GORMACS如何使用？一个方法快速完成动力学模拟计算

GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。
它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。

在详细的操作步骤前，先简单看一下在北鲲云超算平台提交Gromacs作业的方式。

一 模板提交

这是平台上最为简单的作业提交方式，只需找到软件，按照提示步骤上传作业，选择参数即可自动完成计算。大致界面如下。

模板提交适合没有IT基础的用户，作业提交流程、配置参数全可视化界面。

二 命令行提交

命令行提交在管理节点使用SSH命令行创建动态集群，可以同时调用多种相同或者不同规格的计算节点，通过slurm作业调度系统提交作业计算，全程只需命令行操作。适合有一定代码基础的用户。

Step 1. 通过SSH连接创建并连接管理节点；

Step 2. 创建作业目录并进入；

mkdir gromacsJob1cd gromacsJob1

Step 3. 将运行gromacs需要的相关文件上传到该文件夹下，详情请查看Linux数据传输；

GPU版G