Asa12138-CSDN博客

原创 Nature Microbiology｜MetaCAT实现宏基因组高质量微生物基因组重建及结直肠癌宿主性状关联

从宏基因组鸟枪测序数据中恢复高质量（high-quality, HQ）微生物基因组，是准确刻画微生物群落并解析其与宿主性状关系的核心前提。现有分箱（binning）方法在准确性与可扩展性方面常受限制。作者提出，该框架集成了从宏基因组数据恢复微生物基因组及其与宿主性状关联分析的全流程。MetaCAT采用稀疏加权狄利克雷过程高斯混合模型（Sparse Weighted Dirichlet Process Gaussian Mixture Model, SWDPGMM）

2026-09-13 11:35:23 338

原创 NC｜氧化还原分层的大分子降解支撑克马德克海沟寡营养沉积物中微生物存活

克马德克海沟（Kermadec Trench）呈现出典型的深海海沟特征，包括黑暗、极高的静水压力以及 V 形形态。尽管环境条件恶劣，克马德克海沟水体中底栖微生物的种群规模与活性却高于相邻的深海平原，构成了显著的悖论。本研究借助奋斗者号载人潜水器，对沉积物样品进行原位 RNA 固定（in situ RNA fixation），以在基因组与转录组水平上逼近微生物代谢的自然状态。研究人员重建了1369 个宏基因组组装基因组（metagenome-assembled genomes, MAGs）

2026-09-13 11:35:04 241

原创 Nature Microbiology｜土壤微生物群落中必需代谢物交叉喂养普遍存在

生态理论预测，必需代谢物（obligate metabolites）的交叉喂养（cross-feeding）在微生物群落中十分常见。然而，针对土壤等自然微生物群落中这一预测的系统性研究仍然缺失，阻碍了对这类具有重要生态意义的生态系统的理解。本研究通过分析采自德国 27 个土壤微生物群落的 6,931 个细菌分离株，对这一问题进行了实验验证。研究发现，最高达50%的群落成员的生长依赖于氨基酸、维生素或核苷酸碱基的补充；73%的分离株需要多种氨基酸的补充才能生长。对 62 个菌株的基因组分析表明，

2026-09-08 10:17:47 376

原创 Nature Reviews Microbiology｜噬菌体疗法：从基础生物学到临床应用

噬菌体用于人类细菌感染的治疗已超过一个世纪。尽管其作为抗生素的安全替代或辅助治疗手段的潜力已被充分确立，但从体外试验预测临床成功依然困难。目前，关于噬菌体最优使用方式尚无共识，也无法简单套用传统抗生素的使用范式。理性的噬菌体疗法需要科学的噬菌体筛选，全面理解细菌—噬菌体—人体宿主三者关系，并对体内发生的细菌和噬菌体适应性演化进行管理。

2026-09-08 10:17:12 659

原创 Annual Review of Marine Science｜深海病毒的生态学、生物地理学与演化

病毒主导着深度大于 200 米的深海生物圈，却仍处于研究严重不足的状态。作为地球上丰度最高的生物实体，病毒在各类深海生物群落中调控着地球化学过程、演化与生态动态。过去二十年间，深海采样、测序与计算生物学的革命性进展，揭示了地球最大活性生物群系中的病毒多样性与功能。本文综合了深海病毒生态学、生物地理学与演化动力学中的新兴规律，并指出了关键的知识空白与机遇。面对深海采矿与气候变化的威胁，这些生态系统可能从根本上被改变，并以目前无法预测的方式在病毒—宿主网络中产生级联效应。

2026-09-07 13:15:07 285

原创 Microbiome｜融合横断面数据的 NeuralODE 揭示微生物群落动态

理解宿主相关微生物生态系统的生态机制通常依赖于横断面（cross-sectional）或时间序列（time-series）数据。横断面分析在评估干预效应方面能力有限，而时间序列模型需要密集且信息丰富的高频采样，这在实际操作中往往难以实现。本研究提出了一种增强的**神经常微分方程（Neural Ordinary Differential Equations, NeuralODE）框架，首次将横断面数据整合进稀疏且弱信息的时间序列数据的动态建模中。

