建模专题1:石墨烯-氧化石墨烯及各种纳米材料体系的构建方法

前言

关于石墨烯，氧化石墨烯，碳纳米管，富勒烯等纳米材料体系搭建方法和工具有很多，这里只介绍目前来看最简单快捷的方式来创建这些结构方法和工具，无需任何基础，只需基本的电脑操作即可完成对这些体系的模型的构建。

1.建模工具

1.1.石墨烯及氧化石墨烯在线创建工具

1.1.1.主要功能特点:

该在线工具为李继存老师（其官网名为：哲科文）创作，主要用于创建gromacs模拟的石墨烯和氧化石墨烯结构文件。，获得该文件后可以使用vmd打开转换成（.pdb, .xyz, .mol等格式），可供其他计算模拟软件使用

• 支持中心空洞, 输出.gro(gromacs结构文件)
• 支持原子类型, 空洞类型
• 支持平移选项, 用于创建层错模型
• 支持在线预览，多种视图模式
  
  ​ （图1：在线工具运行的默认界面）

1.1.2. 示例

创建石墨烯结构：

创建步骤如下：

第一步：如上图2（红1）所示设置所需模型参数（这里只设置了大小（基本单元为 10x8），其他按需求选设）

​

第二步：如上图2（绿2所示），点击创建即可生成.gro文件数据，复制这些文字保存到.gro文本文件即可

PS:如图2（黄3所示），可以选择显示方式，或设置超晶胞

创建氧化石墨烯：

建模步骤同石墨烯，不在赘述

该氧化石墨烯的.gro文本为：

MOL: 10 8 Rcc=1.400 Rhole=0.000 Center: Ring   11.518138   16.800000
416
    1MOL      C    1   0.061   0.070   0.000
    1MOL      C    2   0.182   0.140   0.000
    1MOL      C    3   0.182   0.280   0.000
    1MOL      C    4   0.061   0.350   0.000
    1MOL      C    5   0.303   0.070   0.000
    1MOL      C    6   0.424   0.140   0.000
    1MOL      C    7   0.424   0.280   0.000
    1MOL      C    8   0.303   0.350   0.000
    1MOL      C    9   0.546   0.070   0.000
    1MOL      C   10   0.667   0.140   0.000
    1MOL      C   11   0.667   0.280   0.000
    1MOL      C   12   0.546   0.350   0.000
    1MOL      C   13   0.788   0.070   0.000
    1MOL      C   14   0.909   0.140   0.000
    1MOL      C   15   0.909   0.280   0.000
    1MOL      C   16   0.788   0.350   0.000
    1MOL      C   17   1.031   0.070   0.000
    1MOL      C   18   1.152   0.140   0.000
    1MOL      C   19   1.152   0.280   0.000
    1MOL      C   20   1.031   0.350   0.000
    1MOL      C   21   1.273   0.070   0.000
    1MOL      C   22   1.394   0.140   0.000
    1MOL      C   23   1.394   0.280   0.000
    1MOL      C   24   1.273   0.350   0.000
    1MOL      C   25   1.516   0.070   0.000
    1MOL      C   26   1.637   0.140   0.000
    1MOL      C   27   1.637   0.280   0.000
    1MOL      C   28   1.516   0.350   0.000
    1MOL      C   29   1.758   0.070   0.000
    1MOL      C   30   1.879   0.140   0.000
    1MOL      C   31   1.879   0.280   0.000
    1MOL      C   32   1.758   0.350   0.000
    1MOL      C   33   2.001   0.070   0.000
    1MOL      C   34   2.122   0.140   0.000
    1MOL      C   35   2.122   0.280   0.000
    1MOL      C   36   2.001   0.350   0.000
    1MOL      C   37   2.243   0.070   0.000
    1MOL      C   38   2.364   0.140   0.000
    1MOL      C   39   2.364   0.280   0.000
    1MOL      C   40   2.243   0.350   0.000
    1MOL      C   41   0.061   0.490   0.000
    1MOL      C   42   0.182   0.560   0.000
    1MOL      C   43   0.182   0.700   0.000
    1MOL      C   44   0.061   0.770   0.000
    1MOL      C   45   0.303   0.490   0.000
    1MOL      C   46   0.424   0.560   0.000
    1MOL      C   47   0.424   0.700   0.000
    1MOL      C   48   0.303   0.770   0.000
    1MOL      C   49   0.546   0.490   0.000
    1MOL      C   50   0.667   0.560   0.000
    1MOL      C   51   0.667   0.700   0.000
    1MOL      C   52   0.546   0.770   0.000
    1MOL      C   53   0.788   0.490   0.000
    1MOL      C   54   0.909   0.560   0.000
    1MOL      C   55   0.909   0.700   0.000
    1MOL      C   56   0.788   0.770   0.000
    1MOL      C   57   1.031   0.490   0.000
    1MOL      C   58   1.152   0.560   0.000
    1MOL      C   59   1.152   0.700   0.000
    1MOL      C   60   1.031   0.770   0.000
    1MOL      C   61   1.273   0.490   0.000
    1MOL      C   62   1.394   0.560   0.000
    1MOL      C   63   1.394   0.700   0.000
    1MOL      C   64   1.273   0.770   0.000
    1MOL      C   65   1.516   0.490   0.000
    1MOL      C   66   1.637   0.560   0.000
    1MOL      C   67   1.637   0.700   0.000
    1MOL      C   68   1.516   0.770   0.000
    1MOL      C   69   1.758   0.490   0.000
    1MOL      C   70   1.879   0.560   0.000
    1MOL      C   71   1.879   0.700   0.000
    1MOL      C   72   1.758   0.770   0.000
    1MOL      C   73   2.001   0.490   0.000
    1MOL      C   74