Leiden算法介绍

最新推荐文章于 2024-04-17 09:48:20 发布
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Leiden算法介绍

首先来总结一下louvain的缺点：

1、社区划分的精度有局限性

2、分组内细胞分布密度的大小会影响亚群的鉴定

3、被鉴定为同一个分群的细胞群内，存在两个没有连线的小分群

Leiden算法主要针对上述的第3个缺点，对louvain算法进行优化。Leiden算法的命名来源于荷兰莱顿大学(Leiden University)。该算法由莱顿大学的三位研究员开发，结果于2020年3月份发表在Scientific Reports上。

Leiden和louvain算法的调整策略不同(leiden优化的要点一

1、Louvain：让每个同学去另外两个队伍，每次换队伍都让体育老师评价一下；

2、Leiden：只让每个同学去有连线的其他队伍，节省时间。

这个介绍也比较详细

https://towardsdatascience.com/louvain-algorithm-93fde589f58c

leidien算法介绍的一些blog：

1、https://medium.com/@ciortanmadalina/clustering-data-with-graph-oriented-techniques-9946876f3f9b

2、https://towardsdatascience.com/community-detection-algorithms-9bd8951e7dae

3、https://www.nature.com/articles/s41598-019-41695-z

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leidenAlg：这是CRAN R软件包存储库的只读镜像。 leidenAlg —通过R​​接口实现莱顿算法。 主页：https：github.comkharchenkolableidenAlg报告此软件包的错误：https：github.comkharchenkolableidenAlgissues
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莱登·阿尔格 通过R接口实现Leiden算法 概括 莱顿算法是网络上的迭代社区检测算法-该算法旨在收敛到一个分区，在该分区中，所有社区的所有子集都在本地进行了最佳分配，从而保证了社区的连通性。 编写该算法是为了改善Louvain算法的缺陷。 因此，Leiden算法速度更快，可扩展性很好，并且可以在数百万个节点的图形上运行（只要它们可以容纳在内存中即可）。 基本步骤是： （1）局部移动节点以快速找到分区 （2）分区的细化 （3）基于精炼分区的网络聚合，使用非精炼分区为聚合网络创建初始分区。 迭代步骤，直到收敛为止。 有关该算法的详细信息，请参阅 Traag，Waltman，van Eck。 Sci Rep 9，5233（2019）。 有关使用python绑定的C ++的原始实现，请参见： : 安装 要从安装稳定版本，请使用： install.packages( ' leid
Leiden Search Assistant-crx插件
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语言:English 随时搜索莱顿大学图书馆目录，而无需离开您的当前页面！ 使用莱顿搜索助手快速搜索文章和书籍！ 莱顿搜索助手可让您随时搜索莱顿大学图书馆目录，Web of Science，Google Scholar，WorldCat和Pubmed，而无需先导航至各个网站。 单击Leiden Search Assistant，插入您要查找的术语，选择您的服务，然后继续搜索！ 您是否正在阅读文章，并且找到想要调查的特定单词或术语？ 用鼠标选择它，右键单击，然后发现莱顿大学图书馆提供的服务。
leidenalg:用于Python中igraph的各种质量函数的莱顿算法的实现
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莱德纳尔格 该软件包在C++实现了Leiden算法，并将其公开给python 。 它依靠(python-)igraph来起作用。 除了实现的相对灵活性外，它还可以很好地扩展，并且可以在数百万个节点的图形上运行（只要它们可以容纳在内存中即可）。 核心功能是find_partition ，它使用Leiden算法查找最佳分区，它是Louvain算法对于许多不同方法的扩展。 当前实现的方法是（1）模块化 ，（2）使用配置无效模型和Erdös-Rényi无效模型Reichardt和Bornholdt模型，（3）恒定Potts模型（CPM） ， （4）重要性 ，最后（5）惊奇 。 另外，它支持多路复用分区优化，允许在例如负面链接或多个时间片上进行社区检测。 有可能仅部分优化分区，以使某些社区分配保持固定 。 它还为二分图上的社区检测提供了一些支持。 有关更多信息，请参见。 安装 简而言之： pi
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与Louvain算法类似，Leiden算法也是一种基于模块度最大化的启发式算法，它在Louvain算法的基础上进行了改进，可以更好地处理具有不同尺度的社区结构。LPA算法（Label Propagation Algorithm）是一种基于标签传播的社区发现算法，其基本思想是通过不断更新每个节点的标签，使得同一个社区中的节点具有相同的标签。该算法实现简单，但存在着过度划分的问题。Louvain算法是一种基于模块度最大化的启发式算法，该算法通过迭代优化网络中的社区结构来提高整体模块度得分。
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聚类 CLI将UMAP / Leiden群集应用于值数组 老实说，只是一个愚蠢的前端，就可以使用UMAP将数据矩阵聚类到最近的邻居，并使用Leiden进行社区检测。之所以写这篇文章，是因为从{reticulate}传递数据很容易达到C stack limit并且我很想尝试如何解决它。 :chart_increasing:发行版 您可以在页面上查看可用版本列表。 我们遵循规范。 我们使用 。合并拉取请求时，将保留最新的草稿版本，列出更改，并准备好在您准备好时发布。使用类别选项，您可以使用标签对发布说明中的拉取请求进行分类。 对于拉取请求，默认情况下配置以下标签： 标签 版本标题 enhancement feature :rocket:特征 bug ， refactoring ， bug bugfix ， fix :wrench:修复和重构 build ， ci ， testing :package:构建系统和CI / CD breaking :collision:重大变化
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莱顿 安装 软件 在下载Node.js安装程序。 Zorg ervoor dat“本机模块工具”geïnstalleerdzijn，dat wordt gevraagd tijdens de installatie。 可以从Python 3.9上下载安装文件。 下载安装了PostgreSQLPostgreSQL。 数据库 Wanneergeïnstalleerd是，打开pgAdmin4。在浏览器选项卡中，打开pgAdmin hetzelfde wachtwoord als dae je bij de installatie van postgres gebruikte。 Maak een nieuwe gebruiker voor het项目遇到了rechtermuisknop op“登录/组角色”。 Geef het een naam，wachtwoord的定义，以及geef het
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