2026-09-07 13:14:32 491

原创 Microbiome｜核心微生物组的系统发育度量

背景：核心微生物组（core microbiome）是微生物生态学研究中的重要概念，通常被定义为在特定类型栖息地（如特定宿主或特定生态系统）的微生物组样本中，由达到阈值数量的样本所共享的微生物分类群、基因或功能。在定义核心微生物组时，目标是捕捉来自焦点栖息地的微生物组样本间保守的部分。近年来，开发更好地表征核心微生物组的方法引起了越来越多的关注。因此，已经定义了众多基于出现率和丰度的度量标准。然而，很少有研究包含系统发育感知的度量标准来分析核心微生物组。结果：本研究发展了。

2026-09-02 19:31:15 324

原创 Science Advances｜大语言模型增强宏基因组酶功能注释

宏基因组数据具有重要的生物学潜力，但其功能解读常受限于不完整的蛋白功能注释。准确的酶功能注释对于阐释宏基因组数据集中微生物群落的代谢能力至关重要。为应对这一挑战，作者开发了FEDKEA（fine-tuned ESM-2 and distance-based KNN for Enzyme Annotation，基于微调 ESM-2 与距离 KNN 的酶注释工具），并提供配套的 Web 平台。此外，作者设计了一套用户友好的、基于 FEDKEA 的宏基因组流程MEnzMap。

2026-09-02 19:30:28 470

原创 Cell｜脊椎动物病毒RNA元件功能图谱揭示RNA稳定与翻译增强机制

病毒编码多样化的调控元件，但其广度与机制仍知之甚少。为填补这一空白，作者开展了覆盖297个感染脊椎动物病毒属、约20万条基因组片段的大规模平行报告基因筛选（massively parallel reporter assays, MPRA），系统鉴定了大量通过TENT4介导的混合加尾（mixed tailing）来增强RNA稳定性与翻译的病毒元件。这些元件分布于19个病毒属，并可归为6种不同的子类，表明病毒存在广泛的趋同进化。此外，作者还发现了多种不依赖TENT4、通过替代通路发挥作用的元件。

2026-08-30 11:09:32 399

原创 NC｜人类污水污染驱动加拉帕戈斯海洋生态系统中多重耐药细菌的出现

抗微生物药物耐药性（antimicrobial resistance, AMR）对全球公共卫生构成重大威胁。移动微生物学实验室能够在地理偏远和资源有限的地区（如加拉帕戈斯群岛）开展 AMR 环境监测。本研究报道了一种用于在圣克里斯托瓦尔岛（San Cristóbal）周边海域开展 AMR 监测的移动实验室的开发与应用，该岛是加拉帕戈斯群岛中人口第二多的岛屿，近年来经历了快速城市化和高强度国际旅游压力。

2026-08-30 11:08:48 342

原创 NC｜城市水系统抗生素抗性基因经生态连通性级联扩散

饮用水中的抗微生物耐药性（antimicrobial resistance, AMR）已成为公共卫生关注的焦点，但其人为来源、传播动态与健康风险仍缺乏系统性认知，制约了降低人群暴露策略的制定。本研究以上海这一人口 2600 万的特大城市为案例，结合宏基因组学与培养组学（culturomics），对城市水系统（urban water system, UWS）各单元中 AMR 的人为贡献开展系统调查。

2026-08-28 18:13:26 367

原创 Nature｜母体因素塑造婴儿肠道菌群与早期健康

婴儿肠道菌群的建立对远期健康至关重要，但其如何受母体及生命早期因素塑造仍不明确。作者对荷兰出生队列 Lifelines NEXT 中的714 对母婴进行了宏基因组测序，样本跨度从妊娠 12 周至产后 1 年，累计4,526 份纵向粪便样本，并与 474 项临床及暴露变量以及母乳、阴道微生物组的超深度测序数据相整合。研究发现，母体肠道菌群在孕期和产后仅发生微妙变化，受饮食、感染和孕前吸烟史影响；母体肠道是婴儿肠道菌株的主要储库。

