HAT(Hydrogen atom transfer),即氢原子转移反应,在自由基参与的反应中十分常见,对自由基活性物种的转移和淬灭有着重要的意义。近年来,随着自由基化学的复兴,实现自由基参与的选择性转化反应获得了化学界的广泛关注。因此,了解HAT反应的本质,在量子化学层面阐明影响HAT反应的因素显得十分重要。
Gaussian是一个被广泛使用的计算化学软件。由于运行Gaussian需要很大的计算量,因此云超算对于众多科研工作者是一个不错的选择。经过笔者一段时间的使用,发现北鲲云超算平台是一个不错的选择。本文借用北鲲云超算平台,利用Gaussian16软件针对一具有代表性的HAT反应(叔丁氧基自由基参与乙基苯苄位C-H的HAT反应),进行过渡态寻找。
1.反应物优化
首先在本地使用Gaussview进行反应物的结构搭建:打开Gaussview6.0,在界面搭建叔丁氧基自由基和乙基苯结构并保存为对应的gjf文件。
之后将两个输入文件上传至北鲲云超算平台。这里我们打开命令行提交并启动管理节点,在/home/cloudam/中创建gaussianjob1文件夹。之后点击界面上方的sftp按钮,选中gaussianjob1文件夹,并将刚刚创建的输入文件拖入gaussianjob1文件夹即可完成上传。