异的人群。

2026-05-26 10:24:53 327

原创 Nature系列综述｜人类世背景下土壤与沉积物微生物群系的修复

土壤和沉积物微生物群系（soil and sediment microbiomes）在生物地球化学循环、气候调节和生态系统恢复力中发挥着核心作用。然而，这些微生物群系正日益受到土地利用变化、污染和气候变化的破坏。尽管它们在生态系统中具有基础性地位，但在生态系统恢复科学、实践和政策中仍然代表性不足。改善微生物群系在恢复科学-实践-政策关系中的整合，对于实现更有效和更具恢复力的恢复成果至关重要。缺乏这种整合，全球恢复工作将面临忽视功能性生态系统和长期恢复力的微生物基础的风险。

2026-05-26 10:24:25 513

原创冰川冰中的生命绿洲：两极研究揭示极端环境下的活跃微生物生态系统

尽管存在冰冻温度、低水活度和营养贫乏等极端条件，冰川冰中仍被认为栖息着活跃的微生物，然而对其身份和生存方式知之甚少。研究人员使用流式细胞术、培养、宏基因组学和宏转录组学来表征来自加拿大高北极地区White Glacier和南极洲Livingston岛Johnsons Glacier的近表层冰川冰中的活性和活跃微生物群落。尽管微生物生物量较低（10^4细胞/毫升），但冰中蕴藏着能够在亚零温度（-5°C）、高盐度（12% NaCl）和低pH（pH 3）条件下生长的群落。

2026-05-21 11:45:21 393

原创全球极端环境宏基因组图谱揭示普遍存在的生物合成潜能及其适应关联

极端环境施加了严峻的理化胁迫，驱动微生物进化出专门的生存策略。由生物合成基因簇（Biosynthetic Gene Clusters, BGCs）决定的微生物次级代谢产物被认为是微生物适应环境胁迫的重要介质。然而，其生态作用，特别是跨不同环境的栖息地依赖性偏好，仍知之甚少。尽管极端环境为挖掘微生物独特的适应性提供了机会，但此类研究因缺乏对其基因组多样性、BGC多样性以及两者之间关系的系统性概述而受到阻碍。为此，研究人员构建了一个来自七个代表性极端栖息地的1,462个宏基因组样本的标准化极端环境基因组目录。

2026-05-21 11:45:00 391

原创 Nature Microbiology｜宏基因组测序深度评估：揭示菌株水平分析的潜力与局限

鸟枪法宏基因组测序能够同时提供分类学和功能学信息，但需要通过基准测试来确定特定分析所需的适当测序深度。本研究使用培养细菌DNA的复杂混合物，在多达11个测序深度（0.1-50.0 Gb）下分析了分类组成、菌株水平分辨率和功能谱。基于参考的分析在0.5-1.0 Gb即可实现准确的菌株水平分类。

2026-05-16 14:37:06 390

原创 Nature Microbiology｜Cayman：大规模解析肠道微生物组碳水化合物活性酶谱的新工具

碳水化合物活性酶（Carbohydrate-active enzymes, CAZymes）在糖类消化中至关重要，但目前缺乏用于CAZymes谱分析和解释宏基因组数据中底物偏好的工具。为此，研究人员开发了名为Cayman（Carbohydrate Active Enzymes Profiling of Metagenomes）的CAZymes分析工具，以及一个用于基因组或鸟枪法宏基因组数据集的层级底物注释方案。

2026-05-16 14:36:07 513

原创 Nature Microbiology｜跨微生物界菌株水平传播推断的新算法TRACS

宿主间的微生物传播是塑造人类与微生物相互作用的基本过程。然而，宏基因组数据中同一物种的共存菌株对推断病原体和共生微生物的传播构成了重大挑战。为此，研究人员开发了TRACS（TRAnsmision Clustering of Strains）算法，这是一种能够精确估计菌株间单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs）遗传距离的高精度算法，其对宿主内物种多样性具有鲁棒性。

2026-05-11 15:29:50 446

原创 Nature Microbiology｜群落环境如何重塑微生物蛋白质组并减少功能重叠？

微生物群落是地球上所有生态系统不可或缺的组成部分，在养分循环、能量流动和整体生态系统功能中扮演着关键角色。与自然界中的大多数生物类似，微生物生活在复杂的多物种群落中，并受到塑造其结构和动态的生态力量的影响。在不同生态系统中，共存于此类群落中的生物体通常通过划分生态位来减少直接竞争，从而形成建立在功能互补性基础上的营养相互作用网络。微生物也不例外，它们对特定营养物质表现出明显的偏好，并且对不同碳源的专门化利用已被广泛记录，这常常导致微生物物种间的交叉喂养相互作用。复杂的相互依赖关系已被广泛观察到，它们增强了胁

