今儿刚好用的医学图像处理,看了一些博客,就封装了一下,把三维nii ,转化为 gif,懒得废话了,直接看代码的注释吧:
import cv2
import nibabel as nib
import numpy as np
from PIL import Image
def show_nii_gif(nii_file, save_path="array.gif", show_frame=True):
"""
@Brife:
将 shape=(arr_len, h, w) 的 nii 文件转化为 gif
@Param:
nii_file : nii 文件的路径
show_frame : 是否展示这是第几帧, 默认 True
save_path : 默认为当前路径的 array.gif 文件
"""
# 调包加载 nii 文件
img=nib.load(nii_file)
# 转化成 numpy.ndarray 的格式
img_arr = img.get_fdata()
img_arr = np.squeeze(img_arr)
# 找到最大最小值, 方便之后归一化
img_max, img_min = img_arr.max(), img_arr.min()
# 归一化
img_arr = (img_arr - img_min) / (img_max - img_min) * 255
img_arr = img_arr.astype(np.uint8)
# 将单通道的灰度图转化为RGB三通道的灰色图, (不转化这一步, 没法写字)
img_RGB_list = [cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_GRAY2BGR) for img in img_arr]
assert 3==len(img_arr.shape) # 如果是别的shape的, 那处理不了
arr_len, h, w = img_arr.shape
if show_frame:
# 在每一帧上打上这是第几帧
for i in range(arr_len):
img_RGB_list[i] = cv2.putText(img_RGB_list[i],
'{:>03d}/{:>03d}'.format(i+1, arr_len),
(50, 50),
cv2.FONT_HERSHEY_COMPLEX,
1,
(255, 255, 255),
2)
# 将所有的 ndarray 转化为 PIL.Image 格式
imgs = [Image.fromarray(img) for img in img_RGB_list]
# 保存
# duration is the number of milliseconds between frames; this is 40 frames per second
imgs[0].save(save_path, save_all=True, append_images=imgs[1:], duration=50, loop=0)
show_nii_gif(nii_file='IMG_0002.nii')
展示一哈:
参考了:
Python读取nii文件
https://blog.csdn.net/PKnotnull/article/details/80841410
用openCV在 array 上写字:
https://blog.csdn.net/GAN_player/article/details/78155283
灰度图直接转化为三通道灰度图:
https://blog.csdn.net/llh_1178/article/details/77833447
Python字符串格式化,"{:>03d}" 死活记不住hhh [向右对齐,并用0补充]
https://www.runoob.com/python/att-string-format.html
将ndarray的照片生成git
https://stackoverflow.com/questions/63047707/how-do-i-convert-a-numpy-array-to-a-gif
Matplotlib 保存gif (这次没有用上,几年前第一次用,就感觉是个老麻烦的东西,hhh)
https://blog.csdn.net/qq_28888837/article/details/85778395
Python skimage 库安装:
https://blog.csdn.net/j_starry/article/details/100192206