【讲座】细胞常见污染鉴别与STR鉴定
STR检测流程
首先了解下STR检测流程,先提取细胞DNA, 然后进行PCR扩增及测序,最后进行结果分析。详细检测流程请看下图:
▲图1 STR检测流程
* Dr.Cell 采用的细胞STR鉴定方法完全符合美国国家标准局(NIST)颁布的细胞鉴定标准-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中国CMA认证与司法鉴定许可的实验室进行检测。
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STR位点基因分型结果
完整的细胞STR检测报告请查阅(STR Report-Sample),报告上会列出受检细胞系STR基因分型结果附表(图2),表格中将列出所有实际检测位点信息。第2列“Sample”为样本检测得到的STR位点信息, 该结果是根据实际PCR扩增后检测到的片段长度得到的数据信息。第3列为ATCC、DSMZ等数据库中标准细胞STR位点信息。数据库中常规提供9个位点信息,即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。
▲图2 STR基因分型结果
STR位点基因分型结果峰图
在报告中会给出受检细胞系的STR检测结果峰图(图3),该峰图是实际PCR扩增后检测到的片段长度和分型信息。位点信息与表1(图2)相同。
▲图3 STR基因分型结果峰图
*STR: 短串联重复序列(short tandem repeats,STR)也称微卫星DNA(microsatellite DNA), 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列,由于核心单位重复数目在个体间呈高度变异性并且数量丰富,构成了STR基因座的遗传多态性。
▲图4 STR 短串联重复序列
* 纯合子:Homozygote,指同源染色体在同一基因位点上的两个等位基因相同。即显示单个峰。
* 杂合子:Heterozygote,指同源染色体在同一基因位点上的两个等位基因不相同。即显示2个峰。
▲图5 STR位点峰图
人源正常组织细胞其STR图谱,一个基因位点仅出现一个或2个峰(更多信息请查阅短串联重复序列 (STR, short tandem repeats) )。如发生细胞交叉污染现象,基因位点会出现多等位基因,即一个基因位点出现3或4个峰(图6)。当然,也不能排除可能为三倍体等多倍体突变现象。
▲图6 多等位基因峰图
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STR位点基因分型结果比对
根据鉴定得到的细胞STR位点信息在ATCC、DSMZ等数据库中进行比对,进入ATCC STR数据库页面(https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx )输入检测细胞的9个STR位点信息,与ATCC数据库进行对比。
▲图7 ATCC 数据库比对
输入信息后给出比对结果(图8)
▲图8 ATCC数据库比对结果
同样在DMSZ数据库进行数据比对,得到匹配结果。
▲图9 DSMZ数据库比对结果
比对结果中"%Match"(ATCC, 图8)及 "EV" (DSMZ, 图9)列是受检细胞的9个STR位点基因分型数据与数据库中细胞的匹配度。
人源细胞STR鉴定结果判定标准:
受检细胞STR位点的基因分型数据与其对应的标准细胞系(其原始组织或衍生细胞系)STR基因分型数据进行比对:
1)若两者的匹配度≥80%,则判定受检细胞系为标准细胞系或为标准细胞系的衍生细胞系。
2)若两者的匹配度在56%-80%之间,建议结合细胞系形态、细胞系特异性标记物等辅助分析进行综合判断。
3)若两者的匹配度≤56%,则判定受检细胞样本与其对应的标准细胞系不相关。
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参考文献:
1. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.
2. Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1.