前言
关于石墨烯,氧化石墨烯,碳纳米管,富勒烯等纳米材料体系搭建方法和工具有很多,这里只介绍目前来看最简单快捷的方式来创建这些结构方法和工具,无需任何基础,只需基本的电脑操作即可完成对这些体系的模型的构建。
1.建模工具
1.1.石墨烯及氧化石墨烯在线创建工具
1.1.1.主要功能特点:
该在线工具为李继存老师(其官网名为:哲科文)创作,主要用于创建gromacs模拟的石墨烯和氧化石墨烯结构文件。,获得该文件后可以使用vmd打开转换成(.pdb, .xyz, .mol等格式),可供其他计算模拟软件使用
- 支持中心空洞, 输出.gro(gromacs结构文件)
- 支持原子类型, 空洞类型
- 支持平移选项, 用于创建层错模型
- 支持在线预览,多种视图模式
(图1:在线工具运行的默认界面)
1.1.2. 示例
创建石墨烯结构:
创建步骤如下:
第一步:如上图2(红1)所示设置所需模型参数(这里只设置了大小(基本单元为 10x8),其他按需求选设)
第二步:如上图2(绿2所示),点击创建即可生成.gro文件数据,复制这些文字保存到.gro文本文件即可
PS:如图2(黄3所示),可以选择显示方式,或设置超晶胞
创建氧化石墨烯:
建模步骤同石墨烯,不在赘述
该氧化石墨烯的.gro文本为:
MOL: 10 8 Rcc=1.400 Rhole=0.000 Center: Ring 11.518138 16.800000
416
1MOL C 1 0.061 0.070 0.000
1MOL C 2 0.182 0.140 0.000
1MOL C 3 0.182 0.280 0.000
1MOL C 4 0.061 0.350 0.000
1MOL C 5 0.303 0.070 0.000
1MOL C 6 0.424 0.140 0.000
1MOL C 7 0.424 0.280 0.000
1MOL C 8 0.303 0.350 0.000
1MOL C 9 0.546 0.070 0.000
1MOL C 10 0.667 0.140 0.000
1MOL C 11 0.667 0.280 0.000
1MOL C 12 0.546 0.350 0.000
1MOL C 13 0.788 0.070 0.000
1MOL C 14 0.909 0.140 0.000
1MOL C 15 0.909 0.280 0.000
1MOL C 16 0.788 0.350 0.000
1MOL C 17 1.031 0.070 0.000
1MOL C 18 1.152 0.140 0.000
1MOL C 19 1.152 0.280 0.000
1MOL C 20 1.031 0.350 0.000
1MOL C 21 1.273 0.070 0.000
1MOL C 22 1.394 0.140 0.000
1MOL C 23 1.394 0.280 0.000
1MOL C 24 1.273 0.350 0.000
1MOL C 25 1.516 0.070 0.000
1MOL C 26 1.637 0.140 0.000
1MOL C 27 1.637 0.280 0.000
1MOL C 28 1.516 0.350 0.000
1MOL C 29 1.758 0.070 0.000
1MOL C 30 1.879 0.140 0.000
1MOL C 31 1.879 0.280 0.000
1MOL C 32 1.758 0.350 0.000
1MOL C 33 2.001 0.070 0.000
1MOL C 34 2.122 0.140 0.000
1MOL C 35 2.122 0.280 0.000
1MOL C 36 2.001 0.350 0.000
1MOL C 37 2.243 0.070 0.000
1MOL C 38 2.364 0.140 0.000
1MOL C 39 2.364 0.280 0.000
1MOL C 40 2.243 0.350 0.000
1MOL C 41 0.061 0.490 0.000
1MOL C 42 0.182 0.560 0.000
1MOL C 43 0.182 0.700 0.000
1MOL C 44 0.061 0.770 0.000
1MOL C 45 0.303 0.490 0.000
1MOL C 46 0.424 0.560 0.000
1MOL C 47 0.424 0.700 0.000
1MOL C 48 0.303 0.770 0.000
1MOL C 49 0.546 0.490 0.000
1MOL C 50 0.667 0.560 0.000
1MOL C 51 0.667 0.700 0.000
1MOL C 52 0.546 0.770 0.000
1MOL C 53 0.788 0.490 0.000
1MOL C 54 0.909 0.560 0.000
1MOL C 55 0.909 0.700 0.000
1MOL C 56 0.788 0.770 0.000
1MOL C 57 1.031 0.490 0.000
1MOL C 58 1.152 0.560 0.000
1MOL C 59 1.152 0.700 0.000
1MOL C 60 1.031 0.770 0.000
1MOL C 61 1.273 0.490 0.000
1MOL C 62 1.394 0.560 0.000
1MOL C 63 1.394 0.700 0.000
1MOL C 64 1.273 0.770 0.000
1MOL C 65 1.516 0.490 0.000
1MOL C 66 1.637 0.560 0.000
1MOL C 67 1.637 0.700 0.000
1MOL C 68 1.516 0.770 0.000
1MOL C 69 1.758 0.490 0.000
1MOL C 70 1.879 0.560 0.000
1MOL C 71 1.879 0.700 0.000
1MOL C 72 1.758 0.770 0.000
1MOL C 73 2.001 0.490 0.000
1MOL C 74 2.122 0.560 0.000
1MOL C 75 2.122 0.700 0.000