TNM分期笔记

TNM分期系统用于评估肿瘤的严重程度,T表示肿瘤原发灶情况,N表示淋巴结受累状况,M表示是否有远处转移。分期越高级别,肿瘤进展程度越高。I期为早期,预后较好;高分期意味着更严重的病情。

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每一种肿瘤的TNM分期系统各不相同,因此TNM分期中字母和数字的含义在不同肿瘤所代表的意思不同。TNM分期中T,N,M确定后就可以得出相应的总的分期,即I期,II期,III期,IV期等。有时候也会与字母组合细分为IIa或IIIb等等。I期的肿瘤通常是相对早期的肿瘤有着相对较好的预后。分期越高意味着肿瘤进展程度越高。

T(“T”是肿瘤一词英文“Tumor”的首字母)指肿瘤原发灶的情况,随着肿瘤体积的增加和邻近组织受累范围的增加,依次用T1~T4来表示。

好的,以下是TCGA中LUSC临床数据的下载与处理的完整R语言代码,包括了提取生存数据和TNM分期数据的步骤: 1. 下载TCGA数据 ```r library(TCGAbiolinks) query <- GDCquery(project = "TCGA-LUSC", data.category = "Clinical", barcode = NULL) GDCdownload(query) ``` 2. 读取临床数据 ```r clinical_data <- GDCprepare_clinic(query) ``` 3. 数据清洗 ```r # 删除NA值 clinical_data <- clinical_data[, colSums(is.na(clinical_data)) == 0] # 删除重复列 clinical_data <- clinical_data[, !duplicated(colnames(clinical_data))] # 选择需要的列 clinical_data <- clinical_data[, c("bcr_patient_barcode", "age_at_initial_pathologic_diagnosis", "gender", "race", "vital_status", "days_to_death", "days_to_last_followup", "pathologic_T", "pathologic_N", "pathologic_M")] # 调整列名 colnames(clinical_data) <- c("patient_id", "age", "sex", "race", "vital_status", "days_to_death", "days_to_last_followup", "T", "N", "M") # 转换变量类型 clinical_data$age <- as.numeric(clinical_data$age) clinical_data$sex <- as.factor(clinical_data$sex) clinical_data$race <- as.factor(clinical_data$race) ``` 4. 提取生存数据 ```r # 删除vital_status为NA的行 clinical_data <- clinical_data[!is.na(clinical_data$vital_status),] # 转换vital_status为生存状态 clinical_data$vital_status <- ifelse(clinical_data$vital_status == "Dead", 1, 0) # 计算生存时间 clinical_data$survival_time <- ifelse(clinical_data$vital_status == 0, clinical_data$days_to_last_followup, clinical_data$days_to_death) # 删除days_to_death和days_to_last_followup列 clinical_data <- clinical_data[, !grepl("^days_to_", colnames(clinical_data))] ``` 5. 提取TNM分期数据 ```r # 合并T、N、M列为一个新列TNM clinical_data$TNM <- paste(clinical_data$T, clinical_data$N, clinical_data$M, sep = "") # 删除T、N、M列 clinical_data <- clinical_data[, !grepl("^pathologic_[T|N|M]", colnames(clinical_data))] ``` 以上就是TCGA中LUSC临床数据的下载与处理的完整R语言代码,其中包括了数据下载、读取、清洗、生存数据和TNM分期数据的提取等步骤,代码中也包含了注释,希望对你有所帮助。
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