nii文件转jpg，保存在同一文件夹下

最新推荐文章于 2024-08-13 17:19:26 发布

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文章标签： nii 影像处理

原文链接：https://blog.csdn.net/llly333/article/details/115353607?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522163272954116780269834928%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=163272954116780269834928&biz_id=0&

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该博客介绍了一个Python脚本，用于将.nii格式的医学图像文件批量转换为.jpg格式。脚本使用nibabel加载nii文件，然后通过imageio库保存为jpg。转换过程中，图像数据会进行90度旋转，并按切片顺序分别保存，每个切片的文件名包含其在原文件中的层数，以避免重名。转换后的jpg文件保存在与源nii文件相同的目录下。

摘要由CSDN通过智能技术生成

问题描述：
有一批nii文件，需要转换成jpg格式，将转换后的jpg文件保存在同一文件夹下。

思路：
通过nib.load读取nii文件转化为数组形式，再通过imageio.imwrite导出jpg文件。

步骤：

import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os

#读取nii文件
def read_niifile(niifile):  # 读取niifile文件
    img = nib.load(niifile)  # 下载niifile文件（其实是提取文件）
    img_fdata = img.get_fdata()  # 获取niifile数据
    img90 = np.rot90(img_fdata) #旋转90度
    #return img_fdata
    return img90

#保存jpg文件并输出
def save_fig(file):  # 保存为图片
    fdata = read_niifile(file)  # 调用上面的函数，获得数据
    (y, x, z) = fdata.shape  # 获得数据shape信息：（长，宽，维度-即切片数量）
    for k in range(z):
        silce = fdata[:, :, k]
        #silce = fdata[k, :, :]  # 三个位置表示三个不同角度的切片
        imageio.imwrite(os.path.join(output, '{}.jpg'.format(os.path.splitext(os.path.splitext(i)[0])[0]+'_'+str(k))), silce)
        # 将切片信息保存为jpg格式
        #i表示获取到的nii文件名（不含路径）
        #os.path.splitext(i)[0]表示去除文件名后缀
        #用两次splitext是因为图像原格式为.nii.gz，需要去两次后缀，如果是.nii形式的文件只用去除一次后缀即可
        #str(k)代表每层切片单独命名，避免重名，以_0,_1,...的形式命名

#读取文件
def findAllFile(base):
    for root, ds, fs in os.walk(base):
        for f in fs:
            yield f

#设置文件路径
base =r'C:\Users\nii' # nii文件的路径
output = r'C:\Users\jpg' # 保存png的路径
for i in findAllFile(base):
    dir = os.path.join(base,i)
    savepicdir = (os.path.join(output,i))
    #os.mkdir(savepicdir) #新建文件夹，重命名为nii文件名称,无需子文件夹，注释掉
    save_fig(dir)