2026-05-11 15:29:27 508

原创病毒组学分析全流程导航：从宏基因组数据中解析原核病毒基因组的实用指南

病毒是微生物生态系统的关键组成部分，通过裂解宿主、携带辅助代谢基因（Auxiliary Metabolic Genes, AMGs）以及促进水平基因转移等方式，深刻影响微生物群落的组成、进化及全球生物地球化学循环。病毒组学，即从宏基因组数据集中直接研究病毒基因组，使研究人员能够在基因组分辨率上探索病毒的多样性、生态作用及与宿主的相互作用。然而，对病毒序列进行分析在技术上具有挑战性。与细菌和古菌不同，病毒缺乏通用的标记基因，通常表现出较高的序列差异性，且基因组较小，在复杂环境样本中常常组装成短而破碎的重叠群。

2026-05-06 10:55:06 507

原创 Nature系列综述｜噬菌体宿主范围：决定因素、动态机制与应用前景

噬菌体是专性感染细菌的病毒，完全依赖宿主完成增殖，其可感染的宿主范围受多重精细调控因素影响。成功的感染周期遵循严格流程：吸附至宿主细胞、逃逸宿主免疫、与其他病毒协同或竞争、利用宿主资源完成胞内复制并最终裂解宿主，同时应对多变的环境条件。除裂解周期外，部分噬菌体可进入潜伏期即溶原周期，形成前噬菌体后重启感染周期。宿主范围常被视为敏感与抗性宿主的固定二元划分，实则是感染周期中连续的结果谱系，每一步骤均决定感染成败。依据生态学理论，噬菌体的基础宿主范围为理想条件下理论感染能力，实现宿主范围则反映特定环境中的实际感

2026-05-06 10:54:38 437

原创 Nature｜十年增温如何“激活”土壤中的抗生素抗性基因库？

抗生素耐药性已成为全球最紧迫的公共卫生挑战之一。环境中，尤其是土壤中，蕴藏着巨大的细菌多样性，是ARGs和抗生素耐药菌的关键储存库。许多ARGs具有水平转移能力，增加了其向病原菌传播的风险。在自然土壤中，微生物为抑制竞争者而生产抗生素，使得一定水平的抗生素耐药性成为微生物适应性的组成部分。除了复杂的微生物间相互作用，土壤抗性组也受到各种环境扰动的塑造。人为活动，如畜牧、灌溉和施用粪肥，已被证实会增加土壤的抗生素耐药性。然而，尽管已知众多生物和环境因素会影响土壤抗性组，但对其如何响应气候变化的认知仍非常初步。

2026-04-30 13:47:40 490

原创 Nature Microbiology｜未分箱序列揭示全球微生物组未知多样性

进一步拟合Yule-Simon分布发现，新物种倾向于出现在较大的属中（ preferential attachment），这支持了原核生物多样性是通过类似于Yule过程的进化机制产生的，即“富者更富”的演化模式。值得注意的是，未分箱序列中的物种发现系数普遍高于MAGs，预示着已分箱与未分箱多样性之间的差距将持续扩大。研究团队不再局限于传统的MAG分析，而是将目光聚焦于那些未能进入分箱流程的“未分箱序列”，旨在量化其中蕴藏的可发现多样性，并探讨其对全球微生物进化理论的启示。

2026-04-30 13:47:13 331

原创 NC｜宿主-微生物组原型区分人类下呼吸道中的感染和病原体携带

基于 FABP4 基因（编码巨噬细胞相关脂质伴侣）结合 Alpha 多样性的分类器，能准确区分 LRTI 与 IPC（AUC=0.89），单独的 FABP4 蛋白检测亦表现出色（AUC=0.88）。相反，IPC 组的总细菌丰度（RPM）实际上高于 LRTI 组。研究通过至少两名医生的盲法临床裁定，将患者分为三组：确诊 LRTI 且有病原体检出（LRTI组，n=207）、非感染性呼吸衰竭但有病原体检出（IPC组，n=70）、非感染性呼吸衰竭且无病原体检出（对照组 CTRL，n=49）。

