R做生信环境配置的一系列问题

准备工作

下载R，网上有很多教程，照着装就行

碰到的错误

在安装R包的时候遇到了如下错误

Warning message:
	无法打开：'https//mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
	

针对无法打开网站安装包的问题，请参考如下链接Rstudio install.packages失败解决方式
还有这个错误

warning message:
	In install.packages(...):
		installation of package'org.HS.eg.db' had non-zero exit status

印象中这个错误的问题好像是缺少依赖包，可能要先看看上下代码，有没有其他地方报错
报错如下

代码附近的错误印象中是这样，这个时候手动安装就好

Error: package or namespace load failed for 'AnnotationDbi' in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), 
versionCheck = vI[[i]]):


ERROR: lazy loading failed for package 'org.Hs.eg.db'
* removing 'D:/R-4.0.0/library/org.Hs.eg.db'

关于Rtools的问题

我安装的时候总是碰到报错，说缺少Rtools，我记得没错的话应该是这样

WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. 
Please download and install the appropriate version of Rtools 
before proceeding:http://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/

这个时候下载Rtools就好，但是。。Rtools还要设置环境变量。。今天我算是对R有了更深入的了解，具体的操作可以参考如下两篇
Rtools40发布
R自定义启动
第二篇文章我觉得写的相当好，让我进一步了解了R，但是没能成功设置文中提到的文件，另外就是第二篇文章里面提到的用户目录的问题，应该就是C:\User\用户|document里面，嗯，找了半天，真的服气，不过第二篇文章里面写到的Renviron我最终也没有设置成功，如果有成功的小伙伴欢迎分享。。。

总结

报错的时候看看上下的代码，如果有无法载入的包，可以试着手动安装，然后重试即可
Rtools要配置环境变量，环境变量的配置网上有很多，自己去搜，不过我发现好像一些博客里面说的环境变量配置都过时了，现在的win10不是这么操作的。具体什么我建议自己搜一搜，问题不大，如果找不到怎么配置，可以留言，我之后要是无聊就来更新下

-----------------------------------------------------分割线2020-05-19----------------------------------------------------------
嗯，突然想起来，R装的时候如果C盘够的话。。要不还是装在C盘吧，不然每次调试一些东西的时候，都跟教程有点区别的感觉。。。。。