【图神经网络基础】认识数据集--异质数据集Chameleon

        Chameleon 数据集是一个复杂的网络数据集，主要用于研究图神经网络（GNN）在节点分类任务中的性能。这个数据集来源于威斯康星大学麦迪逊分校的网络数据集，是一个包含节点（网页）和边（超链接）的网络。以下是对 Chameleon 数据集的详细介绍：

数据集概述

        Chameleon 数据集包含与网络社区相关的信息，每个节点表示一个网页，每条边表示两个网页之间的超链接。该数据集的主要任务是基于节点的特征和图结构对节点进行分类。

数据集组成

1. 节点：每个节点表示一个网页。
2. 边：每条边表示两个网页之间的超链接。
3. 特征：每个节点都有一个特征向量，通常是通过文本处理技术（如TF-IDF）提取的，用于表示网页的内容。
4. 标签：每个节点有一个类别标签，表示该网页所属的主题类别。

数据集统计

• 节点数：2277
• 边数：36101
• 特征维度：2325
• 类别数：5

数据表示

1. 邻接矩阵：表示图的结构，其中 A[i,j]=1 表示节点 i 和节点 j 之间有边，否则为 0。
2. 特征矩阵：表示节点特征，其中每行对应一个节点的特征向量。
3. 标签矩阵：表示每个节点的类别标签。

数据处理步骤

1. 读取数据：从文件中读取特征矩阵、邻接矩阵和标签。
2. 数据预处理：对特征进行标准化处理，确保数据适合模型训练。
3. 划分数据集：将数据集划分为训练集、验证集和测试集。

示例代码

以下是如何使用 PyTorch Geometric 来处理和可视化 Chameleon 数据集的示例代码：

import torch
import torch.nn.functional as F
from torch_geometric.nn import GCNConv
from torch_geometric.datasets import Planetoid
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
from torch_geometric.utils import to_networkx

# 加载 Chameleon 数据集
# 注意：你可能需要先下载数据集并放在合适的目录
# 这里我们使用 Planetoid 数据集作为示例，你需要用实际的 Chameleon 数据进行替换
dataset = Planetoid(root='/tmp/Chameleon', name='Chameleon')

data = dataset[0]

# 创建 GCN 模型
class GCN(torch.nn.Module):
    def __init__(self):
        super(GCN, self).__init__()
        self.conv1 = GCNConv(dataset.num_node_features, 16)
        self.conv2 = GCNConv(16, dataset.num_classes)

    def forward(self, data):
        x, edge_index = data.x, data.edge_index
        x = self.conv1(x, edge_index)
        x = F.relu(x)
        x = F.dropout(x, training=self.training)
        x = self.conv2(x, edge_index)
        return F.log_softmax(x, dim=1)

# 初始化模型、优化器和损失函数
device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')
model = GCN().to(device)
data = data.to(device)
optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=0.01, weight_decay=5e-4)

# 训练模型
def train():
    model.train()
    optimizer.zero_grad()
    out = model(data)
    loss = F.nll_loss(out[data.train_mask], data.y[data.train_mask])
    loss.backward()
    optimizer.step()

# 测试模型
def test():
    model.eval()
    _, pred = model(data).max(dim=1)
    correct = int(pred[data.test_mask].eq(data.y[data.test_mask]).sum().item())
    acc = correct / int(data.test_mask.sum())
    return acc, pred

# 训练和测试循环
for epoch in range(200):
    train()
    if epoch % 10 == 0:
        acc, _ = test()
        print(f'Epoch {epoch}: Test Accuracy: {acc:.4f}')

# 测试结果
acc, pred = test()
print(f'Final Test Accuracy: {acc:.4f}')

# 可视化结果
G = to_networkx(data, to_undirected=True)
plt.figure(figsize=(10, 10))
pos = nx.spring_layout(G, seed=42)
node_colors = [pred[i].item() for i in range(len(pred))]
nx.draw(G, pos, node_color=node_colors, node_size=50, cmap=plt.cm.rainbow, with_labels=False)
plt.show()

解释

1. 数据加载：代码中使用 Planetoid 数据集作为示例，需要替换为实际的 Chameleon 数据集。
2. 模型定义：使用两层 GCN 模型进行节点分类。
3. 训练和测试：通过训练模型并在测试集上评估性能。
4. 可视化：使用 networkx 和 matplotlib 将节点分类结果进行可视化。

结果

        通过以上步骤，您可以训练 GCN 模型并可视化分类结果，以便更好地理解模型的效果。

数据集来源

Chameleon 数据集的原始数据来源于威斯康星大学麦迪逊分校的网页，主要用于研究社交网络中的节点分类问题。该数据集常被用于测试图神经网络的性能，因为它包含复杂的图结构和丰富的节点特征。

Chameleon (48%/32%/20% fixed splits) Dataset | Papers With CodeNode classification on Chameleon with the fixed 48%/32%/20% splits provided by Geom-GCN.https://paperswithcode.com/dataset/chameleon-48-32-20-fixed-splits https://github.com/radrumond/Chameleonhttps://github.com/radrumond/Chameleon

使用场景

Chameleon 数据集主要用于以下研究场景：

1. 节点分类：基于节点的特征和图结构，预测节点的类别标签。
2. 图嵌入：将节点嵌入到低维向量空间中，以便在嵌入空间中进行分类、聚类等任务。
3. 图神经网络模型评估：评估各种GNN模型的性能，如GCN（Graph Convolutional Network）、GAT（Graph Attention Network）等。

完结撒花

        行行行！