最近需要做基因聚类,查找一些文献后多使用clans、mcl、orthomcl等。但是以上多针对蛋白,于是又继续搜索后发现一个不错的软件,名叫siLix,核算、蛋白均可使用。
以下是安装和使用过程
文献:http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-12-116
软件:ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/logiciel/silix/
依赖:Boost、MPI
若想使用并行,需要安装MPI;若想最大化性能,需要安装Boost。
软件版本 silix-1.2.10.tar.gz
系统版本 Ubuntu 14.04.4 LTS
安装:
1 安装Boost:
>$ sudo apt-get install libboost-all-dev
2 安装软件:
>$ tar xf silix-1.2.10.tar.gz
>$ cd silix-1.2.10
>$ ./configure --precix==/your/path/to/silix --enable-verbose --
以下是安装和使用过程
文献:http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-12-116
软件:ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/logiciel/silix/
依赖:Boost、MPI
若想使用并行,需要安装MPI;若想最大化性能,需要安装Boost。
软件版本 silix-1.2.10.tar.gz
系统版本 Ubuntu 14.04.4 LTS
安装:
1 安装Boost:
>$ sudo apt-get install libboost-all-dev
2 安装软件:
>$ tar xf silix-1.2.10.tar.gz
>$ cd silix-1.2.10
>$ ./configure --precix==/your/path/to/silix --enable-verbose --