利用Amber热力学积分计算相对自由能变化

上周四，何博士为大家在北鲲云的直播间分享了Amber热力学积分计算相对自由能变化（直播回放可在视频号：北鲲云-直播回放中查看）。

直播结束后有很多小伙伴来向我们要PPT资料，这里何博士也为大家准备了文字版本的教程。将为大家介绍如何在北鲲云计算平台上利用Amber热力学积分计算相对自由能变化，体系包括小分子-蛋白（小分子改变），小分子-蛋白（蛋白突变），蛋白-蛋白相互作用。

本教程要求使用者一定程度了解Amber动力学模拟程序。

Amber是美国加州大学Peter Kollman等开发的一款著名的分子动力学模拟软件包。Amber主要适用于蛋白质，小分子和多糖等生物分子体系的模拟。

本文所需的所有文件请在https://github.com/Xinheng-He/ti_toturial上下载。

​

该应用场景解决将蛋白口袋内的小分子A变为小分子B所产生的相对自由能变。

 

将蛋白口袋内的苯转化为苯酚。

首先，使用pymol将分子打开，并选中小分子，保存为mol2文件，如下图所示，我们使用

save *my_case\ben_ligand.mol2save *\my_case\benfen_ligand.mol2

 

这两个命令保存了变化前后的配体。

（保存pymol中的sele对象）

开启一个北鲲云管理节点加载环境。

module add Anaconda3/2020.02
source /public/software/.local/easybuild/software/amber/aber20/amber.sh
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited

 

对苯生成具有电荷的可用mol2文件，总电荷为0，残基名为BEN。

antechamber -i ben_ligand.mol2 -fi mol2 -o ben_real.gaff2.mol2 -fo mol2 -rn BEN -at gaff2 -an yes -dr no -pf yes -c bcc -nc 0  

 

生成frcmod力场参数文件。

parmchk2-iben_real.gaff2.mol2-fmol2-oBEN.gaff2.frcmod-sgaff2-ayes

上述操作对苯酚再来一次。

antechamber -i benfen_ligand.mol2 -fi mol2 -o benfen_real.gaff2.mol2 -fo mol2 -rn FEN -at gaff2 -an yes -dr no -pf yes -c bcc -nc 0
parmchk2 -i benfen_real.gaff2.mol2 -f mol2 -o FEN.gaff2.frcmod -s gaff2 -a yes

 

根据frcmod文件，生成两个分子的文库文件，该文件描述了分子内部的原子类型和键连信息。

tleap -f - <<_EOF
source leaprc.gaff2
loadamberparams FEN.gaff2.frcmod
FEN = loadmol2 benfen_real.gaff2.mol2 
saveoff FEN FEN.lib
savepdb FEN FEN.pdb
quit
_EOF

tleap -f - <<_EOF
source leaprc.gaff2
loadamberparams BEN.gaff2.frcmod
BEN = loadmol2 ben_real.gaff2.mol2 
saveoff BEN BEN.lib
savepdb BEN BEN.pdb
quit
_EOF

 

注意前后的力场要保持一致。

将两个pdb文件（FEN.pdb和BEN.pdb）中同样位置的全部重原子，保存成同样的坐标，注意名字要和lib中的一样，放成一个lig.pdb，在下面的tleap过程中，tleap会自动根据lib文件将complex中的原子变成真实的样子，这样做是为了保证一样原子的位置完全一致，减少不必要的变量。

​（pdb文件的内容）

使用pdb4amber，检查蛋白是否有二硫键，或需要编辑的残基。

pdb4amber pure_protein.pdb -o pure_check.pdb cat pure_check_sslink

 

没有二硫键，之后使用pure_check.pdb。

接下来在tleap中加载配体和受体。

tleap -f - <<_EOF
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff2
source leaprc.water.tip3p
loadAmberParams frcmod.ionsjc_tip3p

loadoff BEN.lib
loadoff FEN.lib
loadamberparams BEN.gaff2.frcmod
loadamberparams FEN.gaff2.frcmod


ligands = loadpdb lig.pdb
c