Homer -- Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment 配置及基本使用

• Homer 安装

  # Homer 安装模块，之前需要配置 Perl 环境
  & wget http://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl
  # 安装 Homer 基本模块
  & perl configureHomer.pl -install
   
  # 当你需要安装或者删除package
  & perl configureHomer.pl -install package_name
  & perl configureHomer.pl -remove paceage_name
  
  # 如果你需要下载 Homer支持的物种参考基因组
  #Human (hg17, hg18, hg19), Mouse (mm8, mm9, mm10), Rat (rn4, rn5), Frog (xenTro2, xenTro3), Zebrafish (danRer7), Drosophila (dm3), C elegans (ce6, ce10), S. cerevisiae (sacCer2, sacCer3), pombe (ASM294v1), Arabidopsis (tair10), Rice (msu6)
  & perl configureHomer.pl -install Organisms_name
  
  #建议网速不错的同学，直接 
  & perl configureHomer.pl -all
  
  #其他参数直接 perl configureHomer.pl 查看
  
  # 最后一定记得吧 homer/bin 加入环境变量，才能直接调用模块名

• Homer 基本使用

  # 如果是MACS找到的peaks 文件，需要提取对应的列（前三列）给Homer作为输入文件
  & awk '{print $4"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' sample_peaks.bed >sample_homer.bed
  
  
  & findMotifsGenome.pl pake_file ref_fastq output_dir additional_option
  
  # 如果关注的物种未被Homers支持，可以使用自己的参考基因组文件
  & findMotifsGenome.pl peaks_file ref_fastq output_dir

• findMotifsGenome.pl 基本参数解释

  # 基本选项
  -mask 区分重复小写序列，可以添加到基因组之后，如 mm9r
  
  -bg 背景基因组位置 默认自动，用来删除与目标位置重叠的背景位置
  
  -chopify 将大的背景区域切割为目标区域的大小
  
  -len <#>[,<#>,<#>...] motif长度，默认8,10，12，值大于12可能会导致内存不足，从而减少序列分析数量或是分析短的序列区域
  
  -size <#> 用于 motif 发现的片段大小，默认200
  
  -size <#,#> -size -100，50 即获得中心-100到+50的序列
  
  -size give 使用确定的给定区域
  
  -S <#> 要优化的motif数量， 默认25
  
  -mis <#> 全局优化,搜索#个不匹配的字符串，默认2
  
  -norevopp 不搜索motif的反响链
  
  -nomotif 不搜索de novo motif 富集
  
  -rna 输出RNA motif logos 并且与RNA motif database 数据库自动比较，自动设置-norevopp