2026-04-28 11:22:06 386

原创 NBT | 使用 FAMSA2 快速准确地大规模进行多蛋白质序列比对

与此同时，AlphaFold革命及超过2亿个蛋白质结构模型的发布，也推动了基于结构的聚类工具（如FoldSeek）的发展，进一步丰富了蛋白家族的多样性。其SP分数在所有工具中下降幅度最小，显示出最佳的稳定性。值得注意的是，FAMSA2的Medoid树模式所需时间比次优的Clustal Omega少227倍，而唯一具有可比执行时间的Kalign所产生的比对质量明显较低。为了测试比对工具在包含无关序列污染的数据集上的表现，研究人员生成了包含递增数量的同源与非同源混合序列的数据集，规模最大超过1200万条序列。

2026-04-28 11:21:23 507

原创 Cell | 噬菌体如何通过“社交网络”重塑微生物生态系统

理解物种内部和物种间的通信基础，对于把握群落行为及其生态功能至关重要。通信并非高级动物的专利，单细胞真核生物、细菌乃至质粒等移动遗传元件都发展出了复杂的通信系统。近年来，细胞间通信的概念被扩展到了病毒领域。研究发现，感染细菌的病毒（噬菌体）能够通过小分子信号进行集体决策。其中，温和型芽孢杆菌噬菌体利用一种名为“仲裁”的小分子通信系统来调控裂解与溶原之间的选择，这标志着病毒可以作为复杂的社会实体存在。鉴于噬菌体在细菌进化中的关键作用，理解这些社会性互动对于把握新细菌菌株的出现至关重要。仲裁系统包含三个核心组件

2026-04-23 10:45:37 603

原创微生物组抗生素抗性基因(ARGs)分析的挑战、局限与未来展望

抗生素耐药性已成为当今最紧迫的全球健康挑战之一。由于细菌及其遗传物质在人类、家养动物和外部环境之间不断流动，因此需要在“一体化健康”的整个谱系内进行干预和研究。微生物群落内部的动态非常复杂：非致病菌可能充当遗传性耐药决定因子的来源或中间载体，或者自身虽不耐药，却能影响同一群落中耐药细菌的生存成功。鉴于绝大多数细菌物种难以培养，不依赖培养的分析方法，如宏基因组测序或聚合酶链反应，为获得微生物群落中抗生素抗性基因的更全面视图提供了机会，远远超出了单个可培养病原体的范围。因此，对ARGs性质和丰度的研究，如今被用

2026-04-23 10:45:12 527

原创 Nature Medicine| 通过脂肪组织-微生物组相互作用对代谢性肥胖的多组学定义

为了在解决共线性的同时提高模型简洁性，研究人员使用与BMI最严格相关的267种代谢物训练了一个岭回归模型，所得的预测值即为metBMI。在调整了年龄、性别和BMI后，提取每个参与者的metBMI残差。残差大于+2.5的个体被定义为高metBMI（HmetBMI），小于-2.5的个体被定义为低metBMI（LmetBMI），各占队列约10%。

2026-04-21 11:47:12 411

原创 NC| 复杂菌群防御组（defensome）

结果显示，海洋MAGs的防御库有限，这可能源于多种因素：开放海洋中普遍存在基因组精简的类群、浮游生活方式的普遍性、低细胞密度、水平基因转移频率较低，以及现有防御系统HMM模型主要基于可培养细菌（与全球海洋微生物组亲缘关系较远）开发。在防御岛中，多个防御家族的过表达并未转化为与防御组其余部分更高的共定位可能性，这提示了防御岛内部分选定基因家族间可能存在未被认识的上位相互作用或功能多样化。在不同环境中，防御系统的密度差异很大，从细胞内专性共生菌中的近乎为零，到人肠道中某些类群的高密度不等。

2026-04-21 11:46:35 356

原创 Nature综述| 水体“塑料际”：生态学、病原体传播和抗菌素耐药性

每年估计有1900至2300万吨塑料进入河流、湖泊和海洋。与有机物不同，塑料碎片可在环境中持续存在数十年甚至数百年，其表面迅速转变为一个被称为“塑料际”的活的、可移动的生态系统。这一概念最初指海洋塑料碎片上的生物膜群落，现已扩展至包括淡水、土壤和大气等各种生态位中的塑料相关生物膜。塑料的特定性质（如浮力、持久性和表面化学特性）使其区别于水生环境中的天然基质，影响了微生物的附着、相互作用和存续。因此，塑料际代表了一个新颖的、人为制造的、全球分布且处于不断变化中的移动生态位。过去十年的研究主要集中于描述塑料际的

