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RSS订阅原创 初步尝试用auto dock vina进行多配体对接，并且尝试运用于多片段对接
1、处理配体和受体的软件，这里推荐Maestro,MOE,或者开源软件ADFR Suite，Autodock tool,也可以使用python包meeko2、vina.exe软件，用来做对接的程序，1.2以上版本已经可以与python连用,我使用的是最新版1.2.5版本3、准备好pdb文件和小分子文件（PDB已去掉配体，小分子是sdf或者mol2格式）注：参考AutoDock Vina 1.2.3使用教程(6)——多配体Docking篇 - 化学系胖子不吃饭的文章 - 知乎 https://zhuanlan
2023-09-22 15:48:42
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原创 DRlinker基于片段的分子生成模型具体复现步骤
其中注意打分函数是可选的，#choose scoring function: tanimoto, activity_model, NOS, CLOGP, linker_length, QED_SA, MW, QED, SIM_3D, SIM_3D1, SIM_3D2, M_SIM_QED。2、模型预训练，bash training.sh；1、数据预处理，数据来源ChEMBL数据库，数据集与SyntaLinker相同。bash train_agent_ms.sh：train_type是M。
2023-06-09 16:40:33
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原创 SyntaLinker基于片段的分子生成模型复现具体步骤
后面定义训练过程的参数-model checkpoints/ChEMBL/ChEMBL_model_average.pt -src data/ChEMBL/tgt-test.txt -output /predictions__ChEMBL_model_average.pt_on_ChEMBL_beam10.txt -batch_size 64 -replace_unk -max_length 200 -beam_size 10 -verbose -n_best 10。源码出处：之前已经写过。
2023-06-09 16:21:14
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原创 复现AIDD模型：SyntaLinker与DRlinker，基于片段的分子生成模型
说明：这两篇都是基于片段的分子生成模型，前者SyntaLinker是DRlinkerd初级版。两片都会具体复现一下，中间可能会有一些改动。
2023-05-16 11:18:51
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原创 RNN&CNN新闻文本分类代码阅读重点
代码结构：有两个文件夹，models 和 TRUCNews,前者存放模型，后者用来存放数据和结果以及日志，同级文件中是一个用于运行代码的文件 run.py;在utils.py文件中是用于定义各种参数和文件路径的函数，train_eval是用于训练和验证的函数，在函数编写过程中还用了模块调用的方式使结构更加简洁。文件运行很简单只需要简单的一行代码运行run.py 文件，但是需要注意到路径，和参数,参数是可选的，可以根据自己的需求选择模型类型和embedding方式。
2023-04-07 15:48:08
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原创 用薛定谔软件(schrodinger)做交叉对接（CROSSING DOCKING）
6、开始对接，用cross docking 模块对接，受体选择复合物（complex）将保存好的复合物文件上传，将配体文件也上传，（可以更改一些设置，例如用几个核运行和分成几个任务），点击运行。1、PDB结构下载：在PDB官网下载靶点的蛋白结构，筛选条件：人源，X-ray,分辨率在3.0以下。2、筛选蛋白结构：没有复合物的不要，只保留一个小分子和一条链，其他操作：去水或者其他杂原子选做。5、导出小分子，然后做配体准备，导出文件格式为SDF（.sdf）注：这个这是一般流程·，具体操作要看实际情况。
2023-03-23 14:22:04
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空空如也
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