2026-08-28 18:12:58 593

原创 NBT｜MetaSBT实现微生物暗物质的大规模表征

准确表征宏基因组组装基因组（metagenome-assembled genome, MAG）仍然是一项重大挑战，其难点主要来自测序错误、组装不完整和污染。作者提出了MetaSBT，一个用于组织、索引和表征微生物参考基因组与 MAG 的工具，本研究以病毒为例进行验证。MetaSBT 利用序列布隆树（Sequence Bloom Tree, SBT）数据结构，在所有七个分类层级上识别基因组聚类；该结构依赖布隆过滤器（Bloom filter, BF），基于基因组的 k-mer 组成对大量基因组进行索引。

2026-08-25 11:29:28 291

原创 Nature Microbiology｜巨型病毒基因组目录揭示扩展的多样性与功能潜力

核质大DNA病毒门（Nucleocytoviricota，俗称巨型病毒）与 Mirusviricota 病毒因其宏基因组测序而展现出持续扩展的分类丰富度。本研究构建了巨型病毒宏基因组组装基因组数据库GVMAGs V2，包含来自18,727个 GVMAGs 的8,508个物种水平代表，较既往巨型病毒系统发育框架扩大6 倍。系统基因组学分析揭示了712个先前未描述的属、13个先前未知的病毒科，以及一个被提议命名为的新病毒目。

2026-08-25 11:28:59 554

原创 NC｜广泛水平基因转移与强选择增强南极土壤微生物适应

南极大陆栖居着组成多样且功能独特的微生物生命，然而对其在南极多极值环境条件下适应的生态进化过程仍知之甚少。本研究基于16个南极土壤的短读长与长读长联用数据集，探讨了水平基因转移（horizontal gene transfer, HGT）与从头突变（de novo mutation）如何影响微生物适应。对676个宏基因组组装基因组（metagenome-assembled genomes, MAGs）的系统发育调和与移动遗传元件分析表明，群落内存在频繁的HGT。

2026-08-19 12:47:45 335

原创 Nature Microbiology｜全球微生物 DNA 序列特征揭示跨生态系统的温度与营养限制信号

微生物基因组持续适应环境压力，但识别具有普遍性的适应特征仍具挑战。本研究利用1,235个海洋与土壤宏基因组的**四核苷酸频率（tetranucleotide frequencies, 4-mers）**并结合机器学习方法，证明仅依靠 DNA 组成即可跨生态系统准确预测环境温度（R² = 0.75该预测信号在单个分类单元内部依然成立，与一个基础性的温度关联特征相符。相比之下，GC 含量。

2026-08-19 12:47:11 518

原创 NC｜人肠道微生物物种间生长互作的系统图谱：抑制为主，囊泡与pH调控提供正向机制

微生物互作塑造人肠道微生物组的组成与稳定性，但针对物种-物种生长互作及其背后机制的系统性研究仍十分有限。本研究对 36 株代表性肠道细菌进行条件培养基（spent medium）测定，构建了包含 1224 组两两互作的综合数据集，发现当两物种发生互作时，大多数表现为抑制性，且主要由培养基酸化驱动。为揭示具体互作的生物学基础，作者进一步证明。

2026-08-17 12:32:32 280

原创 protal：基于比对的超快速宏基因组物种与菌株分辨分析谱工具

大规模宏基因组研究日益需要具备高灵敏度、高精度、菌株分辨能力且计算可行的分类学分析谱。现有分析谱工具通常在分类学广度、灵敏度、精度与速度之间相互权衡，限制了其在高分辨率微生物组分析中的应用。本研究提出protal（profiling through alignment，通过比对进行分析谱）——一种基于比对的超快速方法，用于对宏基因组进行物种水平与菌株水平分辨的分析谱。protal 结合了新开发的比对算法、基于机器学习的分类器以及保守的细菌标记基因，对标准化且定期更新的分类体系中收录的物种进行分析谱。

2026-08-17 12:32:09 478

原创 Microbiome｜阿斯加德古菌病毒组与防御组的扩展揭示病毒-宿主互作新机制

阿斯加德古菌（Asgard archaea）被认为是与真核生物亲缘关系最近的一类古菌，其基因组编码多样化的防御系统，并可被特异性病毒感染。然而，阿斯加德古菌病毒的多样性及其与宿主的互作机制仍知之甚少。本研究利用CRISPR 间隔序列-原间隔序列匹配（CRISPR spacer-protospacer matching），从多种生境中预测出23 个与阿斯加德古菌关联的病毒。除已知病毒聚类的成员外，作者报道了三类此前未描述过的阿斯加德病毒类群，其预测病毒粒子分别属于有头尾病毒界的与古菌特异的丝状病毒界。

