Head-MRI trans

本篇文章记录的是在使用MNE和FreeSurfer对齐MRI和头模型的操作过程和常见报错

一、环境配置

操作系统：Linux--Centos7

配置环境：Python3.11.9，FreeSurfer，mayavi可视化工具箱

可能需要的依赖项：numpy、pyqt5、pyvistaqt、opencv-python-headless等，若还有其他缺失的工具箱，使用pip安装即可

[ldq@localhost: ~]pip install numpy pyqt5 pyvistaqt opencv-python-headless
[ldq@localhost: ~]pip install mayavi

二、对齐实操流程

在官网有关对齐和-trans.fif文件的生成主要有两种方法：GUI和Auto，新手练习可以使用GUI了解流程和原理

（一）GUI-Linux

可参考官网手册的Defining the head↔MRI trans using the GUI：

Source alignment and coordinate frames — MNE 1.7.1 documentation

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1. 终端输入：

• 终端中打开python，导入mne，确定好被试和路径，使用mne.gui.coregistration()函数打开mne的GUI界面开始手动对齐

[ldq@localhost: ~] python3
>>> import mne
>>> subjects_dir=subjects_dir = data_path / "subjects"  
>>> mne.gui.coregistration(subject="sample", subjects_dir=subjects_dir)

• 如果调试的是样本数据，则data_path是MNE-sample-data的路径

2. 在对齐界面进行选点和手动对齐

• 关闭Lock Fiducials设置参考点，在LPA, Nasion, RPA中进行选择并校正，选择好后锁住参考点
• 手动选择要对齐的数据信息，导入示例数据中的sample_aidvis_raw.fif
• 点击fit ICP开始自动对齐
• 将对齐后的图像进行保存，存储在指定路径下自定义命名为***-trans.fif，以备后续使用

Tips：

• LPA(Left Pre-Auricular Point，左耳乳突)： 耳廓前部的左耳前方，用于标定头部的左侧位置。
• RPA(Right Pre-Auricular Point，右耳乳突）： 耳廓前部的右耳前方，用于标定头部的右侧位置。
• Nasion(鼻根)：即鼻梁和额头交界处的中心点，用于标定头部的前后位置；

（二）自动生成

官网链接：Using an automated approach to coregistration — MNE 1.7.1 documentation

官网发布脚本：25_automated_coreg.py

>>>fiducials = "estimated"
>>>coreg = Coregistration(info, subject, subjects_dir, fiducials=fiducials)
fig = mne.viz.plot_alignment(info, trans=coreg.trans, **plot_kwargs)

三、报错

1.mayavi

最棘手的报错是在使用mne.gui.coregistration()时报的缺失mayavi工具箱的错误，由于未知原因无法安装，最终在Python3.11.9中跑通了

mayavi官网安装文档：

安装 — mayavi 4.8.3.dev0 文档

在安装mayavi的时候，可能会有各种报错，比如vkt环境、qt5配置等问题

在最终的3.11版本下，我的问题是pyqt5中xcb模块的部分缺失的问题

This application failed to start because it could not find or load the Qt platform plugin "xcb"
in "".

Available platform plugins are: eglfs, linuxfb, minimal, minimalegl, offscreen, xcb, xcb.

Reinstalling the application may fix this problem.

在环境变量中输入QT_DEBUG_PLUGINS=1，再次运行，可以检查pyqt5出现问题的具体库

进入报错的具体路径中，查看库中缺失的工具包：

cd /usr/local/lib/python3.11/site-packages/PyQt5/Qt5/plugins/platforms
ldd libqxb.so

qt问题的解决可以参考：

关于qt缺少xcb问题终极解决办法_qt xcb-CSDN博客

最关键的一个缺失库是：libQt5EglFSDeviceIntegration.so.5

其他缺失的工具包在终端中统一使用yum进行安装即可

yum install libQt5EglFSDeviceIntegration.so.5

安装后yum库需要更新缓存：

yum clean all
yum makecache