2026-04-20 11:25:28 435

原创 NC| 极端环境微生物组目录 (EEMC)：微生物多样性和抗菌药物发现的全球资源

针对其中最具潜力的核糖体合成和翻译后修饰肽类生物合成基因簇，研究人员开发了基于蛋白质大语言模型的深度学习框架，用于从EEMC中预测基因组编码的、非毒性的候选抗菌肽，共鉴定出3,032个候选肽。综上所述，EEMC为发掘新的微生物谱系和生物合成能力奠定了资源基础，其整合人工智能与实验验证的管线，为未来的药物发现和生物技术应用提供了强大的工具与洞见。其次，大多数BGCs，尤其是来自宏基因组组装基因组的BGCs是碎片化的，这限制了BGC预测的完整性和准确性，可能导致对生物合成多样性的低估。

2026-04-20 11:24:56 561

原创 Nature|人类与细菌的基因变异共同塑造口腔微生物组与健康

为探究宿主遗传如何塑造细菌基因组变异，研究人员开发了基于测序覆盖度的细菌基因剂量表型量化方法，并在30个高丰度或与人类遗传强相关的细菌参考基因组中，检测了人类遗传变异与细菌基因组区域覆盖度的关联。所发现的大量此类效应表明，分析细菌基因剂量可能是识别宿主对微生物组影响的有力方法，或许是因为分析同一物种内携带或不携带可变基因的成员之间的平衡，可以控制对物种丰度的强烈环境影响。研究发现的影响数量众多，表明人类遗传对口腔微生物组的影响可能大于对肠道微生物组的影响，这可能是因为口腔中的宿主细胞与细菌的界面更为直接。

2026-04-13 10:32:38 411

原创 NBT| 快速、精准同源性搜索新工具ERAST

同源性搜索是现代分子生物学的基础，对于识别具有共同祖先和可能类似功能（同源物）的序列至关重要。对新生物序列进行特征分析的第一步通常涉及执行同源性搜索，这使得该过程在生物信息学中不可或缺。传统的工具如BLAST、PSI-BLAST和FASTA在这一领域被广泛使用，它们使用启发式方法来加速局部比对搜索。为了提高灵敏度，尤其是在检测进化关系较远的同源序列时，基于结构的方法如CLE-SW、Foldseek、CE、Dali和TM-align被引入，以提供更有效的远距离同源序列检索。尽管如此，同源性搜索仍面临两大主要挑

2026-04-13 10:31:28 500

原创 NBT| myloasm利用多态性K-mer破解复杂宏基因组的高分辨组装难题

宏基因组学彻底改变了我们对未培养微生物世界的认知，并在人类健康、环境科学和基础生物学研究中发挥着关键作用。长读长测序技术，特别是PacBio高保真（HiFi）测序和具有R10.4化学测序芯片的ONT技术，因其能够跨越复杂重复区域，极大地提升了从宏基因组中恢复完整基因组的潜力。然而，宏基因组的固有复杂性——包括大量共存的高度相似基因组（菌株）、水平基因转移事件以及基因组重复序列——对组装算法构成了持续挑战。这种相似性有时甚至超过了测序本身的错误率，使得区分不同菌株变得极为困难。现有的长读长组装器主要基于两种范

2026-04-08 10:00:43 379

原创 Nature|DNA病毒组随人类基因和环境而变化

通过全基因组关联研究（genome-wide association study, GWAS），鉴定出数十个人类基因位点与Epstein-Barr病毒（EBV）、人类疱疹病毒7型（HHV-7）、Merkel细胞多瘤病毒（MCPyV）及指环病毒（anellovirus）的DNA载量相关，其中主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC）区域的变异贡献了最强的遗传效应。与血液形成鲜明对比的是，唾液WGS数据中病毒DNA序列的检出率和丰度均显著更高。

2026-04-08 10:00:18 424

原创 Nature综述|微生物驱动的地球磷循环

磷是陆地生产力的“无声指挥家”，作为一种必需大量元素，其通过稀缺性而非丰度对生态系统施加着深远影响。与氮不同，磷没有显著的气态形式，主要来源于磷灰石等矿物的风化并在生态系统内部循环。全球范围内，慢性磷匮乏普遍存在，约43%的自然陆地面积（除南极洲外各大陆的森林、草原、苔原和湿地）以磷限制为主。在土壤环境中，通常只有不到6%的总磷以可溶性正磷酸盐的形式具有即时生物有效性，其余大部分存在于难利用形态中。与水生系统不同，陆地土壤呈现扩散限制的运输、强烈的吸附作用，并受到具有尖锐化学生物梯度的根际结构塑造，还直接承