2026-08-14 12:51:37 371

原创 NC｜婴儿肠道病毒组全球荟萃分析揭示生命早期三年噬菌体群落构建与功能演进规律

婴儿期肠道微生物组的构建是重要的健康决定因素，然而其中的病毒组分（病毒组，virome）仍未得到充分表征。作者通过对来自 8 个国家的 12 个婴儿队列进行荟萃分析，以建模生命头三年肠道病毒组的发育过程。研究结果揭示了独特的多样性模式：病毒丰富度在出生后的前 8 个月内显著增加，同时群落均匀度下降。作者定义了病毒发育速度（virome developmental velocity, VDV）——即连续样本间的变化率——其随时间显著下降。这与群落层面的趋同相呼应，即婴儿病毒组随年龄增长而变得更加相似。

2026-08-14 12:51:13 336

原创 Science｜基因组语言模型实现噬菌体的生成式设计

基因组语言模型首次实现了完整噬菌体基因组的生成式设计。研究者以噬菌体 ΦX174 为模板，生成了具有目标宿主嗜性的活性噬菌体。实验获得了16株适应度特征各异的噬菌体，其中一株在其衣壳中使用了进化关系较远的DNA包装蛋白。由生成噬菌体配制的鸡尾酒能够迅速克服对ΦX174耐药的大肠杆菌菌株，展示了AI生成噬菌体疗法的发展路径。Keywords：基因组语言模型；生成式设计；噬菌体；ΦX174；Evo；合成基因组学；噬菌体疗法；冷冻电镜fill:#333;important;important;fill:none。

2026-08-12 19:32:53 394

原创 NC｜青藏高原冰川—河流连续体中病毒生态策略沿海拔结构化

青藏高原是亚洲主要河流的发源地，也是对气候敏感的脆弱生态系统，其间分布的病毒群落对生态系统功能至关重要，但长期未获充分研究。作者整合了长江、黄河、澜沧江和雅鲁藏布江的 597 个宏基因组，以及 85 个公开的西藏冰川基因组与基因目录（TG2G）宏基因组，构建了包含36,358 个 vOTUs和897,250 个病毒蛋白簇的"冰川—河流病毒组目录"（Glacier-to-River Virome Catalogue, GtRVC），用以解码病毒沿海拔梯度的适应策略与生态影响。

2026-08-12 19:32:25 551

原创 NC｜土壤前噬菌体碳水化合物活性酶增强全球碳循环潜力

已有研究表明土壤病毒在调控碳（C）循环与碳储库中扮演重要角色，但单个前噬菌体（即溶原周期内驻留于细菌宿主内的温和噬菌体）对碳降解的贡献在全球尺度上仍缺乏系统记录。本研究构建了前噬菌体编码碳水化合物活性酶（prophage-encoded Carbohydrate-Active Enzymes,pCAZymes）的全球基因目录，整合了既有数据库来源的 20,131 个土壤细菌基因组、3,548 个宏基因组和 951 个宏转录组。

2026-08-09 22:18:17 177

原创 Nature Microbiology｜陆域地下水微生物群落与深层生物圈的“微生物节俭“框架

陆域地下生物圈是地球最大生物圈之一，地下水系统构成了微生物生命的主要栖息地。在这些环境中，微生物由于缺乏光合作用、物理隔离以及地质化学周转缓慢而面临能量匮乏，但其生存背后的生态学原理仍知之甚少。本文提出"微生物节俭（microbial frugality）"框架，用以描述进化与生理性状如何使生命在地下水能量近乎最低值的条件下存续。

