“grid.draw“没有适用于“c(‘gglist‘, ‘list‘)“目标对象的方法|R语言ggsave函数无法保存多图像的解决方法

ggsave函数是在R语言循环中常用的保存ggplot图片的方法，本人在使用ggsave保存过程中遇到报错，代码如下：

gseaGOMF <- gseGO(genelist,ont = "MF",org.Hs.eg.db,)

if (T){
  if (!dir.exists(paste0(result_direct,"gseaGOBP"))){
    dir.create(paste0(result_direct,"gseaGOBP"))
  }
  for (i in 1:length(gseaGOMF$Description)){
    plot1 <- gseaplot(gseaGOMF,geneSetID = i,title = gseaGOMF$Description[i])
    ggsave(plot1,filename=paste0(result_direct,"gseaGOBP/",gsub("/","",gseaGOMF$Description[i]),".pdf"))
    print(i)
  } 
}

报错信息如下：

查看plot1对象的类型，发现是一个具有两个list的图像，运行print(plot1)时，图像可正常显示

该图像是有上下两幅图拼接而成，值得注意的是，如果ggsave函数未指定plot=plot1，那么最终保存的文件仅有plot1的上半部分，这是因为ggsave函数在未指定plot参数是使用last_plot()函数调用最后打印的图像。在尝试了多种方法后，笔者发现使用ggexport()【ggpubr包】导出图片可以导出plot1，代码如下：

gseaGOMF <- gseGO(genelist,ont = "MF",org.Hs.eg.db,)

if (T){
  if (!dir.exists(paste0(result_direct,"gseaGOBP"))){
    dir.create(paste0(result_direct,"gseaGOBP"))
  }
  for (i in 1:length(gseaGOMF$Description)){
    plot1 <- gseaplot(gseaGOMF,geneSetID = i,title = gseaGOMF$Description[i])
    ggexport(plot1,filename=paste0(result_direct,"gseaGOBP/",gsub("/","",gseaGOMF$Description[i]),".pdf"))
    print(i)
  } 
}

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