scanpy代码测试

最新推荐文章于 2024-07-15 15:37:59 发布

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文章标签： python 数学建模算法

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_45759229/article/details/131338724

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该文展示了如何运用Python库Scanpy进行单细胞数据分析，具体操作包括加载pbmc68k数据集，进行邻居构建，应用louvain和leiden聚类算法，并用UMAP进行可视化，显示了louvain和leiden两种聚类结果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

import scanpy as sc
print(sc.__version__)

import scanpy as sc 
adata = sc.datasets.pbmc68k_reduced()
sc.pp.neighbors(adata)
#eiden(adata,  use_weights=True)
sc.tl.louvain(adata, use_weights=True)
sc.tl.leiden(adata)
sc.pl.umap(adata, color=['louvain',"leiden"], s=50, alpha=0.6, ncols=2)

结果如下
在这里插入图片描述
这里是用来测试louvain和leiden的