2026-08-09 22:17:53 529

原创 AlphaGEM：融合蛋白结构比对的高精度基因组尺度代谢建模工具

构建非模式生物的高质量基因组尺度代谢模型（genome-scale metabolic model, GEM）仍是计算系统生物学的一大瓶颈。作者在此提出AlphaGEM，一个整合蛋白组尺度结构比对、蛋白质语言模型（PLMSearch）与深度学习功能预测的通用工具箱，可实现从基因组序列到即用型 GEM 的自动化重建。与传统基于序列相似性的同源推断相比，AlphaGEM 通过US-align 结构过滤 + Foldseek 结构扩召的双步结构比对策略显著提升远同源识别精度，并利用。

2026-08-04 13:15:42 358

原创 DiscERN：面向定向扩增的进化相关天然产物基因组挖掘工具

定向基因组挖掘（targeted genome mining）以已知天然产物家族为种子扩充结构多样性，是发现活性化合物的重要策略，但长期缺乏专用的、用户友好的计算工具。作者提出，一个面向用户自定义 BGC（biosynthetic gene cluster，生物合成基因簇）家族定向扩增的自动化工具。DiscERN 采用多模态集成方法，融合四种互补算法，分别从 Pfam 结构域组成、序列同源性、预测产物结构三个维度刻画 BGC 间的进化关联，允许研究者根据研究目标在发现灵敏度与预测精度之间灵活权衡。

2026-08-04 13:15:26 353

原创 NC｜全球城市与城郊环境 RNA 病毒组的多样性与独特特征

RNA 病毒是人类关联环境与人类健康的重要组成部分，然而环境 RNA 病毒的生态学仍很大程度上未被探索。作者分析了采集自全球 31 个国家 102 个城市的 2922 份宏转录组样本，覆盖高密度人类场所（交通枢纽、医院、银行等）及城郊环境，构建了城市与城郊 RNA 病毒图谱（Urban & Peri-urban RNA Virus Atlas, UPVAtlas），包含 54,945 条 RNA 病毒操作分类单元（RvOTU），其中77% 此前未被观测过。

2026-08-03 10:54:22 686

原创 Microbiome｜SubCom：将微生物群落功能拆解为类群特异性贡献与互作语境

背景：微生物群落承载工业过程与环境稳定性等关键功能，但个体成员及其互作如何涌现为群落水平功能仍难拆解，因其源于多样成员间的复杂互作。结果：研究开发 SubCom analysis——一套基于亚群落（subcommunity）的实验—计算工作流，用于推断支撑微生物群落功能的候选类群特异性贡献与互作语境。以苯胺降解微生物群落为模型，通过稀释—分装策略构建 558 个随机组装的低复杂度亚群落，获得配对组成—功能数据；训练基于决策树的模型从组成预测群落功能，取得较高预测性能（r。

2026-08-03 10:53:56 334

原创 Microbiome｜SEVA：结构—进化特征融合预测毒力因子与抗生素耐药基因

传染病持续对公共卫生与全球经济构成挑战。VF 使病原体得以黏附、复制并损伤宿主细胞，ARG 则使病原体耐受本应有效的抗生素治疗。从基因组测序数据中同步识别 VF 与 ARG 对病原体监测至关重要，但现有预测工具普遍存在假阴性率高、仅能识别与已知参考库高同源基因等局限。针对上述问题，作者开发 SEVA，整合蛋白语言模型（protein language model, pLM）与蛋白质结构及进化特征，从基因组测序数据中预测 VF 与 ARG。

2026-07-31 12:01:16 331

原创 Nature Microbiology｜微生物群落组成的可预测偏移赋予群落对环境胁迫的鲁棒性

环境胁迫会降低物种的生长率，但其如何作用于微生物群落功能仍不明确。作者通过在不同盐度下传代培养天然水生微生物群落，并将观测到的多样性映射到 80 余株细菌分离株测得的盐度表现曲线上，发现盐度升高使群落组成向高生长率物种偏移，导致群落平均生长率（CGR）随盐度上升的下降幅度显著缓于单个物种的生长率下降幅度。这一结果在两两离体竞争实验以及河口环境的 16S 数据中均得到验证。一个包含死亡率和盐度依赖生长率的广义 Lotka-Volterra 模型重现了上述现象：高盐下丰度更高的快生长种支撑了 CGR 的鲁棒性。

