2023-06-27-mimics，slicer软件将.nii.gz转为.ply格式

一、前言

最近学习open3d的可视化drr与三维椎体，需要导入三维椎体的.ply格式，源文件是.nii.gz格式，但是mimics不能导入.nii.gz，所以需要先利用将slicer将.nii.gz导出为.dcm格式。然后再用mimics将.dcm导出为.ply格式。本文主要作为个人笔记。

二、步骤

2.1.slicer将.nii.gz格式转为.dcm格式

由于.nii.gz不能直接导入到mimics,需要先利用slicer作为中转站，将.nii.gz导为.dcm文件。需要将四个.nii.gz文件导为一个.dcm文件。

2.1.1导入.nii.gz文件

打开slicer,导入四个.nii.gz文件，点击ok。

2.1.2.可视化渲染

这里我们在Modules那一栏选择Volume Rendering看一下文件，可以看到我这里导入的四个文件（需要在Volume那一栏选择每个文件打开”眼睛“按钮才能看到）

2.1.3.新建一个segmentation

同样在Modules选择Segmentations,然后在Activate segmentation选择create new segmentation,

2.1.4.添加到segmenation

点击完create segmenation后会出现一个笔的符号，点击后就得到如下界面,就可以开始添加了，选择master volume里面的文件，点击Add。

再选择Threshold(就在Add下面，紧挨着)。

再滑到下面，将进度条拉到最右边，再点击apply。如此一个文件就加进来了，再把剩下的导入就行，操作一样。

添加完为这样

2.1.5.导出为.dcm文件

然后选择Modules为Data。

点击Segmenation右键导出为Dicom。

选择文件导出即可。

以上完成了多个.nii.gz导为单个.dicom的过程。

2.2.Mimics将.dicom导为.ply格式

下面需要用Mimics导出为.ply格式

2.2.1.加载.dicom文件

打开mimics,点击file,点击New Project wiza，选择需要导入的的dicom文件，点击next导入。

加载进来是这样的。

2.2.2.调thresholding

将min设置为1,点击apply。

2.2.3.calculate

选择右边的Green右键点击Calulate 3D。

会再右下角的窗口生成三维视图。

2.2.4.导出ply文件

选择file->export->PLY

选择3D,点击需要导出的三维文件，再点击add,选择需要导出的文件夹位置即可。

MxyXqLP-1687942076973)]

选择3D,点击需要导出的三维文件，再点击add,选择需要导出的文件夹位置即可。

[外链图片转存中…(img-MYOs1T3g-1687942076974)]

以上即为全部过程，总算把这个过程写下来了，希望可以帮助到需要的朋友。

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