ANTS安装（Ubuntu20.04)

Hannah的踩坑记录

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分类专栏： Ubuntu系统以及相关软件安装使用文章标签： ubuntu

于 2022-04-12 14:45:16 首次发布

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1.检查gcc和cmake，若无则要安装

sudo apt-get install cmake-curses-gui

2.安装ITK，官网下载安装包

3.安装ZLIB

sudo apt-get install zlib1g-dev

4.安装ANTS

workingDir=${PWD}
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
mkdir build install
cd build
cmake \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${workingDir}/install \
    ../ANTs 2>&1 | tee cmake.log
make -j 4 2>&1 | tee build.log
cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log

Compiling ANTs on Linux and Mac OS · ANTsX/ANTs Wiki · GitHub
医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明 - 灰信网（软件开发博客聚合）

5.验证

antsRegistrationSyN.sh

6.使用

antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f mri.nii.gz -m pet.nii.gz -t 'r' -o output

大约2-3分钟

脚本批量处理

#!/usr/bin/bash

mri_path=/home/hannah/data/PETMR/HENAN/brain_mri/
pet_path=/home/hannah/data/PETMR/HENAN/raw_pet_nii
out_path=/home/hannah/data/PETMR/HENAN/pet/
declare -i num=0
#brain=/mri/brain.mgz
#mri=/mri/T1.mgz

for pet_file in $pet_path/*

  do
    num=num+1
    #let num=${num}+1
    mri_file=${mri_path}"brain_"$num".nii.gz"
    out_file=${out_path}$num
    #echo ${pet_file}, ${mri_file}, ${out_file}
    antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f ${mri_file} -m ${pet_file} -t 'r' -o ${out_file}
    
  done
  
echo $num