2026-07-31 11:09:47 394

原创 NBT｜PALACE：基于共轭图从宏基因组高质量组装噬菌体基因组

近年来,数以百万计的噬菌体（phage）基因组已从宏基因组数据中被挖掘出来,但由于现有噬菌体检测方法依赖于会打断噬菌体基因组的宏基因组重叠群（contig），所得基因组的完整度（completeness）始终较差。研究人员提出了PALACE,一个基于共轭图（conjugate graph）的框架,用于从宏基因组中组装高质量的噬菌体基因组。PALACE 整合了基于同源性（homology-based）与基于深度学习（deep-learning-based）的方法来检测噬菌体信号,并从宏基因组样本中构建共轭图。

2026-07-29 10:02:05 325

原创有趣的绘图 R 包：ggsketch 手绘风

平时使用ggplot2绘图时，我们通常会追求线条整齐、布局规范和风格统一。但有些场景下，过于工整的图形反而显得严肃：比如课程演示、科普文章、创意报告、手账风海报，或者需要突出“草图”“讨论稿”感觉的展示材料。最近发现了一个很有意思的 R 包——ggsketch。它可以把常见的ggplot2图形变成带有抖动线条、重复描边和排线填充效果的手绘图。更重要的是，ggsketch并不是先生成普通图形，再把图片转换成手绘效果，而是直接提供了一套原生的ggplot2图层函数。因此，它仍然能够正常配合aes()

2026-07-29 10:01:33 468

原创 NC｜病毒调节硫氧化菌驱动冰川退缩生态系统原生演替中的有机碳汇形成

冰川退缩前沿（glacier foreland）在全球气候变暖驱动下正经历从寡养向富养过渡的原生演替过程。还原性硫化合物可作为早期微生物定殖者的能源，但冰川前沿硫氧化潜力与关键类群仍不明确。作者通过对青藏高原一条130年退缩时序（chronosequence）的多组学调查，发现冰川退缩深刻重塑了病毒群落（61,394个病毒操作分类单元，vOTU）与微生物群落（404个宏基因组组装基因组，MAG）。值得注意的是，携带。

2026-07-29 00:15:35 336

原创 NC｜扩散建模驱动高效低毒抗菌肽(AMP)发现

多重耐药菌的快速涌现使得抗菌发现与筛选平台的改进成为迫切需求。作者提出ARCADIAMP——一个将迭代学习离散去噪扩散概率模型（discrete denoising diffusion probabilistic model, D3PM）与两阶段Evolutionary Scale Modeling 2（ESM2）基抗菌活性分类器耦合的生成—虚拟筛选平台，用于生成、分类并优先筛选具备高活性、低毒性和良好血清稳定性的抗菌肽（antimicrobial peptide, AMP）。

2026-07-29 00:14:30 411

原创 Microbiome｜AVGD库揭示古菌病毒多样性、生境分化与宿主互作

病毒是生物圈中数量最庞大、分布最广的生物类群之一，在微生态系统、宿主代谢与生物地球化学循环中扮演关键角色。相比之下，尽管噬菌体的生态重要性已在人类肠道及各类生态系统中被广泛研究，但古菌病毒（archaeal viruses）在多样环境中的角色仍认知有限——主要瓶颈包括可培养古菌病毒局限于少数嗜盐、嗜热谱系，缺乏保守标志基因导致宏基因组检测易漏检，以及大规模病毒基因组宿主预测困难。本研究构建了古菌病毒基因组数据库（Archaeal Viral Genome Database, AVGD）

2026-07-21 10:50:24 480

原创 Science Advances｜堆肥群落中大规模并行噬菌体爆发的生态演化动态

噬菌体在微生物生态系统中扮演关键角色，但相较于简化实验室体系，其在复杂自然群落中的动态仍知之甚少。研究人员对20 个堆肥来源微生物群落进行了为期 1 年的跟踪，群落形成两种可替代稳定类型，各自以不同的纤维素降解菌为核心，涵盖数百个属。其中一种群落类型中，作者观察到——一种此前未表征的（原 N4-like）成员——发生了大规模、并行爆发，宏基因组读段占比最高达74%，是迄今文献记载最大规模的噬菌体爆发。尽管复制强度极高，Theomophage 在爆发期间及随时间推移表现出显著的遗传稳定性。相比之下，

2026-07-21 10:49:57 368

空空如也

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