2026-04-06 15:10:33 682

原创 NC|全球土壤微生物氮、磷利用效率的格局与驱动因素

相比之下，微生物磷利用效率没有表现出一致的纬度趋势，表明在微生物磷利用中，土壤养分有效性等局部因素的作用更强，并且微生物在适应高度可变的土壤碳磷比方面具有化学计量灵活性。森林生态系统的微生物氮、磷利用效率始终高于草原，这可能是由于森林土壤中更高的顽固有机物增加了微生物对养分的需求，并驱动了酶介导的养分觅食。森林的微生物氮、磷利用效率高于草原。草原由于其较低的基线氮、磷利用效率，以及由较低的碳养分比驱动的酶投资策略，在变暖诱导的矿化脉冲下可能更易受到养分淋失损失的影响，可能降低长期的碳封存潜力。

2026-04-06 15:09:37 417

原创 Nature Microbiology|质粒驱动的抗菌素耐药性进化：插入序列介导的基因失活新机制

对随机生成的接合网络进行模拟表明，随着网络密度（即菌株间接合连接的可能性）增加，质粒的流行度和每个细胞的平均IS突变数均上升，在高密度网络中，IS转座成为主导的突变类型。本研究表明，接合质粒是推动抗菌素耐药性进化的双重引擎：一方面作为耐药基因的高效传播载体，另一方面则作为可移动的诱变因子，通过其携带的插入序列失活宿主染色体基因，直接催化新耐药类型的产生。质粒在菌群中的接合扩散过程与其诱变效应协同作用，使得质粒不仅能“传播”耐药，还能在入侵新宿主的过程中“创造”新的耐药类型。

2026-04-03 16:14:01 434

原创 Nature综述｜细菌基因组进化中的上位性与共适应

在早期的进化理论发展中，达尔文就认识到性状共适应的重要性，他指出动物要获得发达的结构，“几乎必然需要其他多个部分被修饰并共适应”。随着现代综合进化论的发展，支持共变异的遗传学基础的重要性变得清晰。Wright曾指出，基因的效应依赖于其遗传背景，这与现在被称为“上位性”的现象一致，即一个基因的效应依赖于另一个基因。与等位基因独立贡献性状的加性效应不同，上位性对表型多样性的影响取决于上位性效应大小，并且至关重要的是，取决于遗传传递机制。在具有有性生殖的种群中，交配导致等位基因组合在每一代中被重新分配，趋于随机化

2026-04-03 16:13:38 570

原创 DECODE：适用于多组学数据的深度学习通用去卷积框架|Nature Methods

在整合了238个乳腺癌多组学样本的分析中，DECODE揭示了非转移性原位癌、转移性原位癌和脑转移灶之间显著的细胞组成差异，例如T细胞和血管周样细胞在非转移肿瘤中富集，而初始B细胞在转移病变中增加，这些发现与已知的免疫生物学知识相符。目前，反卷积算法的发展呈现高度专业化的态势。更重要的是，DECODE能够处理单细胞参考不完整（即组织样本包含未知细胞类型）的实际情况，并在多组学乳腺癌和肝病队列分析中，揭示了与生物学认知一致的细胞比例变化，证明了其在整合大规模多组学队列数据方面的强大潜力。

2026-03-30 10:05:43 397

原创 Nature Microbiology|经验性阿奇霉素治疗改变上呼吸道微生物组与抗性基因谱，但对COVID-19无抗炎益处

这篇研究在一项前瞻性、多中心队列研究中，对1164名因COVID-19住院的患者进行纵向宏转录组学（Longitudinal Metatranscriptomics）分析，通过采集鼻拭子样本，比较了接受阿奇霉素治疗、未使用任何抗生素或使用其他抗生素的患者其上呼吸道微生物组、抗性基因谱及系统性免疫反应的差异。研究发现，阿奇霉素显著改变了上呼吸道微生物组的组成，并增加了大环内酯类/林可酰胺类/链阳菌素B（MLS）类抗生素耐药基因的表达及其在抗性基因谱中的相对比例。尽管如此，在临床实践中，该药物仍被大量处方。

