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[重磅] HPC应用对GPU计算支持现状解析

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       HPC应用支持GPU计算的增长几乎完全是由英伟达(NVIDIA)推动的,该公司在构建一个健壮的软件生态系统以支持其在硬件方面的投入。具体来说,通过开发了一套并行编程API相关的软件开发工具CUDA(Compute Unified Device Architecture)支持GPU平台的应用程序开发,包括OpenCL开放的标准框架、各种处理器架构加速和OpenACC(高级语言的标准编译器指令)NVIDIA还在全球建立了超过20个GPU中心,数百个学术机构的GPU研究和教育中心的全球网络,提高通用GPU编程软件工具开发的速度,通过与ISV合作加速完善商业HPC应用程序和开发库。


      随着工智(AI)能的出现,许多组织都在投入深度学习技术,将人工智能的发展和技术带到他们的产品、服务或运营中,然而这些算法通常依赖于GPU,AI已经成为NVIDIA的主要增长引擎


      在HPC应用支持GPU计算调查中,著名咨询机构Intersect360要求用户列出他们的顶级HPC应用程序(5个站点内)。然后用这些数据来统计最多常用的HPC应用程序。在2017年第三季度收集的数据中,1792个统计程序中共有534个不同的应用程序


      HPC本质上是一个多元化的市场,应用程序跨越多个领域。本报告将重点关注在HPC用户站点普查中所报告的前50个应用程序,按次数排序。为了将应用列表限制在50(其中有2个统计并列49位),从每个主要应用场景中选择了2个应用程序。高性能计算(HPC)跨越了技术和业务领域等一系列应用领域。在大多数领域中都存在GPU加速应用程序,包括化学研究,流体动力学分析,结构分析,环境建模,地球物理学,可视化/图像处理和物理


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      在HPC应用支持GPU计算报告中,咨询机构Intersect360列出了50个最常用的高性能计算(HPC)应用程序,识别出目前采用GPU加速的应用程序。根据对最新HPC用户站点普查数据和研究发现,HPC用户用到的50个最流行的应用程序中有34个提供GPU支持,另外2个应用目前正在开发中。前15个应用程序目前都通过某种形式实现对GPU支持。在HPC市场上,GPU计算已经达到了一个临界点,这将预示着HPC应用程序采用GPU优化将成为主流。


化学领域

      化学是最常见的HPC应用领域之一,有组织使用HPC系统了解化合物和过程,根据这种理解设计新的物质为今后的研究和产品开发提供信息。包括计算化学,分子建模,和质谱数据分析

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      前50名HPC应用中有20个应用于化学。这种HPC软件受欢迎的原因是生物分子研究和开发新化合物的兴趣所驱动的。如表2所示,GPU对顶级化学编码的支持非常深入的,这在很大程度上要归功于该应用领域中,大量的开源代码和活跃的开发者的贡献。因此,20个化学应用中有16个目前可以使用GPU加速,包括排在前15名的HPC应用。


流体动力学分析

      计算流体动力学(CFD)的解决方案目前异常广泛的被应用,如:飞机设计,内燃机设计,建筑物气流分析,心脏泵的设计,细胞内蛋白质运输的建模,等等。与结构分析领域类似,这些应用主要来自商业代码捐献,但最初的代码来自NASA开发和开源的努力。在HPC中,作为前十大应用程序的OpenFOAM的出现,预示着整个行业向开源代码的方向发展。

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      如表3所示,这两种最流行的CFD应用,ANSYS Fluent和OpenFOAM使用GPU的支持。


结构分析

      结构分析包括用于分析各种结构的应用程序,包括显式和隐式有限元分析(FEA),是用于工程分析的重要计算工具。它主要是用来对结构的负载和压力进行分析,包括用于汽车的虚拟崩溃测试。

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      表4描述了前50个HPC应用程序中的8个结构化分析应用。8个中有7个已经支持GPU计算。


生物科学

      生物科学应用是用来揭示生命的本质、并帮助设计医学治疗方案的学科。他们也用于了解和提高农业生产。这部分包括基因组学等应用,蛋白质组学,药物发现等等。由于基因组学的快速发展,带动分析基因和细胞的生物信息学软件快速发展, 使得基因组学驱动整个生命科学发展。

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      如表6所示,在生命科学领域,GPU计算应用已经落后于其他领域,然而,BLAST应用有个GPU版本,被称为GPU-BLAST,现在已在研究领域使用,还有一个GPU加速版本的Bowtie,作为NVIDIA实验室项目在运作。


      表7列出了剩余的前50个HPC应用程序及其域。2个商业智能领域,2个天气预报和环境建模领域,1个物理和1个模式识别领域。

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天气、环境建模

      环境建模包括用于模拟天气、气候、空气质量和海洋的应用程序系统。天气预报的潜在用途包括从挽救生命和财产到先进的严重天气警报,预测野火,通过预测能源需求来管理电网,根据天气预报来估计当地超市对产品的需求。


商业智能

      SAP和Oracle出现在前50名HPC应用程序的列表中。在业务计算、HPC、甚至科学应用程序之间通过有一些交叉,随着分析领域的迅速发展通过数据库解决一些问题。SAP和Oracle都有GPU加速版本。SAP和Oracle正在布局未来,为企业客户开发AI优化的模块,计划把深度学习应用到GPU计算。


物理应用

      物理包括用于建模行为中涉及的基本原理的应用程序,物质和能量。该领域的范围涵盖从宇宙演化的宇宙模型,到量子力学的亚原子水平的物质。物理学家是HPC的首批用户之一。


模式识别

      模式识别是深度学习的基础。模式识别应用程序可以从大量的训练中学习数据,以便能够从类似的数据中做出推断。TensorFlow是最常用的应用程序,深度学习与GPU计算有很强的亲和力,而TensorFlow则可以通过GPU实现加速和优化。


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1、从高性能计算(HPC)技术演变解析方案、生态和行业发展趋势

2、详解GPFS文件系统架构、组网和Building Block



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