h5py的MPI驱动环境配置

h5py是Python创建和操作HDF5格式的一个模块。

h5py提供了一个MPI接口，支持同时对一个HDF5文件进行并行操作。通常情况下，我们使用 pip install modulename 或 conda install modulename 来安装python模块。但是这里要想使用MPI驱动，前提是系统有MPI环境以及安装h5py时需要以mpi mode进行编译。所以此处（linux下）首先安装hdf5:

$ tar zvxf hdf5-xxx.tgz


$ ./configure --prefix=/usr/local/hdf5  #安装路径
$ make
$ make check                # run test suite.
$ make install
$ make check-install        # verify installation.

然后安装mpi环境：

$ tar xzvf mpi-xxx.tgz

//进入解压后的安装目录
$ make
$ make install

//配置环境变量
$ export PATH=$PATH:/usr/local/mpi/bin
$ export MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpi/man

然后，手动安装h5py模块（以mpi模式编译）：

$ export CC=mpicc
$ python setup.py configure --mpi [--hdf5=/usr/local/hdf5]
$ python setup.py build

p.s. 配置环境时重要的一点是对应安装路径，尤其是环境变量的路径