关于sc.tl.leiden报错“ValueError: high is out of bounds for int32”

已于 2024-05-05 22:32:37 修改
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： python
于 2024-05-05 14:46:15 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Fred114/article/details/138466391
版权
文章讨论了scanpy中遇到的随机数生成器跨平台问题，源于numpy在Windows和Linux系统C语言long类型差异。Numpy2.0计划修复但尚未完成。解决方案来自问题#3028，已验证在Ubuntu22.04上有效。
摘要由CSDN通过智能技术生成

报错截图

报错截图

报错原因

  1. 直接原因：scanpy调用numpy中的随机数发生器出现了跨平台不适配
  2. 根本原因：numpy的随机数发生器是基于C语言的。window64位平台和Linux平台的C语言long类型的取值范围不同，在win64位下是int32。
    Numpy 2.0 迁移指南承诺会着手修复这个问题，但是我等不了

解决方案

  1. 问题#3028下有一个作者提供了解决方案，参考他的commitment，未解决
  2. 在Ubuntu22.04环境下执行成功
    成功截图
居敬行简
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