记录学习用ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2脚本计算原子电荷

主要是记录一下踩坑的过程，只是整理过程，其中具体参数不做过多解释

1、复合物PDB准备

受体和配体提取：可选择的软件有很多，maestro、pymol、DS、MOE这些软件都可以

注意要把配体也就是小分子加氢保存为mol2，比如test.mol2，受体蛋白需要保留一条链且去除溶剂和金属离子，保存为PBD，test.pdb格式

2、配体拓扑文件准备并计算RESP2电荷

使用sobtop生成配体的拓扑文件，然后使用相应的量子化学计算软件，（ORCA或高斯）与Multifwn联用计算RESP2电荷。

这里使用了sobtop+ORCA+Multifwn+linux的方法，可以参考分子动力学模拟详细过程记录 - 哔哩哔哩

sobtop安装及使用

下载和安装：Sobtop

使用下载压缩包后，直接解压缩，在windows系统直接双击sobtop.exe使用

打开后出现如下界面：

a、把tes.mol2文件拖进去，或者输入文件路径，回车

b、选择2回车，输入生成目录：E:\XX\test.gro,意思是生成gro文件，结束后回到主页

c、输入1回车，生成拓扑文件，选择分子力场2或其他力场，然后回车，选择4回车

d、后面会让输入路径也就是生成目录：E:\XX\test.top，回车

e、再输入路径：E:\XX\test.itp回车

f、直接叉掉或者输入q，回车返回主页

现在已经存在了下面的文件，

ORCA安装

ORCA安装分为windows和linux,为了计算方便l，我选择的是linux版本

ORCA下载：https://orcaforum.kofo.mpg.de/，需要注册才能登陆下载

安装方法下面这篇博客说的很清楚

量子化学程序ORCA的安装方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

需要注意的点：一定要先看看自己电脑有没有openmpi，以及把路径加入环境变量，要退出后，重新打开终端设置才能生效

Multiwfn安装

Multiwfn下载地址：Multiwfn，尽量选择高的版本，而且还区分了普通版和no_GUI版本，区别在于Multiwfn在Linux下安装的中文说明 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

里面说的很清楚如果没有安装motif图形库提供的libXm.so.4文件，普通版无法启动，且motif库安装需要root权限，Multiwfn在官网上特意提供了noGUI版，由于它在启动时不需要motif库，因此也就不需要弄到root权限来安装它，故普通用户都可以很容易地安装。noGUI版的缺点在于没法使用任何Multiwfn与图形有关的功能，

计算RESP2电荷：

看下面这篇就够了，主要是要把RESP2_ORCA.sh文件里的路径写对

http://sobereva.com/637

注意可能在计算过程中会涉及权限问题：需要赋权，chmod +x  <路径>

把RESP2_ORCA.sh 和test.mol2放在一文件夹内运行

注意：在使用没有图形界面的版本时，RESP2_ORCA.sh文件中Multiwfn替换成Multiwfn_noGUI才能正常运行

后面得到带.chg后缀的文件就是得到的电荷数据