易基因｜经验分享：DNA甲基化与多组学研究思路与科研论文写作

易基因科技

于 2022-01-05 10:12:45 发布

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分类专栏：高分文章技术解读高分文献文章标签：经验分享数据挖掘人工智能

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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

此前，我们已推出一系列关于DNA甲基化相关内容：

本期，我们围绕DNA甲基化与多组学研究论文写作提供一些经验分享，希望可以帮助到正在写文章的你。

DNA甲基化组学研究论文的写作的两大思路

DNA甲基化为主的研究：包括甲基化图谱研究和甲基化标志物研究

建议：图谱特征研究为主，对转录的潜在调控作用为辅

转录组为主的研究：包括转录调控研究和分子机制研究

建议：基因表达特征为主，甲基化方向的溯因为辅，最好有下游验证实验

2、DNA甲基化组学研究论文的核心组织内容

DNA甲基化组学研究的核心内容在于对DNA甲基化数据的挖掘。DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。其次，进行甲基化差异水平分析，筛选具体差异基因，包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。最后，将甲基化组学&转录组学关联分析，包括Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、网络关联等。

3、科研论文的高效写作经验分享

写作顺序：Outline ppt with figures and tables → Materials&Methods → Results → Discussion → Introduction

先列大纲：把论文图表列出，以PPT形式依序整理，因为次内容在结果和讨论中将用到。论文写作需提纲挈领，依据大纲可随时随地继续写论文。
Introduction部分后写： Introduction需要根据论文所述内容（中心思想）做铺垫，是论文最难写部分。此前尚且不清楚结果和讨论部分要将的故事和逻辑是什么，因此如果先写后面肯定需要大改，避免浪费时间，可将Introduction部分后写。
先写材料与方法部分：这是最容易写的部分。先写这部分能让你很快进入写作状态。
不断更新自己的Endnote论文库：课题开始前应该有文献调研，此后从实验到数据分析再到论文写作，始终都需不断更新论文库。

科研论文的图表美化精修

论文主图：一个主图能够完整说明一个小故事，注意主图标题。

附图表：对论文故事性没有重要的作用，只作为补充的图表。

5、DNA甲基化科研论文案例分享

案例一：组织器官发育（IF=4.778）

摘要：骨骼肌是维持葡萄糖稳态的主要胰岛素敏感组织，作者对昼夜同步肌管的转录组和CpG甲基化组进行了节律分析。结果表明：虽然昼夜节律表达可能受节律DNA甲基化调控，但转录组与CpG甲基化之间的强烈节律关联尚未确定。

案例二：环境适应（IF=5.990）——团队人员发表

摘要：采集野生和圈养金丝猴的血液样本，研究人员使用简化甲基化RRBS和转录组RNA-seq进行测序分析，发现圈养组金丝猴的DNA甲基化和基因表达与野生组相比均存在显著差异，这和人类圈养组金丝猴的特定食物供应和圈养环境与管理措施有关。KEGG通路分析显示，差异表达基因在广泛的生理功能通路中富集，且大部分与免疫和代谢功能相关，特别是自噬相关通路中的一组核心基因如ATP6V0A1和PPM1D均存在相关联的差异DNA甲基化和基因表达。研究结果表明，迁地保护金丝猴对人类干预保护表现出明显的表观遗传和转录适应，这一结果为未来生物标志物的开发提供基础，表观遗传和转录特征或可用于濒危动物物种迁地保护计划中的风险评估。

案例三：动物育种（IF=6.953）

摘要：作者通过WGBS方法对不同耐热和耐湿性的两种蚕菌株DNA甲基化图谱进行全面比较分析。在RT_48h（耐高温高湿处理48h的抗性菌株）和ST_48h（耐高温高湿处理48h的敏感菌株）的CG环境中鉴定出2934个差异甲基化区域（DMR），DMR主要位于外显子和内含子区域。GO和KEGG分析表明，这些DMR相关基因（DMG）在结合、细胞代谢和RNA转录过程中富集。此外，多组学联合分析发现10种DMG与家蚕的热湿应激反应有关。这项研究结果表明，DNA甲基化在家蚕对环境胁迫的应答中起着至关重要的作用，并为鉴定家蚕在高温/高湿胁迫下的关键抗性基因提供了重要线索。

案例四：疾病标志物研究（IF=6.603）——客户合作论文

摘要：研究人员分别对在正常和缺氧条件下的非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系进行全基因组表观遗传修饰和转录表达测序分析，分析显示低氧诱导A549和HCC827细胞的上皮间充质转化（EMT）以及表观遗传修饰和转录基因表达均呈现动态改变。最后，研究人员确定了17个基因组成的panel，包括参与EMT、缺氧反应、糖代谢和表观遗传修饰基因。这17个gene panel能够清楚地将非小细胞肺癌患者分为三组，三组NSCLC患者的总生存期存在明显差异。本研究可能可以作为进一步选择非小细胞肺癌基因标志物的基础，对NSCLC患者的预后分层具有潜在指导作用。

案例五：植物发育（IF=11.277）

摘要：体细胞胚胎发生是一种重要的组织培养技术，有时会通过遗传和/或表观遗传变化导致表型变异。为了解体细胞胚胎发生过程中的基因组和表观基因组影响，作者对大豆体细胞胚胎发生过程中的表观基因组进行全基因组研究，在整个组织培养过程（6周到13年）中，从9个不同发育阶段、不同的时间点采集样本进行分析。结果显示，培养样本中的大豆（Glycine max）全基因组DNA甲基化水平增高，尤其CHH甲基化最为明显，且DNA高甲基化靶向此前非CG甲基化区域，并伴随编码RNA介导的DNA甲基化（RdDM）机制的基因表达增加。此外，作者还观察到体细胞胚胎发生和合子胚胎发生的表观基因组变化相似。相对于参考甲基组，在经过长期组织培养的样本中发生明显的局部特异性DNA甲基化维持损失并伴随编码RdDM机制的基因下调和转录组重编程，表明表观基因组稳定性会随着时间的推移而损失程度增加，可能与有性生殖缺失相关。这种不稳定性和种子发育后期与起作用的基因上调相结合，表明发生了发育转变，可能揭示了这些体细胞胚胎无法发芽成植物的原因。