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斑马鱼和人类基因有着87%的高度相似性,作为模式生物的优势很突出,意味着其实验结果大多数情况下适用于人体。在国际上,斑马鱼模式生物的使用正逐渐拓展和深入到生命体的多种系统(如神经系统、免疫系统、心血管系统、生殖系统等)的发育、功能和疾病(如神经退行性疾病、遗传性心血管疾病、糖尿病等)的研究中,并已应用于小分子化合物的大规模新药筛选。目前,我国有250个以上的实验室利用斑马鱼开展相关科学研究。
本期易基因聚焦DNA甲基化在斑马鱼中的相关科学研究成果,并就DNA甲基化研究及多组学分析思路进行总结,一起来看看吧!
DNA甲基化影响造血干祖细胞产生的新机制
2022年5月3日,中国医学科学院血液病医院王璐研究团队和朱平团队合作在《Development》杂志发表了题为"DNA methylation safeguards generation of hematopoietic stem and progenitor cell by repression of Notch signaling"的研究论文。该研究利用斑马鱼模型,描绘了造血干祖细胞(hematopoietic stem and progenitor cells, HSPCs)产生过程中DNA甲基化的动态图谱,揭示了DNA甲基化通过抑制Notch信号通路促进造血干祖细胞产生的新机制。
标题:DNA methylation safeguards the generation of hematopoietic stem and progenitor cells by repression of Notch signaling.(DNA甲基化通过抑制Notch信号通路来影响造血干祖细胞产生)
时间:2022-05-03
期刊:Development
影响因子:IF 6.868
技术平台:WGBS、RNA-seq(易基因均可提供)
摘要:
在脊椎动物胚胎造血发育过程中,最早的造血干祖细胞(hematopoietic stem and progenitor cells, HSPCs)由生血内皮细胞(hemogenic endothelial cells, HECs)通过内皮-造血细胞转化(endothelial-to-hematopoietic transition, EHT)产生。Notch信号通路对脊椎动物产生HSPC至关重要;然而,在这个过程中,Notch的精确调控仍然不清楚。在本研究中,研究人员使用多组学方法(WGBS+RNA-seq)和功能分析来评估斑马鱼内皮细胞向HSPC转化期间的全基因组DNA甲基化动力学,并确定DNA甲基转移酶1(Dnmt1)通过抑制Notch相关基因对HSPC的产生至关重要。Dnmt1的缺失导致DNA甲基化水平降低和HSPC产生受损。在机制上,研究人员发现Dnmt1的缺失导致Notch相关基因的低甲基化,进一步提高血源性内皮细胞的Notch活性,从而抑制HSPC的产生。这一发现丰富了我们对体内HSPC产生机制的认识,为体外诱导获得可移植的造血干祖细胞提供新的思路。
方法与结果:
研究人员选取造血干细胞产生的关键时间点(36 hpf),分选内皮细胞(endothelial cells,ECs)、HECs和HSPCs,利用全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)和转录组测序(RNA-seq)技术进行深入分析。基于WGBS数据,研究人员鉴定了细胞类型特异的差异甲基化区域(DMRs),描绘了HSPC产生过程中DNA甲基化的动态图谱。进一步通过敲除和敲低Dnmt1降低DNA甲基化水平,发现HSPC产生缺陷,说明Dnmt1对HSPC发育至关重要。随后,通过WGBS和RNA-seq联合数据分析,鉴定出DNA甲基化与转录水平呈现负相关的基因主要富集于血管发育相关通路,尤其是Notch信号通路相关基因;体内实验证明缺失Dnmt1后动脉内皮基因的表达上升。进一步研究发现,DNA甲基化修饰通过抑制Notch信号通路,降低动脉内皮基因表达,促进HSPC产生,而在Dnmt1缺失后,Notch相关基因甲基化降低,表达增强,进而导致Notch活性升高,抑制HSPC产生。
图:Dnmt1介导的甲基化通过抑制Notch相关基因调控HSPC产生
参考文献:
- 国家斑马鱼资源中心http://www.zfish.cn/Article/4762.html
- doi: 10.1242/dev.200390
- doi: 10.1016/j.jhazmat.2021.127600
- 清华大学https://life.tsinghua.edu.cn/info/1131/3516.htm
- DOI:10.1126/sciadv.abl3858
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