Homer小记

背景知识：

Motif：反复出现的模式，即一种特征序列，比如 sequence motif, structure motif, network motif。它有或者可能有一定的生物学功能。
motif可以位于操作基因中也可能是在结构基因中，实际上就是说一个类群的基因中共有的一些特征短序列，从作用上来说可能是作为识别序列也可能是编码某功能蛋白的核心序列。在线的预测可以为我们分析一些感兴趣的基因在功能及结构上的分类提供一些依据。（motif是基序的意思，一般就是很短的一段序列，某些特征基序可能跟功能有关。）

peak:可及区域
在ATAC中，峰实际上是抓到的通常来说在特定实验条件下开放性比较高的序列片段（insert fragment）；就形式而言，峰指的是序列中击中数/分值显著高于其他部分的片段。这个显著性指的一般是统计学意义上的，具体依据你使用的程序工具所应用的数学模型而定，可以用p值或者q值来衡量，和其他生物学实验一样，这个值越低、显著性越高、越可能是你要找的序列片段、在genome viewer里面长得越像是个峰，then you can call it a peak。也就是在ATAC-seq测序中被较多reads所覆盖的区域。

HOMER

HOMER (Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment) is a suite of tools for Motif Discovery and ChIP-Seq analysis.

一.下载homer(http://homer.ucsd.edu/homer/introduction/)

1.先下载configureHomer.pl

mkdir homer(这个文件夹是想要将homer安装的地方)
cd /home
wget http://homer.ucsd.edu/homer/configureHomer.pl //复制链接地址

2.下载homer
运行configureHomer.pl 脚本来安装 homer.

perl /home/***