2026-03-30 10:04:23 489

原创高分辨率空间转录组学解析宿主-肠道微生物组的生物地理分布｜Nature Microbiology

长期以来，肠道微生物组被认为是一个具有类组织特性的器官系统，其功能由微生物与宿主细胞间的相互作用所定义。然而，由于缺乏合适的测量工具，研究这些相互作用一直存在挑战。尽管成像技术可以研究微生物在特定位置（如肠道、口腔）的定位，但这类方法通常存在多重性受限或无法提供宿主转录响应等详细信息。空间分辨RNA测序技术的兴起，使得在完整组织中保留空间信息的同时分析基因表达成为可能，但目前商业平台主要针对宿主多聚腺苷酸化转录本进行优化，在捕获微生物RNA方面存在灵敏度与分辨率不足等问题。这篇研究报道了一种高通量、高分辨率

2026-03-24 23:41:16 365

原创使用gRodon和Phydon进行微生物基因组的最大生长速率预测

微生物的最大生长率是其基本生活方式参数，传统上依赖于耗时且难以标准化的实验室培养实验。由于绝大多数微生物（>99%）不可培养，直接测量其生长潜力几乎不可能。作者开发了一个名为gRodon的R包，其核心是通过量化高表达基因（如核糖体蛋白基因）的密码子使用偏好来预测微生物的最大潜在生长率。gRodon通过结合三个关键密码子使用特征，显著提升了预测精度，相比前人开发的工具growthpred，与实验测量数据的拟合优度更高。

2026-03-24 23:40:51 597

原创 Evo 2：跨越所有生命领域的基因组建模与设计基础模型|Nature

更重要的是，Evo 2能够生成整个细胞器（如人类线粒体）的完整序列，生成的序列包含了正确数量的编码序列、tRNA和rRNA基因，并保持了正确的基因排列顺序和密码子使用偏好。Evo 2强调通用能力，而非针对特定任务的优化，它在生物序列建模领域树立了一个重要里程碑，为与中心法则所有“模态”（DNA、RNA、蛋白）相关、从分子到基因组尺度、并可跨越所有生命领域泛化的预测与设计任务，奠定了广泛的基础。值得注意的是，这些在模式生物中识别出的特征，能够迁移并应用于猛犸象基因组的基因区域，显示出模型的跨物种泛化能力。

2026-03-19 11:38:48 568

原创阿斯加德古菌的多样性、生态、细胞生物学与演化|Nat Rev Microbiol

生命的演化树长期被划分为细菌、古菌和真核生物三域。然而，真核细胞——拥有细胞核、线粒体、复杂内膜系统等特征的复杂生命形式——究竟如何从简单的原核祖先演化而来，是生物学领域最根本的谜题之一。经典的“内共生学说”（Endosymbiotic Theory）指出，真核细胞起源于一种古菌宿主与一种α-变形菌内共生体（即未来线粒体的祖先）的融合。但数十年来，这个神秘的古菌宿主的身份一直悬而未决。20世纪70年代，卡尔·沃斯（Carl Woese）等人通过核糖体RNA（rRNA）序列分析，确立了古菌（Archaea）作

2026-03-19 11:38:22 724

原创全球活性污泥微生物组的宏基因组解析| Nature Water

工业的快速发展和人口增长加剧了全球水资源短缺。污水处理厂是保护水环境和水资源的重要基础设施，对水资源的可持续性和可及性至关重要。废水中含有污染物和必需元素（如磷和氮），其去除和再利用的潜力尚未被完全发掘。为实现联合国可持续发展目标（目标6：清洁饮水和卫生设施），研究人员致力于通过依赖活性污泥中微生物介导的复杂生化反应来开发创新技术，以提高处理效率。全面理解活性污泥的微生物群落，以及在全局尺度上了解全球污水处理厂中关键微生物的身份、遗传组成、代谢潜力、生物多样性和生物地理分布，对于实现先进的工艺控制和管理、提

2026-03-17 00:49:17 411

原创地下水中隐藏的病毒多样性及其生态作用|NC

病毒是地球上最丰富的生物实体，估计数量级为10^31，大约是微生物细胞数量的一个数量级。在海洋等生态系统中，病毒通过裂解细胞、基因水平转移和代谢重编程感染细胞（形成“病毒细胞”）等方式，在微生物演化、生物地球化学循环（如“病毒分流”和“病毒穿梭”）中扮演着至关重要的角色。海洋病毒的研究已鉴定出数以万计的病毒编码辅助代谢基因，凸显了病毒在调控全球海洋碳、氮、硫循环中的功能作用。在部分地表淡水环境中，也观察到了类似的现象。尽管如此，病毒在许多其他环境中的多样性、功能和生态影响在很大程度上仍是未知的。地下水作为一

2026-03-17 00:48:48 570

空空如也

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