免费分子对接软件Autodock vina 1.2.5版本安装

vina 1.2.5版本获取

Releases · ccsb-scripps/AutoDock-Vina (github.com)

目前最新版本更新到了1.2.5，有Linux，mac，win三个版本可选，直接下载，vina从1.2版本后就可以与python连用，当做python的一个第三方包包安装，因为自己电脑版本以及工作需求主要涉及win版本和python版本的安装，linux看情况

win版本安装

1、下载对应版本

2、打开cmd并进入vina所在目录输入.\vina_1.2.5_win.exe，如果出现以下的内容则证明vina可以正常使用

到这里vina就安装好了，要知道vina是没有图形界面的，所以可以下载安装一个auto dock tool来更加清晰的操作，还有就是vina在蛋白质准备和配体准备的时候会有很多参数或者小错误，建议使用一些其他软件来做分子准备工作，后面还要注意文件格式

3、其他需要的程序：

（1）vina_split_1.2.5.exe,用于做分子构象切割的，需要一同放在vina的安装目录下，在vina下载的地方一同下载

（2）AutoDockTools下载地址：http://mgltools.scripps.edu/do

python版本vina安装

目前python版本只有在MAC或者linux才能安装，windows好像不能。我是在服务器上创建虚拟环境安装的，需要有anaconda3支持

1、创建一个叫 vina 的虚拟环境,用的是python3.8

$ conda create -n vina python=3.8

2、进入环境并且添加channels

$ conda activate vina
$ conda config --env --add channels conda-forge

3、安装第三方库和vina

$ conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
$ pip install vina

在安装过程中遇到的一个小问题：

利用pip安装python包遇到socket.timeout:The read operation timed out问题的解决方法：一般是由于网速不稳定，下载过慢，超出默认时间，可以修改响应时间
windows下输入 pip --default-timeout=100 install 包名
linux下输入 pip --default-timeout=100 install -U 包名

一个小建议：可以把meeko库也安装在里面，这是一个处理蛋白质和小分子的包

$ pip install meeko