医学图像配准工具常见有ITK,SimpleITK,ANTs,Elastix,SimpleElastix
其中SimpleElastix综合了SimpleITK和Elastix,并且能够实现Python命令行调用,较为方便,本篇博客主要介绍了SimpleElastix在linux上的配置,对于Windows和Mac系统可以参考官方介绍。
注意:SimpleElastix虽然会调用SimpleITK,但是这里的SimpleITK并不是简单的标准库SimpleITK,而是SimpleElastix的Gtihub代码里自定义的SimpleITK文件。
即SimpleElastix的SimpleITK包含了标准库SimpleITK和其他自定义函数,必须先区分好这两者的区别否则会出错。
安装环境配置
1.SimpleElastix包含一个脚本,该脚本会自动下载并安装所有依赖项。这在CMake术语中称为“ SuperBuild”。我们只需要CMake,git和一个编译器工具链来编译SuperBuild。
安装CMake和git,在终端输入:
sudo apt install cmake git build-essential
2.安装完这些文件后,我们使用以下命令下载代码并开始构建:
git clone https://github.com/SuperElastix/SimpleElastix
mkdir build
cd build
cmake ../SimpleElastix/SuperBuild
make -j4
注:注意在构建过程中不要耗尽内存。根据经验,每个内核需要4GB的内存。例如,如果我们使用4个内核(例如make -j4)编译SimpleElastix,则我们需要一台至少具有16GB RAM的计算机。整个项目大约需要一个小时才能在四核计算机上进行编译。
3.SimpleElastix将针对可以自动检测的语言进行编译。开始编译SuperBuild之前,需要安装目标语言依赖项。首先安装相关的Python包,在Linux终端安装:
sudo apt-get install python python-dev monodevelop r-base r-base-dev ruby ruby-dev tcl tcl-dev tk tk-dev
4.语言包将构建在…/SimpleITK-build/Wrapping目录中。然后,我们必须运行特定于语言的安装脚本。
在此之前要先把更改一个文件_SimpleITK.so,可以选择复制后重命名或者直接对原文件重命名,我选择的是直接复制后重命名为SimpleITK.so
若不进行此操作将会报错:
error: can’t copy ‘/home/yqs/bulid/SimpleITK-build/Wrapping/Python/Packaging/_SimpleITK.so’: doesn’t exist or not a regular file
接着运行以下代码进行安装:
cd ./SimpleITK-build/Wrapping/Python/Packaging
sudo python setup.py install
这将安装SimpleElastix,然后我们可以将其导入我们自己的脚本中。
用Python进行配准
import sys
sys.path.insert(0, '../build/SimpleITK-build/Wrapping/Python') #定位到SimpleElastix安装路径
import SimpleITK as sitk #导入SimpleElastix自定义的SimpleITK而不是标准库SimpleITK
fixedImage = sitk.ReadImage('fixedImage.nii') #导入fixed图
movingImage = sitk.ReadImage('movingImage.nii') #导入moving图
parameterMap = sitk.ReadParameterMap('Parameter.txt') #读取配准参数文件
resultImage = sitk.Elastix(fixedImage, movingImage, parameterMap) #得到moving形变图
sitk.WriteImage(resultImage, save_path) #保存结果
以上便是配准工具SimpleElastix的配置和入门实现过程,对于用Elastix通过命令行实现配准可以参考这篇博客:Elastix配准工具配置和入门