易基因 ｜ 生物信息学：igvtools 使用操作小技巧

Hello 大家好，我们又见面了！

之前有老师私信过我们说：能否出一篇igvtools的相关操作说明，有求必应，小编这就给安排上！

这篇文章我们先分为6个部分来教大家下载安装并使用igvtools，分别为：

              1、概述
              2、igvtools 的安装
              3、基因组选择
              4、导入tdf文件
              5、igvtools的常见操作
                     i 查看感兴趣的基因上的深度分布情况
                     ii tracks 相减
                     iii 删除不展示的 tracks
                     iv 更改tracks颜色
              6、图片导出

1、概述

RNA甲基化修饰类的文章中，最能直观地展示某个区域差异甲基化修饰的图就是igv图，本文以文章中的igv图为例，简要说明如何调整igv图。

图片来自 https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/15592294.2020.1834917

示例图如下：

 

此文章以IP文库减去Input文库得到的深度差值作为甲基化修饰程度，也是较为常见的做法，后续会详细说明具体做法。

2、igvtools 的安装

可以上igvtools官网进行下载，但其部署在境外服务器，所以国内用户很可能下载起来较慢。无法科学上网的用户可以从我们提供的链接中进行下载。

igvtools 网盘链接：
链接: https://pan.baidu.com/s/189mpUXlZzqeFr-TTEu8UOQ 密码: gnmb
对于windows用户，双击打开 IGV_Win_2.10.0-WithJava-installer.exe 文件，可按照默认选项一路选next完成安装。

3、基因组选择

具体基因组版本见报告中的基因组版本信息。
客户不指定基因组版本的情况下，人类选择 hg38 ，小鼠选择mm10。

 choose genome

本教程以人类hg38基因组为例
打开igvtools ， 点击左上角基因组下拉框，点击more选项；在Filter 框中输入hg38或者需要使用的基因组版本信息，然后选中需要的基因组即可，软件会自动下载并加载对应的基因组。

 download genome

4、导入tdf文件

igvtools 可以导入bam文件或tdf文件来对深度进行可视化，此处以tdf为例。
点击左上角 File 选项，点击load from file , 在弹出的窗口中选择所有的tdf或者bam文/件，点击右下角open 实现文件导入。

load file 

导入成功后的效果如下图所示：

load done 

5、igvtools的常见操作

i 查看感兴趣的基因上的深度分布情况

在搜索框输入感兴趣的基因名称，按回车键。此处以CHI3L1基因为例：

choose gene

ii tracks 相减

选择 tools -> combime data tracks ，在弹出的窗口中选择需要进行操作的两条tracks、需要进行的操作、操作后tracks的名称。

get sample peak 

 

iii 删除不展示的 tracks

选中不需要的tracks，右键点击选中的tracks，选择remove tracks。

remove tracks 

iv 更改tracks颜色

右键点击需要更改颜色的track，点击 change tracks color ,在弹出的窗口中选择对应的颜色。

change color

color plate 

最终效果

6、图片导出

图片调整完成后，点击左上角file 并点击 save svg image或者 save png image ，在弹出的窗口中选择保存路径来保存图片。

如果有其它问题，欢迎留言一起交流。 

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