使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测

前言

AlphaFold 2，是DeepMind公司的一个人工智能程序。2020年11月30日，该人工智能程序在蛋白质结构预测大赛CASP 14中，对大部分蛋白质结构的预测与真实结构只差一个原子的宽度，达到了人类利用冷冻电子显微镜等复杂仪器观察预测的水平，这是蛋白质结构预测史无前例的巨大进步。这一重大成果虽然没有引起媒体和广大民众的关注，但生物领域的科学家反应强烈。

目前，AlphaFold2的源代码已经在GitHub上公开，而且现在科学家正在利用AlphaFold2对已有的蛋白数据库进行高通量的预测，建立了一些模式生物物种所有蛋白的AlphaFold2预测结构数据库（https://alphafold.ebi.ac.uk/）。

可以看到，虽然利用AlphaFold2预测了这么多生物的数据库，但是并未覆盖所有的蛋白序列数据库，所以只有搭建本地的AlphaFold2服务，你才能用AlphaFold2随心所欲的预测自己研究蛋白的结构。

接下来将给大家介绍AlphaFold2的使用方法，在北鲲云上免安装使用。对于没有Linux基础或本地硬件配置不足的人，仅需1分钟即可成功提交蛋白质结构预测任务，能够省去很多麻烦。

二、在北鲲云使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测

1. 选择AlphaFold2

在“应用中心”搜索AlphaFold2软件并选中，在右侧弹出的软件详情栏中点击“提交作业”。

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2. 选择可视化模板提交

推荐选择可视化“模板提交”的方式提交作业，平台已为AlphaFold2内置了几个可视化模板，按要求填写相应参数即可提交预测任务。

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3. 填写模板参数，选择硬件配置