Maxwell 2D涡流场分析要点和心得 ，在北鲲云上快速开始Maxwell

于 2022-11-29 14:57:38 发布
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分类专栏： 云计算 仿真 文章标签： maxwell
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早在今年五月，北鲲云超算平台邀请了平台用户——温老师为大家做直播分享，分享主题为Maxwell 2D涡流场分析要点和心得。完整的回放可以在北鲲云官网或b站账号中看到。

温老师曾发布《maxwelll电磁分析基础系列和实战系列》教程，被赞为“最容易学会的电磁教程”。

简单放了一些ppt截图及温老师的操作过程，更详细的操作可以询问我们的工作人员。
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这是软件的一些教程操作，那要如何在北鲲云上快速开启maxwell呢？

第一步，进入北鲲云控制台，平台界面简洁易用，可以快速开始计算
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第二步，在应用中心找到所需软件，或者在镜像中心安装maxwell自己所需要的版本即可。如果在这一步遇到困难可以找技术支持人员，全天在线。
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第三步，选择合适的方式提交作业，平台有模板提交、命令行提交、图形界面提交三种方式可选，这里一般使用图形界面提交。同事图形界面提交支持windows工作站和linux工作站，可以根据自己的习惯选择

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第四步，选择配置，平台CPU/GPU资源都很齐全，弹性计算按需使用，具体的收费标准可以在控制台中查询

第五步：开始计算，这里要提示的是，完成计算后一定要记得释放节点

北鲲云_beikun
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北鲲教程｜基于 ABAQUS 的 CFRP 加固钢筋混凝土柱承载能力分析
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大多数新用户可能比较在意的是费用标准，上图所示的是我经常使用的价位，对于一般的模型可以尝试使用特惠版的CPU类型，性价比较高，对于自由度规模较大的模型，可适当增加CPU的核心数，同时价位也会随之上升。运行模板中的Abaqus进行求解，结算结果如图所示，将计算的结果文件.odb文件传复制到H盘中，即可在文件传输界面中看到计算结果文件，下载后用于后处理，退出模板，释放节点，释放节点后，云计算会将所有计算文件清除。可以看出，三种计算工况的荷载-位移曲线的分布趋势大致相同，但承载能力的大小确有明显不同。
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CADD在云超算平台的运用
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在平台上便捷使用LS-DYNA的方式
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LS-DYNA ®由Livermore Software Technology Corporation (LSTC) 开发，是一种多用途的显式和隐式有限元和多物理场程序，用于分析结构的非线性响应；这里要注意的是，LS-DYNA为商业软件，无法在北鲲云平台上直接使用，需要授权，具体的操作方法可以询问我们的技术支持。Step 2. 将运行LS-DYNA需要的相关文件上传到该文件夹下，详情请查看Linux数据传输；Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；
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如何在云计算平台上完成分子对接
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Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，Conda支持Python、R、 Ruby、 Lua、 Scala、 Java、 JavaScript、 C/ C++、 FORTRAN等多种语言。习惯使用Conda的同学可以在北鲲云超算平台上无门槛直接使用，无需安装或管理，平台也提供了更为方便的作业提交方式：如 模板提交等一. 使用北鲲云的Conda环境​#加载Anaconda3module add Anaconda3#查看Conda环境
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计算化学:如何在云平台上计算声子谱
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利用Amber热力学积分计算相对自由能变化
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Jupyter notebook在超算平台上使用的详细教程
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Jupyter Notebook 的本质是一个 Web 应用程序，便于创建和共享文学化程序文档，支持实时代码，数学方程，可视化和 markdown。第五步，回到北鲲云控制台，上传所需文件，这里注意的是，一定要注意回到控制台上传，平台有文件同步功能，支持跨计算区同步文件。第四步，进入图形界面后，打开浏览器，输入localhost:8889,进入jupter notebook，这里可能需要等待10秒左右，等待后刷新后即可。富媒体格式包括：HTML，LaTeX，PNG，SVG等。第二步，选择图形界面并启动。
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高性能计算之Module环境变量管理工具
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注意事项: 建议不要同时module add多个软件，因为不同软件间可能是有冲突的。比较好的方式是module add一个或一组相互依赖的软件，软件运行完后运行module purge清除导入的环境，然后再导入另外一个或一组相互依赖的软件。Module是一款环境变量管理工具，北鲲云超算平台安装了许多公共软件，通过module实现软件环境变量的管理，快速加载和切换软件环境。用户只需加载模块即可使用平台的软件或依赖库。平台上预安装了部分常用软件，用户可通过module指令进行查看和加载使用。
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使用北鲲云在AWS上运行基因分析HPC任务
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您需要选择数据存放相同的地域创建Workspace，选择相同地域的好处是数据在AWS EC2上和S3之间上传下载可以使用内网进行访问，速度更快而且更加安全。Workspace是北鲲云为您在AWS上创建的一片虚拟空间，对应了AWS的某个region，后续使用的AWS相关服务和资源都在这个region下进行配置。在这篇博文中，我们演示了如何使用北鲲云平台在AWS来提交基因分析任务。特别申明：北鲲云不会在未经用户授权的情况下访问用户的EC2，也不会获取用户的数据，用户在使用平台前需要签署电子版法律协议。
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Slurm作业管理系统常用命令和教程
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同时北鲲云超算平台也是使用的Slurm作业管理系统，熟悉slurm作业管理系统的同学可以快速上手北鲲云进行计算，不熟悉的也没关系，一是可以学，我们有完整的教程以及技术支持服务，另外就是平台还提供模板提交方式，无需it基础也可以快速进行计算。CPU分区命名规则为c-核心数-每核心内存大小，如c-8-4：表示单节点规格为8核，每核心有4G内存，即节点规格为8核32G。salloc命令可以用来分配节点，用户可以在获取分配的计算节点后，ssh进入直接运行相关计算程序，主要用来调式程序执行。二. 提交作业的方式​。
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PyTorch 是一个 Python 优先的深度学习框架，也是使用 GPU 和 CPU 优化的深度学习张量库，能够在强大的 GPU 加速基础上实现张量和动态神经网络。在文件传输页面，点击“新建”上传文件或文件夹，您也可以进入到自定义目录，点击“新建”上传到自定义目录。想要在北鲲云上使用Pytorch还是很简单的，就像标题说的，不用自己配置环境，可以直接使用。第五步 使用sbatch命令提交作业，这里要提示的是，北鲲云使用的是slurm作业管理系统。或者是一些硬件上的问题，自己的电脑跑不动之类的。
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在平台上使用图形界面提交超级简单，平台已内置模板，只需按照提示上传文件及选择选项即可，对于没有代码基础的同学来说，这是最推荐的方式。
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为什么这个文件不行？目前，AlphaFold2的源代码已经在GitHub上公开，而且现在科学家正在利用AlphaFold2对已有的蛋白数据库进行高通量的预测，建立了一些模式生物物种所有蛋白的AlphaFold2预测结构数据库（https://alphafold.ebi.ac.uk/）。可以看到，虽然利用AlphaFold2预测了这么多生物的数据库，但是并未覆盖所有的蛋白序列数据库，所以只有搭建本地的AlphaFold2服务，你才能用AlphaFold2随心所欲的预测自己研究蛋白的结构。
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